{-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
{-# LANGUAGE FlexibleContexts #-}
{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
+{-# LANGUAGE MultiParamTypeClasses #-}
module Gargantext.Viz.Phylo.Example where
-import Control.Lens hiding (makeLenses, both, Level)
-
-import Data.Bool (Bool, not)
-import Data.List (concat, union, intersect, tails, tail, head, last, null, zip, sort, length, any, (++), (!!), nub, sortOn, reverse, splitAt, take)
-import Data.Map (Map, elems, member, adjust, singleton, empty, (!), keys, restrictKeys, mapWithKey, filterWithKey, mapKeys, intersectionWith, unionWith)
-import Data.Semigroup (Semigroup)
-import Data.Set (Set)
-import Data.Text (Text, unwords, toLower, words)
-import Data.Tuple (fst, snd)
+import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
+import Data.Text (Text)
+import Data.List ((++), last)
+import Data.Map (Map)
+import Data.Tuple (fst)
import Data.Tuple.Extra
-import Data.Vector (Vector, fromList, elemIndex)
-
-import Gargantext.Prelude hiding (head)
-import Gargantext.Text.Metrics.FrequentItemSet (fisWithSizePolyMap, Size(..))
-import Gargantext.Text.Terms.Mono (monoTexts)
+import Data.Vector (Vector)
+import Gargantext.Prelude
+import Gargantext.Text.Context (TermList)
import Gargantext.Viz.Phylo
+import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates.Cluster
+import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates.Document
+import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates.Fis
+import Gargantext.Viz.Phylo.BranchMaker
+import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
+import Gargantext.Viz.Phylo.LinkMaker
import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
-
-import qualified Data.Bool as Bool
+import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
+import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
import qualified Data.List as List
-import qualified Data.Map as Map
-import qualified Data.Maybe as Maybe
-import qualified Data.Set as Set
-import qualified Data.Tuple as Tuple
-import qualified Data.Vector as Vector
-
-
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 13 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
-
-
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 12 | -- Cluster the Fis
-
-
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 11 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
-
-
--- | To process the weightedLogJaccard between two PhyloGroups fields
-weightedLogJaccard :: Double -> PhyloGroupId -> Map (Int, Int) Double -> Map (Int, Int) Double -> (PhyloGroupId, Double)
-weightedLogJaccard s id f1 f2
- | null wUnion = (id,0)
- | wUnion == wInter = (id,1)
- | s == 0 = (id,(fromIntegral $ length wInter)/(fromIntegral $ length wUnion))
- | s > 0 = (id,(sumInvLog wInter)/(sumInvLog wUnion))
- | otherwise = (id,(sumLog wInter)/(sumLog wUnion))
- where
- --------------------------------------
- wInter :: [Double]
- wInter = elems $ intersectionWith (+) f1 f2
- --------------------------------------
- wUnion :: [Double]
- wUnion = elems $ unionWith (+) f1 f2
- --------------------------------------
- sumInvLog :: [Double] -> Double
- sumInvLog l = foldl (\mem x -> mem + (1 / log (s + x))) 0 l
- --------------------------------------
- sumLog :: [Double] -> Double
- sumLog l = foldl (\mem x -> mem + log (s + x)) 0 l
- --------------------------------------
-
-
--- | To apply the corresponding proximity function based on a given Proximity
-getProximity :: Proximity -> Double -> PhyloGroup -> PhyloGroup -> (PhyloGroupId, Double)
-getProximity prox s g1 g2 = case prox of
- WeightedLogJaccard -> weightedLogJaccard s (getGroupId g2) (getGroupCooc g1) (unifySharedKeys (getGroupCooc g2) (getGroupCooc g1))
- Other -> undefined
- _ -> panic ("[ERR][Viz.Phylo.Example.getProximity] Proximity function not defined")
-
-
--- | To get the next or previous PhyloPeriod based on a given PhyloPeriodId
-getNextPeriods :: PairTo -> PhyloPeriodId -> [PhyloPeriodId] -> [PhyloPeriodId]
-getNextPeriods to id l = case to of
- Childs -> unNested id ((tail . snd) next)
- Parents -> unNested id ((reverse . fst) next)
- _ -> panic ("[ERR][Viz.Phylo.Example.getNextPeriods] PairTo type not defined")
- where
- --------------------------------------
- next :: ([PhyloPeriodId], [PhyloPeriodId])
- next = splitAt idx l
- --------------------------------------
- idx :: Int
- idx = case (List.elemIndex id l) of
- Nothing -> panic ("[ERR][Viz.Phylo.Example.getNextPeriods] PhyloPeriodId not defined")
- Just i -> i
- --------------------------------------
- -- | To have an non-overlapping next period
- unNested :: PhyloPeriodId -> [PhyloPeriodId] -> [PhyloPeriodId]
- unNested x l
- | null l = []
- | nested (fst $ head l) x = unNested x (tail l)
- | nested (snd $ head l) x = unNested x (tail l)
- | otherwise = l
- --------------------------------------
- nested :: Date -> PhyloPeriodId -> Bool
- nested d prd = d >= fst prd && d <= snd prd
- --------------------------------------
-
-
--- | To find the best set (max = 2) of Childs/Parents candidates based on a given Proximity mesure until a maximum depth (max = Period + 5 units )
-findBestCandidates :: PairTo -> Int -> Int -> Double -> Double -> PhyloGroup -> Phylo -> [(PhyloGroupId, Double)]
-findBestCandidates to depth max thr s group p
- | depth > max || (null . head) next = []
- | (not . null) best = take 2 best
- | otherwise = findBestCandidates to (depth + 1) max thr s group p
- where
- --------------------------------------
- next :: [PhyloPeriodId]
- next = getNextPeriods to (getGroupPeriod group) (getPhyloPeriods p)
- --------------------------------------
- candidates :: [PhyloGroup]
- candidates = getGroupsWithFilters (getGroupLevel group) (head next) p
- --------------------------------------
- scores :: [(PhyloGroupId, Double)]
- scores = map (\group' -> getProximity WeightedLogJaccard s group group') candidates
- --------------------------------------
- best :: [(PhyloGroupId, Double)]
- best = reverse
- $ sortOn snd
- $ filter (\(id,score) -> score >= thr) scores
- --------------------------------------
-
-
--- | To add a new list of Pointers into an existing Childs/Parents list of Pointers
-makePair :: PairTo -> PhyloGroup -> [(PhyloGroupId, Double)] -> PhyloGroup
-makePair to group ids = case to of
- Childs -> over (phylo_groupPeriodChilds) addPointers group
- Parents -> over (phylo_groupPeriodParents) addPointers group
- _ -> panic ("[ERR][Viz.Phylo.Example.makePair] PairTo type not defined")
- where
- --------------------------------------
- addPointers :: [Pointer] -> [Pointer]
- addPointers l = nub $ (l ++ ids)
- --------------------------------------
-
-
--- | To pair all the Phylogroups of given PhyloLevel to their best Parents or Childs
-pairGroupsToGroups :: PairTo -> Level -> Double -> Double -> Phylo -> Phylo
-pairGroupsToGroups to lvl thr s p = alterPhyloGroupsWith
- (\groups ->
- map (\group ->
- let
- --------------------------------------
- candidates :: [(PhyloGroupId, Double)]
- candidates = findBestCandidates to 1 5 thr s group p
- --------------------------------------
- in
- makePair to group candidates ) groups)
- getGroupLevel (getLevelValue lvl) p
-
-
-phyloWithPair_1_Childs :: Phylo
-phyloWithPair_1_Childs = pairGroupsToGroups Childs (initLevel 1 Level_1) 0.1 0.5 phyloWithPair_1_Parents
-
-
-phyloWithPair_1_Parents :: Phylo
-phyloWithPair_1_Parents = pairGroupsToGroups Parents (initLevel 1 Level_1) 0.1 0.5 phyloLinked_0_1
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 10 | -- Build the coocurency Matrix of the Phylo
-
-
--- | Are two PhyloGroups sharing at leats one Ngrams
-shareNgrams :: PhyloGroup -> PhyloGroup -> Bool
-shareNgrams g g' = (not . null) $ intersect (getGroupNgrams g) (getGroupNgrams g')
-
-
--- | To get the good pair of keys (x,y) or (y,x) in a given Map (a,b) c
-getKeyPair :: (Int,Int) -> Map (Int,Int) a -> (Int,Int)
-getKeyPair (x,y) m = case findPair (x,y) m of
- Nothing -> panic "[ERR][Viz.Phylo.Example.getKeyPair] Nothing"
- Just i -> i
- where
- --------------------------------------
- findPair :: (Int,Int) -> Map (Int,Int) a -> Maybe (Int,Int)
- findPair (x,y) m
- | member (x,y) m = Just (x,y)
- | member (y,x) m = Just (y,x)
- | otherwise = Nothing
- --------------------------------------
-
-
--- | To get all combinations of a list with no repetition and apply a function to the resulting list of pairs
-listToCombi :: forall a b. (a -> b) -> [a] -> [(b,b)]
-listToCombi f l = [ (f x, f y) | (x:rest) <- tails l, y <- rest ]
-
-
--- | To transform the Fis into a coocurency Matrix in a Phylo
-fisToCooc :: Map (Date, Date) Fis -> Phylo -> Map (Int, Int) Double
-fisToCooc m p = map (/docs)
- $ foldl (\mem x -> adjust (+1) (getKeyPair x mem) mem) cooc
- $ concat
- $ map (\x -> listToCombi (\x -> ngramsToIdx x p) $ (Set.toList . fst) x) fis
- where
- --------------------------------------
- fis :: [(Clique,Support)]
- fis = concat $ map (\x -> Map.toList x) (elems m)
- --------------------------------------
- fisNgrams :: [Ngrams]
- fisNgrams = foldl (\mem x -> union mem $ (Set.toList . fst) x) [] fis
- --------------------------------------
- docs :: Double
- docs = fromIntegral $ foldl (\mem x -> mem + (snd x)) 0 fis
- --------------------------------------
- cooc :: Map (Int, Int) (Double)
- cooc = Map.fromList $ map (\x -> (x,0)) (listToCombi (\x -> ngramsToIdx x p) fisNgrams)
- --------------------------------------
-
-
-phyloCooc :: Map (Int, Int) Double
-phyloCooc = fisToCooc phyloFisFiltered phyloLinked_0_1
-
-
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 9 | -- Build level 1 of the Phylo
-
-
--- | To Cliques into Groups
-cliqueToGroup :: PhyloPeriodId -> Int -> Int -> Ngrams -> (Clique,Support) -> Map (Date, Date) Fis -> Phylo -> PhyloGroup
-cliqueToGroup period lvl idx label fis m p = PhyloGroup ((period, lvl), idx)
- label
- ngrams
- (singleton "support" (fromIntegral $ snd fis))
- cooc
- [] [] [] []
- where
- --------------------------------------
- ngrams :: [Int]
- ngrams = sort $ map (\x -> ngramsToIdx x p)
- $ Set.toList
- $ fst fis
- --------------------------------------
- cooc :: Map (Int, Int) Double
- cooc = filterWithKey (\k _ -> elem (fst k) ngrams && elem (snd k) ngrams)
- $ fisToCooc (restrictKeys m $ Set.fromList [period]) p
- --------------------------------------
+------------------------------------------------------
+-- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
+------------------------------------------------------
+export :: IO ()
+export = dotToFile "/home/qlobbe/data/epique/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot
--- | To transform Fis into PhyloLevels
-fisToPhyloLevel :: Map (Date, Date) Fis -> Phylo -> Phylo
-fisToPhyloLevel m p = over (phylo_periods . traverse)
- (\period ->
- let periodId = _phylo_periodId period
- fisList = zip [1..] (Map.toList (m ! periodId))
- in over (phylo_periodLevels)
- (\levels ->
- let groups = map (\fis -> cliqueToGroup periodId 1 (fst fis) "" (snd fis) m p) fisList
- in levels ++ [PhyloLevel (periodId, 1) groups]
- ) period ) p
+phyloDot :: DotGraph DotId
+phyloDot = viewToDot phyloView
+phyloView :: PhyloView
+phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
-phyloLinked_0_1 :: Phylo
-phyloLinked_0_1 = alterLevelLinks lvl_0_1 phyloLinked_1_0
+-- | To do : create an other request handler and an other query parser
+queryParser' :: [Char] -> PhyloQueryView
+queryParser' _q = phyloQueryView
+queryViewEx :: [Char]
+queryViewEx = "level=3"
+ ++ "&childs=false"
+ ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
+ ++ "&metric=BranchAge"
+ ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
+ ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
-lvl_0_1 :: LevelLink
-lvl_0_1 = initLevelLink (initLevel 0 Level_0) (initLevel 1 Level_1)
+phyloQueryView :: PhyloQueryView
+phyloQueryView = PhyloQueryView 1 Merge False 1 [BranchAge] [] [BranchPeakFreq,GroupLabelCooc] (Just (ByBranchAge,Asc)) Json Flat True
-phyloLinked_1_0 :: Phylo
-phyloLinked_1_0 = alterLevelLinks lvl_1_0 phyloWithGroups1
+--------------------------------------------------
+-- | STEP 11 | -- Create a Phylo from a user Query
+--------------------------------------------------
-lvl_1_0 :: LevelLink
-lvl_1_0 = initLevelLink (initLevel 1 Level_1) (initLevel 0 Level_0)
+phyloFromQuery :: Phylo
+phyloFromQuery = toPhylo (queryParser queryEx) corpus actants termList
-phyloWithGroups1 :: Phylo
-phyloWithGroups1 = updatePhyloByLevel (initLevel 1 Level_1) phyloLinked_m1_0
+-- | To do : create a request handler and a query parser
+queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
+queryParser _q = phyloQueryBuild
+queryEx :: [Char]
+queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
+ ++ "&desc=An example of Phylomemy (french without accent)"
+ ++ "grain=5&steps=3"
+ ++ "cluster=FrequentItemSet"
+ ++ "interTemporalMatching=WeightedLogJaccard"
+ ++ "nthLevel=2"
+ ++ "nthCluster=RelatedComponents"
+ ++ "nthProximity=Filiation"
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 8 | -- Create Frequent Items Sets by Period and filter them
-
-
--- | To Filter Fis by support
-filterFisBySupport :: Bool -> Int -> Map (Date, Date) Fis -> Map (Date, Date) Fis
-filterFisBySupport empty min m = case empty of
- True -> Map.map (\fis -> filterMinorFis min fis) m
- False -> Map.map (\fis -> filterMinorFisNonEmpty min fis) m
+phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
+phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
+ 5 3 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.1 10) 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.13 0)
--- | To filter Fis with small Support, to preserve nonempty periods please use : filterFisBySupport False
-filterMinorFis :: Int -> Fis -> Fis
-filterMinorFis min fis = Map.filter (\s -> s > min) fis
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+-- | STEP 10 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
--- | To filter Fis with small Support but by keeping non empty Periods
-filterMinorFisNonEmpty :: Int -> Fis -> Fis
-filterMinorFisNonEmpty min fis = if (Map.null fis') && (not $ Map.null fis)
- then filterMinorFisNonEmpty (min - 1) fis
- else fis'
- where
- --------------------------------------
- fis' :: Fis
- fis' = filterMinorFis min fis
- --------------------------------------
+phylo6 :: Phylo
+phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
--- | To filter nested Fis
-filterFisByNested :: Map (Date, Date) Fis -> Map (Date, Date) Fis
-filterFisByNested = map (\fis -> restrictKeys fis
- $ Set.fromList
- $ filterNestedSets (head (keys fis)) (keys fis) []
- )
+phylo3 :: Phylo
+phylo3 = setPhyloBranches 3
+ $ interTempoMatching Descendant 3 defaultWeightedLogJaccard
+ $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
+ $ setLevelLinks (2,3)
+ $ addPhyloLevel 3
+ (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
+ phyloBranch2
--- | To transform a list of Documents into a Frequent Items Set
-docsToFis :: Map (Date, Date) [Document] -> Map (Date, Date) Fis
-docsToFis docs = map (\d -> fisWithSizePolyMap
- (Segment 1 20)
- 1
- (map (words . text) d)) docs
+--------------------------------
+-- | STEP 9 | -- Cluster the Fis
+--------------------------------
-phyloFisFiltered :: Map (Date, Date) Fis
-phyloFisFiltered = filterFisBySupport True 1 (filterFisByNested phyloFis)
+phyloBranch2 :: Phylo
+phyloBranch2 = setPhyloBranches 2 phylo2_c
-phyloFis :: Map (Date, Date) Fis
-phyloFis = docsToFis phyloPeriods
+phylo2_c :: Phylo
+phylo2_c = interTempoMatching Descendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_p
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 7 | -- Link level -1 to level 0
+phylo2_p :: Phylo
+phylo2_p = interTempoMatching Ascendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_1_2
-phyloLinked_m1_0 :: Phylo
-phyloLinked_m1_0 = alterLevelLinks lvl_m1_0 phyloLinked_0_m1
+phylo2_1_2 :: Phylo
+phylo2_1_2 = setLevelLinks (1,2) phylo2
-lvl_m1_0 :: LevelLink
-lvl_m1_0 = initLevelLink (initLevel (-1) Level_m1) (initLevel 0 Level_0)
+-- | phylo2 allready contains the LevelChilds links from 2 to 1
+phylo2 :: Phylo
+phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 6 | -- Link level 0 to level -1
+phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
+phyloCluster = phyloToClusters 1 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
--- | To set the LevelLinks between a given PhyloGroup and a list of childs/parents PhyloGroups
-linkGroupToGroups :: LevelLink -> PhyloGroup -> [PhyloGroup] -> PhyloGroup
-linkGroupToGroups lvl current targets
- | getLevelLinkValue From lvl < getLevelLinkValue To lvl = setLevelParents current
- | getLevelLinkValue From lvl > getLevelLinkValue To lvl = setLevelChilds current
- | otherwise = current
- where
- --------------------------------------
- setLevelChilds :: PhyloGroup -> PhyloGroup
- setLevelChilds = over (phylo_groupLevelChilds) addPointers
- --------------------------------------
- setLevelParents :: PhyloGroup -> PhyloGroup
- setLevelParents = over (phylo_groupLevelParents) addPointers
- --------------------------------------
- addPointers :: [Pointer] -> [Pointer]
- addPointers lp = lp ++ Maybe.mapMaybe (\target ->
- if shouldLink lvl (_phylo_groupNgrams current)
- (_phylo_groupNgrams target )
- then Just ((getGroupId target),1)
- else Nothing) targets
- --------------------------------------
+----------------------------------
+-- | STEP 8 | -- Find the Branches
+----------------------------------
--- | To set the LevelLinks between two lists of PhyloGroups
-linkGroupsByLevel :: LevelLink -> Phylo -> [PhyloGroup] -> [PhyloGroup]
-linkGroupsByLevel lvl p groups = map (\group ->
- if getGroupLevel group == getLevelLinkValue From lvl
- then linkGroupToGroups lvl group (getGroupsWithFilters (getLevelLinkValue To lvl) (getGroupPeriod group) p)
- else group ) groups
+phyloBranch1 :: Phylo
+phyloBranch1 = setPhyloBranches 1 phylo1_c
--- | To set the LevelLink of all the PhyloGroups of a Phylo
-alterLevelLinks :: LevelLink -> Phylo -> Phylo
-alterLevelLinks lvl p = alterPhyloGroups (linkGroupsByLevel lvl p) p
+--------------------------------------------------------------------
+-- | STEP 7 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
+--------------------------------------------------------------------
-phyloLinked_0_m1 :: Phylo
-phyloLinked_0_m1 = alterLevelLinks lvl_0_m1 phyloWithGroups0
+phylo1_c :: Phylo
+phylo1_c = interTempoMatching Descendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_p
-lvl_0_m1 :: LevelLink
-lvl_0_m1 = initLevelLink (initLevel 0 Level_0) (initLevel (-1) Level_m1)
+phylo1_p :: Phylo
+phylo1_p = interTempoMatching Ascendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_0_1
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 5 | -- Build level 0 as a copy of level -1
+-----------------------------------------------
+-- | STEP 6 | -- Build the level 1 of the Phylo
+-----------------------------------------------
--- | To clone the last PhyloLevel of each PhyloPeriod and update it with a new LevelValue
-clonePhyloLevel :: Int -> Phylo -> Phylo
-clonePhyloLevel lvl p = alterPhyloLevels (\l -> addPhyloLevel
- (setPhyloLevelId lvl $ head l)
- l) p
+phylo1_0_1 :: Phylo
+phylo1_0_1 = setLevelLinks (0,1) phylo1_1_0
-phyloWithGroups0 :: Phylo
-phyloWithGroups0 = updatePhyloByLevel (initLevel 0 Level_0) phyloWithGroupsm1
+phylo1_1_0 :: Phylo
+phylo1_1_0 = setLevelLinks (1,0) phylo1
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 4 | -- Build level -1
+phylo1 :: Phylo
+phylo1 = addPhyloLevel (1) phyloFis phylo
--- | To transform a list of Documents into a PhyloLevel
-docsToPhyloLevel :: Int ->(Date, Date) -> [Document] -> Phylo -> PhyloLevel
-docsToPhyloLevel lvl (d, d') docs p = initPhyloLevel
- ((d, d'), lvl)
- (map (\(f,s) -> initGroup [s] s f lvl d d' p)
- $ zip [1..]
- $ (nub . concat)
- $ map (words . text) docs)
+-------------------------------------------------------------------
+-- | STEP 5 | -- Create lists of Frequent Items Set and filter them
+-------------------------------------------------------------------
--- | To transform a Map of Periods and Documents into a list of PhyloPeriods
-docsToPhyloPeriods :: Int -> Map (Date,Date) [Document] -> Phylo -> [PhyloPeriod]
-docsToPhyloPeriods lvl docs p = map (\(id,l) -> initPhyloPeriod id l)
- $ Map.toList levels
- where
- --------------------------------------
- levels :: Map (Date,Date) [PhyloLevel]
- levels = mapWithKey (\k v -> [docsToPhyloLevel lvl k v p]) docs
- --------------------------------------
+phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
+phyloFis = filterFis True 1 (filterFisByClique)
+ $ filterFisByNested
+ $ filterFis True 1 (filterFisBySupport) (docsToFis phyloDocs)
--- | To update a Phylo for a given Levels
-updatePhyloByLevel :: Level -> Phylo -> Phylo
-updatePhyloByLevel lvl p
- = case getLevelLabel lvl of
-
- Level_m1 -> appendPhyloPeriods (docsToPhyloPeriods (getLevelValue lvl) lvlData p) p
- where
- --------------------------------------
- lvlData :: Map (Date,Date) [Document]
- lvlData = phyloPeriods
- --------------------------------------
- Level_0 -> clonePhyloLevel (getLevelValue lvl) p
+----------------------------------------
+-- | STEP 2 | -- Init a Phylo of level 0
+----------------------------------------
- Level_1 -> fisToPhyloLevel lvlData p
- where
- --------------------------------------
- lvlData :: Map (Date, Date) Fis
- lvlData = phyloFisFiltered
- --------------------------------------
- _ -> panic ("[ERR][Viz.Phylo.Example.updatePhyloByLevel] Level not defined")
+phylo :: Phylo
+phylo = addPhyloLevel 0 phyloDocs phyloBase
-phyloWithGroupsm1 :: Phylo
-phyloWithGroupsm1 = updatePhyloByLevel (initLevel (-1) Level_m1) phylo
+phyloDocs :: Map (Date, Date) [Document]
+phyloDocs = corpusToDocs corpus phyloBase
------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 3 | -- Parse the Documents and group them by Periods
-
-
--- | To init a set of periods out of a given Grain and Step
-docsToPeriods :: (Ord date, Enum date) => (doc -> date)
- -> Grain -> Step -> [doc] -> Map (date, date) [doc]
-docsToPeriods _ _ _ [] = panic "[ERR][Viz.Phylo.Example.docsToPeriods] Empty [Documents] can not have any periods"
-docsToPeriods f g s es = Map.fromList $ zip hs $ map (inPeriode f es) hs
- where
- --------------------------------------
- hs = steps g s $ both f (head es, last es)
- --------------------------------------
- inPeriode :: Ord b => (t -> b) -> [t] -> (b, b) -> [t]
- inPeriode f' h (start,end) =
- fst $ List.partition (\d -> f' d >= start && f' d <= end) h
- --------------------------------------
- steps :: (Eq date, Enum date) => Grain -> Step -> (date, date) -> [(date, date)]
- steps s' o' (start,end) = map (\l -> (head l, last l))
- $ chunkAlong s' o' [start .. end]
- --------------------------------------
-
-
--- | To parse a list of Documents by filtering on a Vector of Ngrams
-parseDocs :: PhyloNgrams -> [Document] -> [Document]
-parseDocs l docs = map (\(Document d t) -> Document d (unwords
- $ filter (\x -> Vector.elem x l)
- $ monoTexts t)) docs
-
-
--- | To group a list of Documents by fixed periods
-groupDocsByPeriod :: Grain -> Step -> [Document] -> Phylo -> Map (Date, Date) [Document]
-groupDocsByPeriod g s docs p = docsToPeriods date g s
- $ parseDocs (getPhyloNgrams p) docs
-
-
-phyloPeriods :: Map (Date, Date) [Document]
-phyloPeriods = groupDocsByPeriod 5 3 phyloDocs phylo
-
-
+-- | STEP 1 | -- Init the Base of the Phylo from Periods and Foundations
------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 2 | -- Init an initial list of Ngrams and a Phylo
--- | To init a Phylomemy
-initPhylo :: [Document] -> PhyloNgrams -> Phylo
-initPhylo docs ngrams = Phylo (both date $ (last &&& head) docs) ngrams []
+phyloBase :: Phylo
+phyloBase = initPhyloBase periods (PhyloFoundations foundationsRoots termList) defaultPhyloParam
+periods :: [(Date,Date)]
+periods = initPeriods 5 3
+ $ both fst (head' "Example" corpus,last corpus)
--- | To init a PhyloNgrams as a Vector of Ngrams
-initNgrams :: [Ngrams] -> PhyloNgrams
-initNgrams l = Vector.fromList $ map toLower l
+foundationsRoots :: Vector Ngrams
+foundationsRoots = initFoundationsRoots actants
-phylo :: Phylo
-phylo = initPhylo phyloDocs (initNgrams actants)
-
-
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 1 | -- Get a list of Document
-
-
--- | To transform a corpus of texts into a structured list of Documents
-corpusToDocs :: [(Date, Text)] -> [Document]
-corpusToDocs l = map (\(d,t) -> Document d t) l
-
-
-phyloDocs :: [Document]
-phyloDocs = corpusToDocs corpus
+--------------------------------------------
+-- | STEP 0 | -- Let's start with an example
+--------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------
--- | STEP 0 | -- Let's start with an example
+-- this is a comment
+termList :: TermList
+termList = []
actants :: [Ngrams]
actants = [ "Cleopatre" , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
, "Marc-Antoine", "Cesar" , "Antoine" , "Octave" , "Rome"
, "Alexandrie" , "Auguste" , "Pompee" , "Cassius" , "Brutus"]
-
corpus :: [(Date, Text)]
-corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII. Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]
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+corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII. Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]