Add optional Accelerate dependency on Darwin for pkgs.nix
[gargantext.git] / bin / gargantext-cli / Main.hs
index aac47e167cc6af0b38f04e7b58f9bcd238596364..18ee2b373c41daae0be0b8e79048d95fed11dc47 100644 (file)
@@ -11,45 +11,105 @@ Main specifications to index a corpus with a term list
 
  -}
 
-{-# LANGUAGE DataKinds         #-}
-{-# LANGUAGE DeriveGeneric     #-}
-{-# LANGUAGE FlexibleInstances #-}
-{-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
-{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
 {-# LANGUAGE StandaloneDeriving #-}
-{-# LANGUAGE TypeOperators     #-}
+{-# LANGUAGE TypeOperators      #-}
 {-# LANGUAGE Strict             #-}
 
 module Main where
 
-import qualified Data.Vector as DV
-import qualified Data.Maybe  as DMaybe
-
+import Control.Concurrent.Async as CCA (mapConcurrently)
+import Control.Concurrent (getNumCapabilities, myThreadId, threadCapability)
 import Control.Monad (zipWithM)
 import Control.Monad.IO.Class
-
-import qualified Data.IntMap as DM
-
-import Data.Map (Map)
-import Data.Text (Text)
-import Data.List (cycle, concat)
+import Data.Aeson
+import Data.ByteString.Lazy (writeFile)
+import Data.Either (Either(..))
+import Data.List (cycle, concat, unwords)
 import Data.List.Split (chunksOf)
+import Data.Map.Strict (Map)
+import qualified Data.Map.Strict    as DM
+import Data.Text (pack, Text)
+import qualified Data.Text as DT
+import Data.Tuple.Extra (both)
+import qualified Data.Vector as DV
+import GHC.Generics
 import System.IO (hPutStr, hFlush, stderr)
 import System.Environment
-import Control.Concurrent.Async as CCA (mapConcurrently)
-import Control.Concurrent (getNumCapabilities)
-import Prelude ((>>))
 
 import Gargantext.Prelude
 import Gargantext.Core
 import Gargantext.Core.Types
-import Gargantext.Text.Terms
-import Gargantext.Text.Terms.WithList
-import Gargantext.Text.Parsers.CSV (readCsv, csv_title, csv_abstract, csv_publication_year)
-import Gargantext.Text.List.CSV (csvGraphTermList)
-import Gargantext.Text.Terms (terms)
-import Gargantext.Text.Metrics.Count (coocOn, Coocs)
+import Gargantext.Core.Text.Terms
+import Gargantext.Core.Text.Context
+import Gargantext.Core.Text.Terms.WithList
+import Gargantext.Core.Text.Corpus.Parsers.CSV (readCSVFile, csv_title, csv_abstract, csv_publication_year, unIntOrDec, fromMIntOrDec, defaultYear)
+import Gargantext.Core.Text.List.Formats.CSV (csvMapTermList)
+import Gargantext.Core.Text.Terms (terms)
+import Gargantext.Core.Text.Metrics.Count (coocOnContexts, Coocs)
+
+------------------------------------------------------------------------
+-- OUTPUT format
+
+data CoocByYear = CoocByYear { year         :: Int
+                             , nbContexts   :: NbContexts
+                             , coocurrences :: Map (Text, Text) Coocs
+                             } deriving (Show, Generic)
+
+data CoocByYears = CoocByYears { years :: [CoocByYear] }
+  deriving (Show, Generic)
+
+type NbContexts = Int
+
+instance ToJSON CoocByYear
+instance ToJSON CoocByYears
+------------------------------------------------------------------------
+
+filterTermsAndCooc
+  :: Patterns
+     -> (Int, [Text])
+     -> IO CoocByYear -- (Int, (Map (Text, Text) Coocs))
+filterTermsAndCooc patterns (year, ts) = do
+  log "start"
+  r <- coocOnContexts identity <$> mapM (\x -> {-log "work" >>-} terms' patterns x) ts
+  log "stop"
+  pure $ CoocByYear year (length ts) (DM.mapKeys (both DT.unwords) r)
+  where
 
+    log m = do
+      tid    <- myThreadId
+      (p, _) <- threadCapability tid
+      putStrLn . unwords $
+        ["filterTermsAndCooc:", m, show year, "on proc", show p]
+
+main :: IO ()
+main = do
+  [corpusFile, termListFile, outputFile] <- getArgs
+
+  --corpus :: IO (DM.IntMap [[Text]])
+  eCorpusFile <- readCSVFile corpusFile
+  case eCorpusFile of
+    Right cf -> do
+      let corpus = DM.fromListWith (<>)
+                   . DV.toList
+                   . DV.map (\n -> (fromMIntOrDec defaultYear $ csv_publication_year n, [(csv_title n) <> " " <> (csv_abstract n)]))
+                   . snd $ cf
+
+      -- termListMap :: [Text]
+      termList <- csvMapTermList termListFile
+
+      putStrLn $ show $ length termList
+
+      let patterns = buildPatterns termList
+
+      -- r <- mapConcurrentlyChunked (filterTermsAndCooc patterns) (DM.toList corpus)
+      r <-  mapConcurrently (filterTermsAndCooc patterns) (DM.toList corpus)
+      writeFile outputFile $ encode (CoocByYears r)
+    Left e -> panic $ "Error: " <> (pack e)
+
+
+
+------------------------------------------------------------------------
+-- | Tools
 mapMP :: MonadIO m => (a -> m b) -> [a] -> m [b]
 mapMP f xs = do
     bs <- zipWithM g (cycle "-\\|/") xs
@@ -61,42 +121,33 @@ mapMP f xs = do
       liftIO $ hFlush  stderr
       f x
 
+-- | Optimi that need further developments (not used yet)
 mapConcurrentlyChunked :: (a -> IO b) -> [a] -> IO [b]
 mapConcurrentlyChunked f ts = do
   caps <- getNumCapabilities
-  let n = caps `div` length ts
+  let n = 1 `max` (length ts `div` caps)
   concat <$> mapConcurrently (mapM f) (chunksOf n ts)
 
-filterTermsAndCooc
-  :: TermType Lang
-     -> (Int, [Text])
-     -> IO (Map (Terms, Terms) Coocs)
-filterTermsAndCooc patterns (year, ts) = do
-  log "start"
-  r <- coocOn identity <$> mapM (\x -> {-log "work" >>-} terms patterns x) ts
-  log "stop"
-  pure r
-  where
-    log m = putStrLn $ "filterTermsAndCooc: " <> m <> " " <> show year
 
---main :: IO [()]
-main = do
-  [corpusFile, termListFile, _] <- getArgs
+--terms' :: Patterns -> Text -> Corpus [[Text]]
+terms' pats txt = pure $ concat $ extractTermsWithList pats txt
 
-  --corpus :: IO (DM.IntMap [[Text]])
-  corpus <- DM.fromListWith (<>)
-                             . DV.toList
-                             . DV.map (\n -> (csv_publication_year n, [(csv_title n) <> " " <> (csv_abstract n)]))
-                             . snd
-                           <$> readCsv corpusFile
 
-  -- termListMap :: [Text]
-  termList <- csvGraphTermList termListFile
+-- | TODO Minimal Example
+--testCooc = do
+--  let patterns = buildPatterns testTermList
+--  mapM (\x -> {-log "work" >>-} terms' patterns x) $ catMaybes $ map (head . snd) testCorpus
+--  --mapConcurrently (filterTermsAndCooc patterns) testCorpus
 
-  putStrLn $ show $ length termList
 
-  let patterns = WithList $ buildPatterns termList
+testCorpus :: [(Int, [Text])]
+testCorpus = [ (1998, [pack "The beees"])
+             , (1999, [ pack "The bees and the flowers"
+                      --, pack "The bees and the flowers"
+                      ])
+             ]
 
-  r <- mapConcurrentlyChunked (filterTermsAndCooc patterns) (DM.toList corpus)
-  putStrLn $ show r
-  --writeFile outputFile cooc
+testTermList :: TermList
+testTermList = [ ([pack "bee"], [[pack "bees"]])
+               , ([pack "flower"], [[pack "flowers"]])
+               ]