ElEve: alternative split
[gargantext.git] / src / Gargantext / Viz / Phylo / Example.hs
index b686248c996c1e49d87d83ad8ee9de730b11b20d..97bf49cdc99af6ab6d75cfb948459f3d40afb937 100644 (file)
@@ -28,6 +28,7 @@ TODO:
 
 module Gargantext.Viz.Phylo.Example where
 
+import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
 import Data.Text (Text)
 import Data.List        ((++), last)
 import Data.Map         (Map)
@@ -35,6 +36,7 @@ import Data.Tuple       (fst)
 import Data.Tuple.Extra
 import Data.Vector      (Vector)
 import Gargantext.Prelude
+import Gargantext.Text.Context (TermList)
 import Gargantext.Viz.Phylo
 import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates.Cluster
 import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates.Document
@@ -44,6 +46,7 @@ import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
 import Gargantext.Viz.Phylo.LinkMaker
 import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
 import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
+import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
 import qualified Data.List   as List
 
 
@@ -51,6 +54,11 @@ import qualified Data.List   as List
 -- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
 ------------------------------------------------------
 
+export :: IO ()
+export = dotToFile "/home/qlobbe/data/epique/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot 
+
+phyloDot :: DotGraph DotId
+phyloDot = viewToDot phyloView
 
 phyloView :: PhyloView
 phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
@@ -64,12 +72,12 @@ queryViewEx = "level=3"
               ++ "&childs=false"
               ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
               ++ "&metric=BranchAge"
-              ++ "&tagger=BranchLabelFreq"
+              ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
               ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
 
 
 phyloQueryView :: PhyloQueryView
-phyloQueryView = PhyloQueryView 2 Merge False 1 [BranchAge] [defaultSmallBranch] [BranchLabelFreq,GroupLabelCooc] (Just (ByBranchAge,Asc)) Flat True
+phyloQueryView = PhyloQueryView 1 Merge False 1 [BranchAge] [] [BranchPeakFreq,GroupLabelCooc] (Just (ByBranchAge,Asc)) Json Flat True
 
 
 --------------------------------------------------
@@ -78,11 +86,11 @@ phyloQueryView = PhyloQueryView 2 Merge False 1 [BranchAge] [defaultSmallBranch]
 
 
 phyloFromQuery :: Phylo
-phyloFromQuery = toPhylo (queryParser queryEx) corpus actants actantsTrees
+phyloFromQuery = toPhylo (queryParser queryEx) corpus actants termList
 
 -- | To do : create a request handler and a query parser
 queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
-queryParser _q = phyloQuery
+queryParser _q = phyloQueryBuild
 
 queryEx :: [Char]
 queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
@@ -94,9 +102,9 @@ queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
           ++ "nthCluster=RelatedComponents"
           ++ "nthProximity=Filiation"
 
-phyloQuery :: PhyloQueryBuild
-phyloQuery = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
-             5 3 defaultFis [] [] defaultWeightedLogJaccard 3 defaultRelatedComponents
+phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
+phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
+             5 3 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.1 10) 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.13 0)
 
 
 
@@ -106,7 +114,7 @@ phyloQuery = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (fre
 
 
 phylo6 :: Phylo
-phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard defaultRelatedComponents phylo3
+phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
 
 
 phylo3 :: Phylo
@@ -115,7 +123,7 @@ phylo3 = setPhyloBranches 3
        $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
        $ setLevelLinks (2,3)
        $ addPhyloLevel 3
-          (phyloToClusters 2 defaultWeightedLogJaccard defaultRelatedComponents phyloBranch2)
+          (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
           phyloBranch2
 
 
@@ -146,7 +154,7 @@ phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
 
 
 phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
-phyloCluster = phyloToClusters 1 defaultWeightedLogJaccard defaultRelatedComponents phyloBranch1
+phyloCluster = phyloToClusters 1 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
 
 
 ----------------------------------
@@ -194,7 +202,9 @@ phylo1 =  addPhyloLevel (1) phyloFis phylo
 
 
 phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
-phyloFis = filterFisByNested $ filterFisBySupport False 1 (docsToFis phyloDocs)
+phyloFis = filterFis True 1 (filterFisByClique) 
+         $ filterFisByNested 
+         $ filterFis True 1 (filterFisBySupport) (docsToFis phyloDocs)
 
 
 ----------------------------------------
@@ -216,35 +226,30 @@ phyloDocs = corpusToDocs corpus phyloBase
 
 
 phyloBase :: Phylo
-phyloBase = initPhyloBase periods foundations peaks defaultPhyloParam
-
+phyloBase = initPhyloBase periods (PhyloFoundations foundationsRoots termList) defaultPhyloParam
 
 periods :: [(Date,Date)]
 periods = initPeriods 5 3
         $ both fst (head' "Example" corpus,last corpus)
 
-
-peaks :: PhyloPeaks
-peaks = initPeaks (map (\t -> alterLabels phyloAnalyzer t) actantsTrees) foundations
-
-
-foundations :: Vector Ngrams
-foundations = initFoundations actants
+foundationsRoots :: Vector Ngrams
+foundationsRoots = initFoundationsRoots actants
 
 
 --------------------------------------------
 -- | STEP 0 | -- Let's start with an example
 --------------------------------------------
 
-actantsTrees :: [Tree Ngrams]
-actantsTrees = [Node "Cite antique" [(Node "Rome" []),(Node "Alexandrie" [])]]
 
+-- this is a comment 
+
+termList :: TermList
+termList = []
 
 actants :: [Ngrams]
 actants = [ "Cleopatre"   , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
           , "Marc-Antoine", "Cesar"   , "Antoine"      , "Octave"  , "Rome"
           , "Alexandrie"  , "Auguste" , "Pompee"       , "Cassius" , "Brutus"]
 
-
 corpus :: [(Date, Text)]
 corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII.  Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]