[docs table] add GET request support
[gargantext.git] / bin / gargantext-phylo / Main.hs
index 82591e4295950d65980611275765ec2a51797227..7aebea1b72e4bd7a3765fe6cc994466e871c241e 100644 (file)
@@ -11,48 +11,42 @@ Phylo binaries
 
  -}
 
-{-# LANGUAGE DataKinds         #-}
-{-# LANGUAGE DeriveGeneric     #-}
-{-# LANGUAGE FlexibleInstances #-}
-{-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
-{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
 {-# LANGUAGE StandaloneDeriving #-}
-{-# LANGUAGE TypeOperators     #-}
+{-# LANGUAGE TypeOperators      #-}
 {-# LANGUAGE Strict             #-}
 
 module Main where
 
+import Control.Concurrent.Async as CCA (mapConcurrently)
+import Control.Monad (mapM)
 import Data.Aeson
-import Data.Text (Text, unwords)
+import Data.List ((++),concat)
+import Data.Maybe
+import Data.Text (Text, unwords, unlines)
 import GHC.Generics
 import GHC.IO (FilePath)
+import Gargantext.Database.Admin.Types.Hyperdata
+import Gargantext.Database.Admin.Types.Node
 import Gargantext.Prelude
-import Gargantext.Text.List.CSV (csvGraphTermList)
-import Gargantext.Text.Parsers.CSV (readCsv, csv_title, csv_abstract, csv_publication_year)
-import Gargantext.Text.Parsers (FileFormat(..),parseDocs)
-import Gargantext.Text.Terms.WithList
 import Gargantext.Text.Context (TermList)
-
-import System.Environment
-
+import Gargantext.Text.Corpus.Parsers (FileFormat(..),parseFile)
+import Gargantext.Text.Corpus.Parsers.CSV (csv_title, csv_abstract, csv_publication_year)
+import Gargantext.Text.List.CSV (csvMapTermList)
+import Gargantext.Text.Terms.WithList
 import Gargantext.Viz.Phylo
-import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
 import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
+import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
 import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
 import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
-
-
-import Gargantext.Database.Types.Node
-
-import Data.Maybe
-
-
-import qualified Data.Map    as DM
-import qualified Data.Vector as DV
+import System.Directory (doesFileExist)
+import System.Environment
+import qualified Data.ByteString.Lazy as L
 import qualified Data.List   as DL
+import qualified Data.Map    as DM
 import qualified Data.Text   as DT
+import qualified Data.Vector as DV
+import qualified Gargantext.Text.Corpus.Parsers.CSV as CSV
 import qualified Prelude     as P
-import qualified Data.ByteString.Lazy as L
 
 
 --------------
@@ -61,6 +55,7 @@ import qualified Data.ByteString.Lazy as L
 
 
 type ListPath   = FilePath
+type FisPath    = FilePath
 type CorpusPath = FilePath
 data CorpusType = Wos | Csv deriving (Show,Generic) 
 type Limit = Int
@@ -69,19 +64,25 @@ data Conf =
      Conf { corpusPath  :: CorpusPath
           , corpusType  :: CorpusType
           , listPath    :: ListPath
+          , fisPath     :: FilePath
           , outputPath  :: FilePath
           , phyloName   :: Text
           , limit       :: Limit
           , timeGrain   :: Int
           , timeStep    :: Int
+          , timeFrame   :: Int
+          , timeFrameTh :: Double          
           , timeTh      :: Double
           , timeSens    :: Double
+          , reBranchThr :: Double
+          , reBranchNth :: Int
           , clusterTh   :: Double
           , clusterSens :: Double
           , phyloLevel  :: Int
           , viewLevel   :: Int
           , fisSupport  :: Int
-          , fisClique   :: Int 
+          , fisClique   :: Int
+          , minSizeBranch :: Int 
      } deriving (Show,Generic)
 
 instance FromJSON Conf
@@ -90,6 +91,11 @@ instance ToJSON Conf
 instance FromJSON CorpusType
 instance ToJSON CorpusType
 
+
+decoder :: P.Either a b -> b
+decoder (P.Left _) = P.error "Error"
+decoder (P.Right x) = x
+
 -- | Get the conf from a Json file
 getJson :: FilePath -> IO L.ByteString
 getJson path = L.readFile path
@@ -106,16 +112,21 @@ filterTerms patterns (y,d) = (y,termsInText patterns d)
   where
     --------------------------------------
     termsInText :: Patterns -> Text -> [Text]
-    termsInText pats txt = DL.nub $ DL.concat $ map (map unwords) $ extractTermsWithList pats txt
+    termsInText pats txt = DL.nub
+                         $ DL.concat
+                         $ map (map unwords)
+                         $ extractTermsWithList pats txt
     --------------------------------------
 
 
 -- | To transform a Csv nfile into a readable corpus
 csvToCorpus :: Limit -> CorpusPath -> IO ([(Int,Text)])
 csvToCorpus limit csv = DV.toList
+                      -- . DV.reverse
                       . DV.take limit
+                      -- . DV.reverse
                       . DV.map (\n -> (csv_publication_year n, (csv_title n) <> " " <> (csv_abstract n)))
-                      . snd <$> readCsv csv
+                      . snd <$> CSV.readFile csv
 
 
 -- | To transform a Wos nfile into a readable corpus
@@ -126,7 +137,8 @@ wosToCorpus limit path = DL.take limit
                          . filter (\d -> (isJust $_hyperdataDocument_publication_year d)
                                       && (isJust $_hyperdataDocument_title d)
                                       && (isJust $_hyperdataDocument_abstract d))
-                         <$> parseDocs WOS path
+                         . concat
+                         <$> mapConcurrently (\idx -> parseFile WOS (path <> show(idx) <> ".txt")) [1..20]
 
 
 -- | To use the correct parser given a CorpusType
@@ -144,6 +156,25 @@ parse format limit path l = do
   pure $ map ( (\(y,t) -> Document y t) . filterTerms patterns) corpus
 
 
+-- | To parse an existing Fis file
+parseFis :: FisPath -> Text -> Int -> Int -> Int -> Int -> IO [PhyloFis]
+parseFis path name grain step support clique = do
+  fisExists <- doesFileExist (path <> (DT.unpack name) <> "_" <> show(grain) <> "_" <> show(step) <> "_" <> show(support) <> "_" <> show(clique) <> ".json")
+  if fisExists 
+    then do 
+      fisJson <- (eitherDecode <$> getJson (path <> (DT.unpack name) <> "_" <> show(grain) <> "_" <> show(step) <> "_" <> show(support) <> "_" <> show(clique) <> ".json")) :: IO (P.Either P.String [PhyloFis])
+      case fisJson of 
+        P.Left err -> do 
+                       putStrLn err
+                       pure []
+        P.Right fis -> pure fis
+    else pure []
+
+writeFis :: FisPath -> Text -> Int -> Int -> Int -> Int -> DM.Map (Date,Date) [PhyloFis] -> IO ()
+writeFis path name grain step support clique fis = do 
+  let fisPath = path <> (DT.unpack name) <> "_" <> show(grain) <> "_" <> show(step) <> "_" <> show(support) <> "_" <> show(clique) <> ".json"
+  L.writeFile fisPath $ encode (DL.concat $ DM.elems fis)
+
 --------------
 -- | Main | --
 --------------
@@ -160,21 +191,28 @@ main = do
     P.Left err -> putStrLn err
     P.Right conf -> do
 
-      termList <- csvGraphTermList (listPath conf)
+      termList <- csvMapTermList (listPath conf)
 
       corpus <- parse (corpusType conf) (limit conf) (corpusPath conf) termList
 
-      let roots = DL.nub $ DL.concat $ map text corpus
+      putStrLn $ ("\n" <> show (length corpus) <> " parsed docs") 
 
-      putStrLn $ (show (length corpus) <> " parsed docs")
+      fis <- parseFis (fisPath conf) (phyloName conf) (timeGrain conf) (timeStep conf) (fisSupport conf) (fisClique conf)
+
+      putStrLn $ ("\n" <> show (length fis) <> " parsed fis")
+
+      let fis'  = DM.fromListWith (++) $ DL.sortOn (fst . fst) $ map (\f -> (getFisPeriod f,[f])) fis    
       
       let query = PhyloQueryBuild (phyloName conf) "" (timeGrain conf) (timeStep conf) 
-                  (Fis $ FisParams True (fisSupport conf) (fisClique conf)) [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams (timeTh conf) (timeSens conf)) (phyloLevel conf)
+                  (Fis $ FisParams True (fisSupport conf) (fisClique conf)) [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams (timeTh conf) (timeSens conf)) (timeFrame conf) (timeFrameTh conf) 
+                  (reBranchThr conf) (reBranchNth conf) (phyloLevel conf)
                   (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams (clusterTh conf) (clusterSens conf))
 
-      let queryView = PhyloQueryView (viewLevel conf) Merge False 1 [BranchAge] [defaultSmallBranch] [BranchPeakFreq,GroupLabelCooc] (Just (ByBranchAge,Asc)) Json Flat True           
+      let queryView = PhyloQueryView (viewLevel conf) Merge False 1 [BranchAge,BranchBirth,BranchGroups] [SizeBranch $ SBParams (minSizeBranch conf)] [GroupLabelIncDyn,BranchPeakInc] (Just (ByBranchBirth,Asc)) Json Flat True           
+
+      let phylo = toPhylo query corpus termList fis'
 
-      let phylo = toPhylo query corpus roots termList
+      writeFis (fisPath conf) (phyloName conf) (timeGrain conf) (timeStep conf) (fisSupport conf) (fisClique conf) (getPhyloFis phylo)
 
       let view  = toPhyloView queryView phylo