[FIX] History patch working, bug several NRE fixed, needs stemming scores now
[gargantext.git] / src / Gargantext / API / Ngrams.hs
index ea9534f98f71ce67fb83d8b97ab1189e9dfd0598..ea2103dfd160b6c777003a39c1109f74e5b58f41 100644 (file)
@@ -1,4 +1,3 @@
-{-# OPTIONS_GHC -fno-warn-unused-top-binds #-}
 {-|
 Module      : Gargantext.API.Ngrams
 Description : Server API
@@ -16,40 +15,32 @@ add get
 
 -}
 
+{-# OPTIONS_GHC -fno-warn-unused-top-binds #-}
+
 {-# LANGUAGE ConstraintKinds   #-}
-{-# LANGUAGE DataKinds         #-}
-{-# LANGUAGE DeriveGeneric     #-}
-{-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
-{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
 {-# LANGUAGE ScopedTypeVariables #-}
-{-# LANGUAGE TemplateHaskell   #-}
 {-# LANGUAGE TypeOperators     #-}
-{-# LANGUAGE FlexibleContexts  #-}
-{-# LANGUAGE FlexibleInstances #-}
-{-# LANGUAGE GeneralizedNewtypeDeriving #-}
-{-# LANGUAGE MultiParamTypeClasses #-}
-{-# LANGUAGE RankNTypes        #-}
 {-# LANGUAGE TypeFamilies      #-}
-{-# OPTIONS -fno-warn-orphans #-}
 
 module Gargantext.API.Ngrams
   ( TableNgramsApi
   , TableNgramsApiGet
   , TableNgramsApiPut
-  , TableNgramsApiPost
 
   , getTableNgrams
-  , putListNgrams
-  , tableNgramsPost
+  , setListNgrams
+  --, rmListNgrams TODO fix before exporting
   , apiNgramsTableCorpus
   , apiNgramsTableDoc
 
   , NgramsStatePatch
   , NgramsTablePatch
+  , NgramsTableMap
+
+  , NgramsTerm(..)
 
   , NgramsElement(..)
   , mkNgramsElement
-  , mergeNgramsElement
 
   , RootParent(..)
 
@@ -71,602 +62,84 @@ module Gargantext.API.Ngrams
   , renv_lock
 
   , TabType(..)
-  , ngramsTypeFromTabType
 
   , HasRepoVar(..)
   , HasRepoSaver(..)
   , HasRepo(..)
   , RepoCmdM
   , QueryParamR
-  , TODO(..)
+  , TODO
 
   -- Internals
   , getNgramsTableMap
+  , dumpJsonTableMap
   , tableNgramsPull
   , tableNgramsPut
 
+  , Version
   , Versioned(..)
   , currentVersion
   , listNgramsChangedSince
   )
   where
 
--- import Debug.Trace (trace)
-import Prelude (Enum, Bounded, Semigroup(..), minBound, maxBound {-, round-}, error)
--- import Gargantext.Database.Schema.User  (UserId)
-import Data.Patch.Class (Replace, replace, Action(act), Applicable(..),
-                         Composable(..), Transformable(..),
-                         PairPatch(..), Patched, ConflictResolution,
-                         ConflictResolutionReplace, ours)
+import Control.Concurrent
+import Control.Lens ((.~), view, (^.), (^..), (+~), (%~), (.~), sumOf, at, _Just, Each(..), (%%~), mapped, ifolded, withIndex)
+import Control.Monad.Reader
+import Data.Aeson hiding ((.=))
+import qualified Data.Aeson.Text as DAT
+import Data.Either (Either(..))
+import Data.Foldable
+import qualified Data.List as List
+import Data.Map.Strict (Map)
+import qualified Data.Map.Strict as Map
 import qualified Data.Map.Strict.Patch as PM
+import Data.Maybe (fromMaybe)
 import Data.Monoid
 import Data.Ord (Down(..))
-import Data.Foldable
---import Data.Semigroup
-import Data.Set (Set)
+import Data.Patch.Class (Action(act), Transformable(..), ours)
 import qualified Data.Set as S
-import qualified Data.List as List
-import Data.Maybe (fromMaybe)
--- import Data.Tuple.Extra (first)
-import qualified Data.Map.Strict as Map
-import Data.Map.Strict (Map)
 import qualified Data.Set as Set
-import Control.Category ((>>>))
-import Control.Concurrent
-import Control.Lens (makeLenses, makePrisms, Getter, Iso', iso, from, (.~), (?=), (#), to, folded, {-withIndex, ifolded,-} view, use, (^.), (^..), (^?), (+~), (%~), (%=), sumOf, at, _Just, Each(..), itraverse_, both, forOf_, (%%~), (?~), mapped)
-import Control.Monad.Error.Class (MonadError)
-import Control.Monad.Reader
-import Control.Monad.State
-import Data.Aeson hiding ((.=))
-import Data.Aeson.TH (deriveJSON)
-import Data.Either(Either(Left))
--- import Data.Map (lookup)
-import qualified Data.HashMap.Strict.InsOrd as InsOrdHashMap
 import Data.Swagger hiding (version, patch)
-import Data.Text (Text, isInfixOf, count)
-import Data.Validity
+import Data.Text (Text, isInfixOf, unpack)
+import Data.Text.Lazy.IO as DTL
 import Formatting (hprint, int, (%))
 import Formatting.Clock (timeSpecs)
 import GHC.Generics (Generic)
-import Gargantext.Core.Utils.Prefix (unPrefix, unPrefixSwagger)
--- import Gargantext.Database.Schema.Ngrams (NgramsTypeId, ngramsTypeId, NgramsTableData(..))
-import Gargantext.Database.Config (userMaster)
-import Gargantext.Database.Metrics.NgramsByNode (getOccByNgramsOnlyFast')
-import Gargantext.Database.Schema.Ngrams (NgramsType)
-import Gargantext.Database.Types.Node (NodeType(..))
-import Gargantext.Database.Utils (fromField', HasConnection)
-import Gargantext.Database.Node.Select
-import Gargantext.Database.Ngrams
---import Gargantext.Database.Lists (listsWith)
-import Gargantext.Database.Schema.Node (HasNodeError)
-import Database.PostgreSQL.Simple.FromField (FromField, fromField)
-import qualified Gargantext.Database.Schema.Ngrams as Ngrams
--- import Gargantext.Database.Schema.NodeNgram hiding (Action)
-import Gargantext.Prelude
--- import Gargantext.Core.Types (ListTypeId, listTypeId)
-import Gargantext.Core.Types (ListType(..), NodeId, ListId, DocId, Limit, Offset, HasInvalidError, assertValid)
 import Servant hiding (Patch)
 import System.Clock (getTime, TimeSpec, Clock(..))
-import System.FileLock (FileLock)
+import Servant.Job.Async (JobFunction(..), serveJobsAPI)
 import System.IO (stderr)
 import Test.QuickCheck (elements)
 import Test.QuickCheck.Arbitrary (Arbitrary, arbitrary)
 
-data TODO = TODO
-  deriving (Generic)
-
-instance ToSchema TODO where
-instance ToParamSchema TODO where
-
-------------------------------------------------------------------------
---data FacetFormat = Table | Chart
-data TabType   = Docs   | Trash   | MoreFav | MoreTrash
-               | Terms  | Sources | Authors | Institutes
-               | Contacts
-  deriving (Generic, Enum, Bounded, Show)
-
-instance FromHttpApiData TabType
-  where
-    parseUrlPiece "Docs"       = pure Docs
-    parseUrlPiece "Trash"      = pure Trash
-    parseUrlPiece "MoreFav"    = pure MoreFav
-    parseUrlPiece "MoreTrash"  = pure MoreTrash
-    
-    parseUrlPiece "Terms"      = pure Terms
-    parseUrlPiece "Sources"    = pure Sources
-    parseUrlPiece "Institutes" = pure Institutes
-    parseUrlPiece "Authors"    = pure Authors
-    
-    parseUrlPiece "Contacts"   = pure Contacts
-    
-    parseUrlPiece _            = Left "Unexpected value of TabType"
-
-instance ToParamSchema   TabType
-instance ToJSON    TabType
-instance FromJSON  TabType
-instance ToSchema  TabType
-instance Arbitrary TabType
-  where
-    arbitrary = elements [minBound .. maxBound]
+import Prelude (error)
+import Gargantext.Prelude hiding (log)
+
+import Gargantext.API.Admin.Orchestrator.Types (JobLog(..), AsyncJobs)
+import Gargantext.API.Admin.Types (HasSettings)
+import qualified Gargantext.API.Metrics as Metrics
+import Gargantext.API.Ngrams.Types
+import Gargantext.API.Prelude
+import Gargantext.Core.Types (ListType(..), NodeId, ListId, DocId, Limit, Offset, TODO, assertValid)
+import Gargantext.Core.Utils (something)
+-- import Gargantext.Core.Viz.Graph.API (recomputeGraph)
+-- import Gargantext.Core.Viz.Graph.Distances (Distance(Conditional))
+import Gargantext.Database.Action.Flow.Types
+import Gargantext.Database.Action.Metrics.NgramsByNode (getOccByNgramsOnlyFast')
+import Gargantext.Database.Admin.Config (userMaster)
+import Gargantext.Database.Admin.Types.Node (NodeType(..))
+import Gargantext.Database.Prelude (HasConnectionPool, HasConfig)
+import Gargantext.Database.Query.Table.Node.Error (HasNodeError)
+import Gargantext.Database.Query.Table.Node.Select
+import Gargantext.Database.Query.Table.Ngrams hiding (NgramsType(..), ngrams, ngramsType, ngrams_terms)
+import qualified Gargantext.Database.Query.Table.Ngrams as TableNgrams
+import Gargantext.Database.Query.Table.Node (getNode)
+import Gargantext.Database.Schema.Node (node_id, node_parentId, node_userId)
+import Gargantext.Prelude.Job
 
-newtype MSet a = MSet (Map a ())
-  deriving (Eq, Ord, Show, Generic, Arbitrary, Semigroup, Monoid)
-
-instance ToJSON a => ToJSON (MSet a) where
-  toJSON     (MSet m) = toJSON     (Map.keys m)
-  toEncoding (MSet m) = toEncoding (Map.keys m)
-
-mSetFromSet :: Set a -> MSet a
-mSetFromSet = MSet . Map.fromSet (const ())
-
-mSetFromList :: Ord a => [a] -> MSet a
-mSetFromList = MSet . Map.fromList . map (\x -> (x, ()))
-
--- mSetToSet :: Ord a => MSet a -> Set a
--- mSetToSet (MSet a) = Set.fromList ( Map.keys a)
-mSetToSet :: Ord a => MSet a -> Set a
-mSetToSet = Set.fromList . mSetToList
-
-mSetToList :: MSet a -> [a]
-mSetToList (MSet a) = Map.keys a
-
-instance Foldable MSet where
-  foldMap f (MSet m) = Map.foldMapWithKey (\k _ -> f k) m
-
-instance (Ord a, FromJSON a) => FromJSON (MSet a) where
-  parseJSON = fmap mSetFromList . parseJSON
-
-instance (ToJSONKey a, ToSchema a) => ToSchema (MSet a) where
-  -- TODO
-  declareNamedSchema _ = declareNamedSchema (Proxy :: Proxy TODO)
-
-------------------------------------------------------------------------
-type NgramsTerm = Text
-
-data RootParent = RootParent
-  { _rp_root   :: NgramsTerm
-  , _rp_parent :: NgramsTerm
-  }
-  deriving (Ord, Eq, Show, Generic)
-
-deriveJSON (unPrefix "_rp_") ''RootParent
-makeLenses ''RootParent
-
-data NgramsRepoElement = NgramsRepoElement
-  { _nre_size        :: Int
-  , _nre_list        :: ListType
---, _nre_root_parent :: Maybe RootParent
-  , _nre_root        :: Maybe NgramsTerm
-  , _nre_parent      :: Maybe NgramsTerm
-  , _nre_children    :: MSet NgramsTerm
-  }
-  deriving (Ord, Eq, Show, Generic)
-
-deriveJSON (unPrefix "_nre_") ''NgramsRepoElement
-makeLenses ''NgramsRepoElement
-
-data NgramsElement =
-     NgramsElement { _ne_ngrams      :: NgramsTerm
-                   , _ne_size        :: Int
-                   , _ne_list        :: ListType
-                   , _ne_occurrences :: Int
-                   , _ne_root        :: Maybe NgramsTerm
-                   , _ne_parent      :: Maybe NgramsTerm
-                   , _ne_children    :: MSet NgramsTerm
-                   }
-      deriving (Ord, Eq, Show, Generic)
-
-deriveJSON (unPrefix "_ne_") ''NgramsElement
-makeLenses ''NgramsElement
-
-mkNgramsElement :: NgramsTerm -> ListType -> Maybe RootParent -> MSet NgramsTerm -> NgramsElement
-mkNgramsElement ngrams list rp children =
-  NgramsElement ngrams size list 1 (_rp_root <$> rp) (_rp_parent <$> rp) children
-  where
-    -- TODO review
-    size = 1 + count " " ngrams
-
-newNgramsElement :: Maybe ListType -> NgramsTerm -> NgramsElement
-newNgramsElement mayList ngrams = mkNgramsElement ngrams (fromMaybe GraphTerm mayList) Nothing mempty
-
-instance ToSchema NgramsElement where
-  declareNamedSchema = genericDeclareNamedSchema (unPrefixSwagger "_ne_")
-instance Arbitrary NgramsElement where
-  arbitrary = elements [newNgramsElement Nothing "sport"]
-
-ngramsElementToRepo :: NgramsElement -> NgramsRepoElement
-ngramsElementToRepo
-  (NgramsElement { _ne_size = s
-                 , _ne_list = l
-                 , _ne_root = r
-                 , _ne_parent = p
-                 , _ne_children = c
-                 }) =
-  NgramsRepoElement
-    { _nre_size = s
-    , _nre_list = l
-    , _nre_parent = p
-    , _nre_root   = r
-    , _nre_children = c
-    }
-
-ngramsElementFromRepo :: NgramsTerm -> NgramsRepoElement -> NgramsElement
-ngramsElementFromRepo
-  ngrams
-  (NgramsRepoElement
-      { _nre_size = s
-      , _nre_list = l
-      , _nre_parent = p
-      , _nre_root = r
-      , _nre_children = c
-      }) =
-  NgramsElement { _ne_size = s
-                , _ne_list = l
-                , _ne_root = r
-                , _ne_parent = p
-                , _ne_children = c
-                , _ne_ngrams = ngrams
-                , _ne_occurrences = panic $ "API.Ngrams._ne_occurrences"
-                {-
-                -- Here we could use 0 if we want to avoid any `panic`.
-                -- It will not happen using getTableNgrams if
-                -- getOccByNgramsOnly provides a count of occurrences for
-                -- all the ngrams given.
-                -}
-                }
-
-------------------------------------------------------------------------
-newtype NgramsTable = NgramsTable [NgramsElement]
-  deriving (Ord, Eq, Generic, ToJSON, FromJSON, Show)
-
-type ListNgrams = NgramsTable
-
-makePrisms ''NgramsTable
-
--- | Question: why these repetition of Type in this instance
--- may you document it please ?
-instance Each NgramsTable NgramsTable NgramsElement NgramsElement where
-  each = _NgramsTable . each
-
--- TODO discuss
--- | TODO Check N and Weight
 {-
-toNgramsElement :: [NgramsTableData] -> [NgramsElement]
-toNgramsElement ns = map toNgramsElement' ns
-    where
-      toNgramsElement' (NgramsTableData _ p t _ lt w) = NgramsElement t lt' (round w) p' c'
-        where
-          p' = case p of
-                 Nothing -> Nothing
-                 Just x  -> lookup x mapParent
-          c' = maybe mempty identity $ lookup t mapChildren
-          lt' = maybe (panic "API.Ngrams: listypeId") identity lt
-      
-      mapParent :: Map Int Text
-      mapParent   = Map.fromListWith (<>) $ map (\(NgramsTableData i _ t _ _ _) -> (i,t)) ns
-      
-      mapChildren :: Map Text (Set Text)
-      mapChildren = Map.mapKeys (\i -> (maybe (panic "API.Ngrams.mapChildren: ParentId with no Terms: Impossible") identity $ lookup i mapParent))
-                  $ Map.fromListWith (<>)
-                  $ map (first fromJust)
-                  $ filter (isJust . fst)
-                  $ map (\(NgramsTableData _ p t _ _ _) -> (p, Set.singleton t)) ns
--}
-
-mockTable :: NgramsTable
-mockTable = NgramsTable
-  [ mkNgramsElement "animal"  GraphTerm      Nothing       (mSetFromList ["dog", "cat"])
-  , mkNgramsElement "cat"     GraphTerm     (rp "animal")  mempty
-  , mkNgramsElement "cats"    StopTerm       Nothing       mempty
-  , mkNgramsElement "dog"     GraphTerm     (rp "animal")  (mSetFromList ["dogs"])
-  , mkNgramsElement "dogs"    StopTerm      (rp "dog")     mempty
-  , mkNgramsElement "fox"     GraphTerm      Nothing       mempty
-  , mkNgramsElement "object"  CandidateTerm  Nothing       mempty
-  , mkNgramsElement "nothing" StopTerm       Nothing       mempty
-  , mkNgramsElement "organic" GraphTerm      Nothing       (mSetFromList ["flower"])
-  , mkNgramsElement "flower"  GraphTerm     (rp "organic") mempty
-  , mkNgramsElement "moon"    CandidateTerm  Nothing       mempty
-  , mkNgramsElement "sky"     StopTerm       Nothing       mempty
-  ]
-  where
-    rp n = Just $ RootParent n n
-
-instance Arbitrary NgramsTable where
-  arbitrary = pure mockTable
-
-instance ToSchema NgramsTable
-
-------------------------------------------------------------------------
-type NgramsTableMap = Map NgramsTerm NgramsRepoElement
-
-------------------------------------------------------------------------
--- On the Client side:
---data Action = InGroup     NgramsId NgramsId
---            | OutGroup    NgramsId NgramsId
---            | SetListType NgramsId ListType
-
-data PatchSet a = PatchSet
-  { _rem :: Set a
-  , _add :: Set a
-  }
-  deriving (Eq, Ord, Show, Generic)
-
-makeLenses ''PatchSet
-makePrisms ''PatchSet
-
-instance ToJSON a => ToJSON (PatchSet a) where
-  toJSON     = genericToJSON     $ unPrefix "_"
-  toEncoding = genericToEncoding $ unPrefix "_"
-
-instance (Ord a, FromJSON a) => FromJSON (PatchSet a) where
-  parseJSON = genericParseJSON $ unPrefix "_"
-
-{-
-instance (Ord a, Arbitrary a) => Arbitrary (PatchSet a) where
-  arbitrary = PatchSet <$> arbitrary <*> arbitrary
-
-type instance Patched (PatchSet a) = Set a
-
-type ConflictResolutionPatchSet a = SimpleConflictResolution' (Set a)
-type instance ConflictResolution (PatchSet a) = ConflictResolutionPatchSet a
-
-instance Ord a => Semigroup (PatchSet a) where
-  p <> q = PatchSet { _rem = (q ^. rem) `Set.difference` (p ^. add) <> p ^. rem
-                    , _add = (q ^. add) `Set.difference` (p ^. rem) <> p ^. add
-                    } -- TODO Review
-
-instance Ord a => Monoid (PatchSet a) where
-  mempty = PatchSet mempty mempty
-
-instance Ord a => Group (PatchSet a) where
-  invert (PatchSet r a) = PatchSet a r
-
-instance Ord a => Composable (PatchSet a) where
-  composable _ _ = undefined
-
-instance Ord a => Action (PatchSet a) (Set a) where
-  act p source = (source `Set.difference` (p ^. rem)) <> p ^. add
-
-instance Applicable (PatchSet a) (Set a) where
-  applicable _ _ = mempty
-
-instance Ord a => Validity (PatchSet a) where
-  validate p = check (Set.disjoint (p ^. rem) (p ^. add)) "_rem and _add should be dijoint"
-
-instance Ord a => Transformable (PatchSet a) where
-  transformable = undefined
-
-  conflicts _p _q = undefined
-
-  transformWith conflict p q = undefined conflict p q
-
-instance ToSchema a => ToSchema (PatchSet a)
--}
-
-type AddRem = Replace (Maybe ())
-
-remPatch, addPatch :: AddRem
-remPatch = replace (Just ()) Nothing
-addPatch = replace Nothing (Just ())
-
-isRem :: Replace (Maybe ()) -> Bool
-isRem = (== remPatch)
-
-type PatchMap = PM.PatchMap
-
-newtype PatchMSet a = PatchMSet (PatchMap a AddRem)
-  deriving (Eq, Show, Generic, Validity, Semigroup, Monoid,
-            Transformable, Composable)
-
-type ConflictResolutionPatchMSet a = a -> ConflictResolutionReplace (Maybe ())
-type instance ConflictResolution (PatchMSet a) = ConflictResolutionPatchMSet a
-
--- TODO this breaks module abstraction
-makePrisms ''PM.PatchMap
-
-makePrisms ''PatchMSet
-
-_PatchMSetIso :: Ord a => Iso' (PatchMSet a) (PatchSet a)
-_PatchMSetIso = _PatchMSet . _PatchMap . iso f g . from _PatchSet
-  where
-    f :: Ord a => Map a (Replace (Maybe ())) -> (Set a, Set a)
-    f = Map.partition isRem >>> both %~ Map.keysSet
-
-    g :: Ord a => (Set a, Set a) -> Map a (Replace (Maybe ()))
-    g (rems, adds) = Map.fromSet (const remPatch) rems
-                  <> Map.fromSet (const addPatch) adds
-
-instance Ord a => Action (PatchMSet a) (MSet a) where
-  act (PatchMSet p) (MSet m) = MSet $ act p m
-
-instance Ord a => Applicable (PatchMSet a) (MSet a) where
-  applicable (PatchMSet p) (MSet m) = applicable p m
-
-instance (Ord a, ToJSON a) => ToJSON (PatchMSet a) where
-  toJSON     = toJSON . view _PatchMSetIso
-  toEncoding = toEncoding . view _PatchMSetIso
-
-instance (Ord a, FromJSON a) => FromJSON (PatchMSet a) where
-  parseJSON = fmap (_PatchMSetIso #) . parseJSON
-
-instance (Ord a, Arbitrary a) => Arbitrary (PatchMSet a) where
-  arbitrary = (PatchMSet . PM.fromMap) <$> arbitrary
-
-instance ToSchema a => ToSchema (PatchMSet a) where
-  -- TODO
-  declareNamedSchema _ = declareNamedSchema (Proxy :: Proxy TODO)
-
-type instance Patched (PatchMSet a) = MSet a
-
-instance (Eq a, Arbitrary a) => Arbitrary (Replace a) where
-  arbitrary = uncurry replace <$> arbitrary
-    -- If they happen to be equal then the patch is Keep.
-
-instance ToSchema a => ToSchema (Replace a) where
-  declareNamedSchema (_ :: Proxy (Replace a)) = do
-    -- TODO Keep constructor is not supported here.
-    aSchema <- declareSchemaRef (Proxy :: Proxy a)
-    return $ NamedSchema (Just "Replace") $ mempty
-      & type_ ?~ SwaggerObject
-      & properties .~
-          InsOrdHashMap.fromList
-          [ ("old", aSchema)
-          , ("new", aSchema)
-          ]
-      & required .~ [ "old", "new" ]
-
-data NgramsPatch =
-     NgramsPatch { _patch_children :: PatchMSet NgramsTerm
-                 , _patch_list     :: Replace ListType   -- TODO Map UserId ListType
-                 }
-      deriving (Eq, Show, Generic)
-
-deriveJSON (unPrefix "_") ''NgramsPatch
-makeLenses ''NgramsPatch
-
-instance ToSchema  NgramsPatch where
-  declareNamedSchema = genericDeclareNamedSchema (unPrefixSwagger "_")
-
-instance Arbitrary NgramsPatch where
-  arbitrary = NgramsPatch <$> arbitrary <*> (replace <$> arbitrary <*> arbitrary)
-
-type NgramsPatchIso = PairPatch (PatchMSet NgramsTerm) (Replace ListType)
-
-_NgramsPatch :: Iso' NgramsPatch NgramsPatchIso
-_NgramsPatch = iso (\(NgramsPatch c l) -> c :*: l) (\(c :*: l) -> NgramsPatch c l)
-
-instance Semigroup NgramsPatch where
-  p <> q = _NgramsPatch # (p ^. _NgramsPatch <> q ^. _NgramsPatch)
-
-instance Monoid NgramsPatch where
-  mempty = _NgramsPatch # mempty
-
-instance Validity NgramsPatch where
-  validate p = p ^. _NgramsPatch . to validate
-
-instance Transformable NgramsPatch where
-  transformable p q = transformable (p ^. _NgramsPatch) (q ^. _NgramsPatch)
-
-  conflicts p q = conflicts (p ^. _NgramsPatch) (q ^. _NgramsPatch)
-
-  transformWith conflict p q = (_NgramsPatch # p', _NgramsPatch # q')
-    where
-      (p', q') = transformWith conflict (p ^. _NgramsPatch) (q ^. _NgramsPatch)
-
-type ConflictResolutionNgramsPatch =
-  ( ConflictResolutionPatchMSet NgramsTerm
-  , ConflictResolutionReplace ListType
-  )
-type instance ConflictResolution NgramsPatch =
-  ConflictResolutionNgramsPatch
-
-type PatchedNgramsPatch = (Set NgramsTerm, ListType)
-  -- ~ Patched NgramsPatchIso
-type instance Patched NgramsPatch = PatchedNgramsPatch
-
-instance Applicable NgramsPatch (Maybe NgramsRepoElement) where
-  applicable p Nothing   = check (p == mempty) "NgramsPatch should be empty here"
-  applicable p (Just nre) =
-    applicable (p ^. patch_children) (nre ^. nre_children) <>
-    applicable (p ^. patch_list)     (nre ^. nre_list)
-
-instance Action NgramsPatch NgramsRepoElement where
-  act p = (nre_children %~ act (p ^. patch_children))
-        . (nre_list     %~ act (p ^. patch_list))
-
-instance Action NgramsPatch (Maybe NgramsRepoElement) where
-  act = fmap . act
-
-newtype NgramsTablePatch = NgramsTablePatch (PatchMap NgramsTerm NgramsPatch)
-  deriving (Eq, Show, Generic, ToJSON, FromJSON, Semigroup, Monoid, Validity, Transformable)
-
-instance FromField NgramsTablePatch
-  where
-    fromField = fromField'
-
-instance FromField (PatchMap NgramsType (PatchMap NodeId NgramsTablePatch))
-  where
-    fromField = fromField'
-
---instance (Ord k, Action pv (Maybe v)) => Action (PatchMap k pv) (Map k v) where
---
-type instance ConflictResolution NgramsTablePatch =
-  NgramsTerm -> ConflictResolutionNgramsPatch
-
-type PatchedNgramsTablePatch = Map NgramsTerm PatchedNgramsPatch
-  -- ~ Patched (PatchMap NgramsTerm NgramsPatch)
-type instance Patched NgramsTablePatch = PatchedNgramsTablePatch
-
-makePrisms ''NgramsTablePatch
-instance ToSchema  (PatchMap NgramsTerm NgramsPatch)
-instance ToSchema  NgramsTablePatch
-
-instance Applicable NgramsTablePatch (Maybe NgramsTableMap) where
-  applicable p = applicable (p ^. _NgramsTablePatch)
-
-instance Action NgramsTablePatch (Maybe NgramsTableMap) where
-  act p =
-    fmap (execState (reParentNgramsTablePatch p)) .
-    act (p ^. _NgramsTablePatch)
-
-instance Arbitrary NgramsTablePatch where
-  arbitrary = NgramsTablePatch <$> PM.fromMap <$> arbitrary
-
--- Should it be less than an Lens' to preserve PatchMap's abstraction.
--- ntp_ngrams_patches :: Lens' NgramsTablePatch (Map NgramsTerm NgramsPatch)
--- ntp_ngrams_patches = _NgramsTablePatch .  undefined
-
-type ReParent a = forall m. MonadState NgramsTableMap m => a -> m ()
-
-reRootChildren :: NgramsTerm -> ReParent NgramsTerm
-reRootChildren root ngram = do
-  nre <- use $ at ngram
-  forOf_ (_Just . nre_children . folded) nre $ \child -> do
-    at child . _Just . nre_root ?= root
-    reRootChildren root child
-
-reParent :: Maybe RootParent -> ReParent NgramsTerm
-reParent rp child = do
-  at child . _Just %= ( (nre_parent .~ (_rp_parent <$> rp))
-                      . (nre_root   .~ (_rp_root   <$> rp))
-                      )
-  reRootChildren (fromMaybe child (rp ^? _Just . rp_root)) child
-
-reParentAddRem :: RootParent -> NgramsTerm -> ReParent AddRem
-reParentAddRem rp child p =
-  reParent (if isRem p then Nothing else Just rp) child
-
-reParentNgramsPatch :: NgramsTerm -> ReParent NgramsPatch
-reParentNgramsPatch parent ngramsPatch = do
-  root_of_parent <- use (at parent . _Just . nre_root)
-  let
-    root = fromMaybe parent root_of_parent
-    rp   = RootParent { _rp_root = root, _rp_parent = parent }
-  itraverse_ (reParentAddRem rp) (ngramsPatch ^. patch_children . _PatchMSet . _PatchMap)
-  -- TODO FoldableWithIndex/TraversableWithIndex for PatchMap
-
-reParentNgramsTablePatch :: ReParent NgramsTablePatch
-reParentNgramsTablePatch p = itraverse_ reParentNgramsPatch (p ^. _NgramsTablePatch. _PatchMap)
-  -- TODO FoldableWithIndex/TraversableWithIndex for PatchMap
-
-------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------
-type Version = Int
-
-data Versioned a = Versioned
-  { _v_version :: Version
-  , _v_data    :: a
-  }
-  deriving (Generic, Show)
-deriveJSON (unPrefix "_v_") ''Versioned
-makeLenses ''Versioned
-instance ToSchema a => ToSchema (Versioned a) where
-  declareNamedSchema = genericDeclareNamedSchema (unPrefixSwagger "_v_")
-instance Arbitrary a => Arbitrary (Versioned a) where
-  arbitrary = Versioned 1 <$> arbitrary -- TODO 1 is constant so far
-
-{-
--- TODO sequencs of modifications (Patchs)
+-- TODO sequences of modifications (Patchs)
 type NgramsIdPatch = Patch NgramsId NgramsPatch
 
 ngramsPatch :: Int -> NgramsPatch
@@ -689,8 +162,8 @@ ngramsIdPatch = fromList $ catMaybes $ reverse [ replace (1::NgramsId) (Just $ n
 
 {-
 -- TODO: Replace.old is ignored which means that if the current list
--- `GraphTerm` and that the patch is `Replace CandidateTerm StopTerm` then
--- the list is going to be `StopTerm` while it should keep `GraphTerm`.
+-- `MapTerm` and that the patch is `Replace CandidateTerm StopTerm` then
+-- the list is going to be `StopTerm` while it should keep `MapTerm`.
 -- However this should not happen in non conflicting situations.
 mkListsUpdate :: NgramsType -> NgramsTablePatch -> [(NgramsTypeId, NgramsTerm, ListTypeId)]
 mkListsUpdate nt patches =
@@ -710,100 +183,25 @@ mkChildrenGroups addOrRem nt patches =
   ]
 -}
 
-ngramsTypeFromTabType :: TabType -> NgramsType
-ngramsTypeFromTabType tabType =
-  let lieu = "Garg.API.Ngrams: " :: Text in
-    case tabType of
-      Sources    -> Ngrams.Sources
-      Authors    -> Ngrams.Authors
-      Institutes -> Ngrams.Institutes
-      Terms      -> Ngrams.NgramsTerms
-      _          -> panic $ lieu <> "No Ngrams for this tab"
-      -- TODO: This `panic` would disapear with custom NgramsType.
-
-------------------------------------------------------------------------
-data Repo s p = Repo
-  { _r_version :: Version
-  , _r_state   :: s
-  , _r_history :: [p]
-    -- first patch in the list is the most recent
-  }
-  deriving (Generic)
-
-instance (FromJSON s, FromJSON p) => FromJSON (Repo s p) where
-  parseJSON = genericParseJSON $ unPrefix "_r_"
-
-instance (ToJSON s, ToJSON p) => ToJSON (Repo s p) where
-  toJSON     = genericToJSON     $ unPrefix "_r_"
-  toEncoding = genericToEncoding $ unPrefix "_r_"
-
-makeLenses ''Repo
-
-initRepo :: Monoid s => Repo s p
-initRepo = Repo 1 mempty []
-
-type NgramsRepo       = Repo NgramsState NgramsStatePatch
-type NgramsState      = Map NgramsType (Map NodeId NgramsTableMap)
-type NgramsStatePatch = PatchMap NgramsType (PatchMap NodeId NgramsTablePatch)
-
-initMockRepo :: NgramsRepo
-initMockRepo = Repo 1 s []
-  where
-    s = Map.singleton Ngrams.NgramsTerms
-      $ Map.singleton 47254
-      $ Map.fromList
-      [ (n ^. ne_ngrams, ngramsElementToRepo n) | n <- mockTable ^. _NgramsTable ]
-
-data RepoEnv = RepoEnv
-  { _renv_var   :: !(MVar NgramsRepo)
-  , _renv_saver :: !(IO ())
-  , _renv_lock  :: !FileLock
-  }
-  deriving (Generic)
-
-makeLenses ''RepoEnv
-
-class HasRepoVar env where
-  repoVar :: Getter env (MVar NgramsRepo)
-
-instance HasRepoVar (MVar NgramsRepo) where
-  repoVar = identity
-
-class HasRepoSaver env where
-  repoSaver :: Getter env (IO ())
-
-class (HasRepoVar env, HasRepoSaver env) => HasRepo env where
-  repoEnv :: Getter env RepoEnv
-
-instance HasRepo RepoEnv where
-  repoEnv = identity
-
-instance HasRepoVar RepoEnv where
-  repoVar = renv_var
-
-instance HasRepoSaver RepoEnv where
-  repoSaver = renv_saver
-
-type RepoCmdM env err m =
-  ( MonadReader env m
-  , MonadError err m
-  , MonadIO m
-  , HasRepo env
-  )
 ------------------------------------------------------------------------
 
-saveRepo :: ( MonadReader env m, MonadIO m, HasRepoSaver env )
+saveRepo :: ( MonadReader env m, MonadBase IO m, HasRepoSaver env )
          => m ()
-saveRepo = liftIO =<< view repoSaver
+saveRepo = liftBase =<< view repoSaver
 
 listTypeConflictResolution :: ListType -> ListType -> ListType
 listTypeConflictResolution _ _ = undefined -- TODO Use Map User ListType
 
 ngramsStatePatchConflictResolution
-  :: NgramsType -> NodeId -> NgramsTerm
+  :: TableNgrams.NgramsType
+  -> NodeId
+  -> NgramsTerm
   -> ConflictResolutionNgramsPatch
 ngramsStatePatchConflictResolution _ngramsType _nodeId _ngramsTerm
-  = (const ours, ours)
+  = (ours, (const ours, ours), (False, False))
+                             -- (False, False) mean here that Mod has always priority.
+                             -- (True, False) <- would mean priority to the left (same as ours).
+
   -- undefined {- TODO think this through -}, listTypeConflictResolution)
 
 -- Current state:
@@ -814,10 +212,6 @@ insertNewOnly :: a -> Maybe b -> a
 insertNewOnly m = maybe m (const $ error "insertNewOnly: impossible")
   -- TODO error handling
 
-something :: Monoid a => Maybe a -> a
-something Nothing  = mempty
-something (Just a) = a
-
 {- unused
 -- TODO refactor with putListNgrams
 copyListNgrams :: RepoCmdM env err m
@@ -825,7 +219,7 @@ copyListNgrams :: RepoCmdM env err m
                -> m ()
 copyListNgrams srcListId dstListId ngramsType = do
   var <- view repoVar
-  liftIO $ modifyMVar_ var $
+  liftBase $ modifyMVar_ var $
     pure . (r_state . at ngramsType %~ (Just . f . something))
   saveRepo
   where
@@ -840,46 +234,95 @@ addListNgrams :: RepoCmdM env err m
               -> [NgramsElement] -> m ()
 addListNgrams listId ngramsType nes = do
   var <- view repoVar
-  liftIO $ modifyMVar_ var $
+  liftBase $ modifyMVar_ var $
     pure . (r_state . at ngramsType . _Just . at listId . _Just <>~ m)
   saveRepo
   where
     m = Map.fromList $ (\n -> (n ^. ne_ngrams, n)) <$> nes
 -}
 
--- If the given list of ngrams elements contains ngrams already in
--- the repo, they will be ignored.
-putListNgrams :: RepoCmdM env err m
-              => NodeId -> NgramsType
-              -> [NgramsElement] -> m ()
-putListNgrams _ _ [] = pure ()
-putListNgrams listId ngramsType nes = do
-  -- printDebug "putListNgrams" (length nes)
+-- UNSAFE
+rmListNgrams ::  RepoCmdM env err m
+              => ListId
+              -> TableNgrams.NgramsType
+              -> m ()
+rmListNgrams l nt = setListNgrams l nt mempty
+
+-- | TODO: incr the Version number
+-- && should use patch
+-- UNSAFE
+setListNgrams ::  RepoCmdM env err m
+              => NodeId
+              -> TableNgrams.NgramsType
+              -> Map NgramsTerm NgramsRepoElement
+              -> m ()
+setListNgrams listId ngramsType ns = do
   var <- view repoVar
-  liftIO $ modifyMVar_ var $
-    pure . (r_state . at ngramsType %~ (Just . (at listId %~ (Just . (<> m) . something)) . something))
+  liftBase $ modifyMVar_ var $
+    pure . ( r_state
+           . at ngramsType %~
+             (Just .
+               (at listId .~ ( Just ns))
+               . something
+             )
+           )
   saveRepo
-  where
-    m = Map.fromList $ (\n -> (n ^. ne_ngrams, ngramsElementToRepo n)) <$> nes
 
--- TODO-ACCESS check
-tableNgramsPost :: RepoCmdM env err m => TabType -> NodeId -> Maybe ListType -> [NgramsTerm] -> m ()
-tableNgramsPost tabType listId mayList =
-  putListNgrams listId (ngramsTypeFromTabType tabType) . fmap (newNgramsElement mayList)
 
-currentVersion :: RepoCmdM env err m => m Version
+currentVersion :: RepoCmdM env err m
+               => m Version
 currentVersion = do
   var <- view repoVar
-  r <- liftIO $ readMVar var
+  r   <- liftBase $ readMVar var
   pure $ r ^. r_version
 
+newNgramsFromNgramsStatePatch :: NgramsStatePatch -> [Ngrams]
+newNgramsFromNgramsStatePatch p =
+  [ text2ngrams (unNgramsTerm n)
+  | (n,np) <- p ^.. _PatchMap . each . _PatchMap . each . _NgramsTablePatch . _PatchMap . ifolded . withIndex
+  , _ <- np ^.. patch_new . _Just
+  ]
+
+-- tableNgramsPut :: (HasInvalidError err, RepoCmdM env err m)
+commitStatePatch :: RepoCmdM env err m => Versioned NgramsStatePatch -> m (Versioned NgramsStatePatch)
+commitStatePatch (Versioned p_version p) = do
+  var <- view repoVar
+  vq' <- liftBase $ modifyMVar var $ \r -> do
+    let
+      q = mconcat $ take (r ^. r_version - p_version) (r ^. r_history)
+      (p', q') = transformWith ngramsStatePatchConflictResolution p q
+      r' = r & r_version +~ 1
+             & r_state   %~ act p'
+             & r_history %~ (p' :)
+    {-
+    -- Ideally we would like to check these properties. However:
+    -- * They should be checked only to debug the code. The client data
+    --   should be able to trigger these.
+    -- * What kind of error should they throw (we are in IO here)?
+    -- * Should we keep modifyMVar?
+    -- * Should we throw the validation in an Exception, catch it around
+    --   modifyMVar and throw it back as an Error?
+    assertValid $ transformable p q
+    assertValid $ applicable p' (r ^. r_state)
+    -}
+    pure (r', Versioned (r' ^. r_version) q')
+
+  saveRepo
+
+  -- Save new ngrams
+  _ <- insertNgrams (newNgramsFromNgramsStatePatch p)
+
+  pure vq'
+
+-- This is a special case of tableNgramsPut where the input patch is empty.
 tableNgramsPull :: RepoCmdM env err m
-                => ListId -> NgramsType
+                => ListId
+                -> TableNgrams.NgramsType
                 -> Version
                 -> m (Versioned NgramsTablePatch)
 tableNgramsPull listId ngramsType p_version = do
   var <- view repoVar
-  r <- liftIO $ readMVar var
+  r <- liftBase $ readMVar var
 
   let
     q = mconcat $ take (r ^. r_version - p_version) (r ^. r_history)
@@ -890,8 +333,11 @@ tableNgramsPull listId ngramsType p_version = do
 -- Apply the given patch to the DB and returns the patch to be applied on the
 -- client.
 -- TODO-ACCESS check
-tableNgramsPut :: (HasInvalidError err, RepoCmdM env err m)
-                 => TabType -> ListId
+tableNgramsPut :: ( FlowCmdM env err m
+                  , HasSettings env
+                  )
+                 => TabType
+                 -> ListId
                  -> Versioned NgramsTablePatch
                  -> m (Versioned NgramsTablePatch)
 tableNgramsPut tabType listId (Versioned p_version p_table)
@@ -907,33 +353,92 @@ tableNgramsPut tabType listId (Versioned p_version p_table)
       assertValid p0_validity
       assertValid p_validity
 
-      var <- view repoVar
-      vq' <- liftIO $ modifyMVar var $ \r -> do
-        let
-          q = mconcat $ take (r ^. r_version - p_version) (r ^. r_history)
-          (p', q') = transformWith ngramsStatePatchConflictResolution p q
-          r' = r & r_version +~ 1
-                & r_state   %~ act p'
-                & r_history %~ (p' :)
-          q'_table = q' ^. _PatchMap . at ngramsType . _Just . _PatchMap . at listId . _Just
-        {-
-        -- Ideally we would like to check these properties. However:
-        -- * They should be checked only to debug the code. The client data
-        --   should be able to trigger these.
-        -- * What kind of error should they throw (we are in IO here)?
-        -- * Should we keep modifyMVar?
-        -- * Should we throw the validation in an Exception, catch it around
-        --   modifyMVar and throw it back as an Error?
-        assertValid $ transformable p q
-        assertValid $ applicable p' (r ^. r_state)
-        -}
-        pure (r', Versioned (r' ^. r_version) q'_table)
-
-      saveRepo
-      pure vq'
-
-mergeNgramsElement :: NgramsRepoElement -> NgramsRepoElement -> NgramsRepoElement
-mergeNgramsElement _neOld neNew = neNew
+      ret <- commitStatePatch (Versioned p_version p)
+        <&> v_data %~ (view (_PatchMap . at ngramsType . _Just . _PatchMap . at listId . _Just))
+
+      pure ret
+
+
+tableNgramsPostChartsAsync :: ( FlowCmdM env err m
+                              , HasNodeError err
+                              , HasSettings env
+                              )
+                            => UpdateTableNgramsCharts
+                            -> (JobLog -> m ())
+                            -> m JobLog
+tableNgramsPostChartsAsync utn logStatus = do
+      let tabType = utn ^. utn_tab_type
+      let listId = utn ^. utn_list_id
+
+      node <- getNode listId
+      let nId = node ^. node_id
+          _uId = node ^. node_userId
+          mCId = node ^. node_parentId
+
+      printDebug "[tableNgramsPut] tabType" tabType
+      printDebug "[tableNgramsPut] listId" listId
+
+      case mCId of
+        Nothing -> do
+          printDebug "[tableNgramsPut] can't update charts, no parent, nId" nId
+          pure $ jobLogFail $ jobLogInit 1
+        Just cId -> do
+          case tabType of
+            Authors -> do
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] Authors, updating Pie, cId" cId
+              (logRef, logRefSuccess, getRef) <- runJobLog 1 logStatus
+              logRef
+              _ <- Metrics.updatePie cId (Just listId) tabType Nothing
+              logRefSuccess
+
+              getRef
+            Institutes -> do
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] Institutes, updating Tree, cId" cId
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] updating tree StopTerm, cId" cId
+              (logRef, logRefSuccess, getRef) <- runJobLog 3 logStatus
+              logRef
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType StopTerm
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] updating tree CandidateTerm, cId" cId
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType CandidateTerm
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] updating tree MapTerm, cId" cId
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType MapTerm
+              logRefSuccess
+
+              getRef
+            Sources -> do
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] Sources, updating chart, cId" cId
+              (logRef, logRefSuccess, getRef) <- runJobLog 1 logStatus
+              logRef
+              _ <- Metrics.updatePie cId (Just listId) tabType Nothing
+              logRefSuccess
+
+              getRef
+            Terms -> do
+              -- printDebug "[tableNgramsPut] Terms, updating Metrics (Histo), cId" cId
+              (logRef, logRefSuccess, getRef) <- runJobLog 6 logStatus
+              logRef
+{-
+              _ <- Metrics.updateChart cId (Just listId) tabType Nothing
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updatePie cId (Just listId) tabType Nothing
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateScatter cId (Just listId) tabType Nothing
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType StopTerm
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType CandidateTerm
+              logRefSuccess
+              _ <- Metrics.updateTree cId (Just listId) tabType MapTerm
+-}
+              logRefSuccess
+
+              getRef
+            _ -> do
+              printDebug "[tableNgramsPut] no update for tabType = " tabType
+              pure $ jobLogFail $ jobLogInit 1
+
   {-
   { _ne_list        :: ListType
   If we merge the parents/children we can potentially create cycles!
@@ -943,13 +448,25 @@ mergeNgramsElement _neOld neNew = neNew
   -}
 
 getNgramsTableMap :: RepoCmdM env err m
-                  => NodeId -> NgramsType -> m (Versioned NgramsTableMap)
+                  => NodeId
+                  -> TableNgrams.NgramsType
+                  -> m (Versioned NgramsTableMap)
 getNgramsTableMap nodeId ngramsType = do
   v    <- view repoVar
-  repo <- liftIO $ readMVar v
+  repo <- liftBase $ readMVar v
   pure $ Versioned (repo ^. r_version)
                    (repo ^. r_state . at ngramsType . _Just . at nodeId . _Just)
 
+dumpJsonTableMap :: RepoCmdM env err m
+                 => Text
+                 -> NodeId
+                 -> TableNgrams.NgramsType
+                 -> m ()
+dumpJsonTableMap fpath nodeId ngramsType = do
+  m <- getNgramsTableMap nodeId ngramsType
+  liftBase $ DTL.writeFile (unpack fpath) (DAT.encodeToLazyText m)
+  pure ()
+
 type MinSize = Int
 type MaxSize = Int
 
@@ -958,12 +475,12 @@ type MaxSize = Int
 -- | Table of Ngrams is a ListNgrams formatted (sorted and/or cut).
 -- TODO: should take only one ListId
 
-getTime' :: MonadIO m => m TimeSpec
-getTime' = liftIO $ getTime ProcessCPUTime
+getTime' :: MonadBase IO m => m TimeSpec
+getTime' = liftBase $ getTime ProcessCPUTime
 
 
 getTableNgrams :: forall env err m.
-                  (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnection env)
+                  (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnectionPool env, HasConfig env)
                => NodeType -> NodeId -> TabType
                -> ListId -> Limit -> Maybe Offset
                -> Maybe ListType
@@ -1018,14 +535,14 @@ getTableNgrams _nType nId tabType listId limit_ offset
     setScores :: forall t. Each t t NgramsElement NgramsElement => Bool -> t -> m t
     setScores False table = pure table
     setScores True  table = do
-      let ngrams_terms = (table ^.. each . ne_ngrams)
+      let ngrams_terms = unNgramsTerm <$> (table ^.. each . ne_ngrams)
       t1 <- getTime'
       occurrences <- getOccByNgramsOnlyFast' nId
                                              listId
                                             ngramsType
                                             ngrams_terms
       t2 <- getTime'
-      liftIO $ hprint stderr
+      liftBase $ hprint stderr
         ("getTableNgrams/setScores #ngrams=" % int % " time=" % timeSpecs % "\n")
         (length ngrams_terms) t1 t2
       {-
@@ -1035,7 +552,7 @@ getTableNgrams _nType nId tabType listId limit_ offset
                                             ngrams_terms
       -}
       let
-        setOcc ne = ne & ne_occurrences .~ sumOf (at (ne ^. ne_ngrams) . _Just) occurrences
+        setOcc ne = ne & ne_occurrences .~ sumOf (at (unNgramsTerm (ne ^. ne_ngrams)) . _Just) occurrences
 
       pure $ table & each %~ setOcc
     ---------------------------------------
@@ -1044,32 +561,54 @@ getTableNgrams _nType nId tabType listId limit_ offset
   -- trace (show lists) $
   -- getNgramsTableMap ({-lists <>-} listIds) ngramsType
 
-  let nSco = needsScores orderBy
+  let scoresNeeded = needsScores orderBy
   tableMap1 <- getNgramsTableMap listId ngramsType
   t1 <- getTime'
-  tableMap2 <- tableMap1 & v_data %%~ setScores nSco
+  tableMap2 <- tableMap1 & v_data %%~ setScores scoresNeeded
                                     . Map.mapWithKey ngramsElementFromRepo
   t2 <- getTime'
   tableMap3 <- tableMap2 & v_data %%~ fmap NgramsTable
-                                    . setScores (not nSco)
+                                    . setScores (not scoresNeeded)
                                     . selectAndPaginate
   t3 <- getTime'
-  liftIO $ hprint stderr
+  liftBase $ hprint stderr
             ("getTableNgrams total=" % timeSpecs
                           % " map1=" % timeSpecs
                           % " map2=" % timeSpecs
                           % " map3=" % timeSpecs
-                          % " sql="  % (if nSco then "map2" else "map3")
+                          % " sql="  % (if scoresNeeded then "map2" else "map3")
                           % "\n"
             ) t0 t3 t0 t1 t1 t2 t2 t3
   pure tableMap3
 
 
+scoresRecomputeTableNgrams :: forall env err m. (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnectionPool env, HasConfig env) => NodeId -> TabType -> ListId -> m Int
+scoresRecomputeTableNgrams nId tabType listId = do
+  tableMap <- getNgramsTableMap listId ngramsType
+  _ <- tableMap & v_data %%~ setScores
+                           . Map.mapWithKey ngramsElementFromRepo
+
+  pure $ 1
+  where
+    ngramsType = ngramsTypeFromTabType tabType
+
+    setScores :: forall t. Each t t NgramsElement NgramsElement => t -> m t
+    setScores table = do
+      let ngrams_terms = unNgramsTerm <$> (table ^.. each . ne_ngrams)
+      occurrences <- getOccByNgramsOnlyFast' nId
+                                             listId
+                                            ngramsType
+                                            ngrams_terms
+      let
+        setOcc ne = ne & ne_occurrences .~ sumOf (at (unNgramsTerm (ne ^. ne_ngrams)) . _Just) occurrences
+
+      pure $ table & each %~ setOcc
+
+
+
 -- APIs
 
 -- TODO: find a better place for the code above, All APIs stay here
-type QueryParamR = QueryParam' '[Required, Strict]
-
 
 data OrderBy = TermAsc | TermDesc | ScoreAsc | ScoreDesc
              deriving (Generic, Enum, Bounded, Read, Show)
@@ -1082,6 +621,7 @@ instance FromHttpApiData OrderBy
     parseUrlPiece "ScoreDesc" = pure ScoreDesc
     parseUrlPiece _           = Left "Unexpected value of OrderBy"
 
+
 instance ToParamSchema OrderBy
 instance FromJSON  OrderBy
 instance ToJSON    OrderBy
@@ -1113,20 +653,34 @@ type TableNgramsApiPut = Summary " Table Ngrams API Change"
                        :> ReqBody '[JSON] (Versioned NgramsTablePatch)
                        :> Put     '[JSON] (Versioned NgramsTablePatch)
 
-type TableNgramsApiPost = Summary " Table Ngrams API Adds new ngrams"
-                       :> QueryParamR "ngramsType" TabType
-                       :> QueryParamR "list"       ListId
-                       :> QueryParam  "listType"   ListType
-                       :> ReqBody '[JSON] [NgramsTerm]
-                       :> Post    '[JSON] ()
+type RecomputeScoresNgramsApiGet = Summary " Recompute scores for ngrams table"
+                       :> QueryParamR "ngramsType"  TabType
+                       :> QueryParamR "list"        ListId
+                       :> "recompute" :> Post '[JSON] Int
+
+type TableNgramsApiGetVersion = Summary " Table Ngrams API Get Version"
+                      :> QueryParamR "ngramsType"  TabType
+                      :> QueryParamR "list"        ListId
+                      :> Get    '[JSON] Version
 
 type TableNgramsApi =  TableNgramsApiGet
                   :<|> TableNgramsApiPut
-                  :<|> TableNgramsApiPost
-
-getTableNgramsCorpus :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnection env)
-               => NodeId -> TabType
-               -> ListId -> Limit -> Maybe Offset
+                  :<|> RecomputeScoresNgramsApiGet
+                  :<|> "version" :> TableNgramsApiGetVersion
+                  :<|> TableNgramsAsyncApi
+
+type TableNgramsAsyncApi = Summary "Table Ngrams Async API"
+                           :> "async"
+                           :> "charts"
+                           :> "update"
+                           :> AsyncJobs JobLog '[JSON] UpdateTableNgramsCharts JobLog
+
+getTableNgramsCorpus :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnectionPool env, HasConfig env)
+               => NodeId
+               -> TabType
+               -> ListId
+               -> Limit
+               -> Maybe Offset
                -> Maybe ListType
                -> Maybe MinSize -> Maybe MaxSize
                -> Maybe OrderBy
@@ -1135,10 +689,22 @@ getTableNgramsCorpus :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnection env
 getTableNgramsCorpus nId tabType listId limit_ offset listType minSize maxSize orderBy mt =
   getTableNgrams NodeCorpus nId tabType listId limit_ offset listType minSize maxSize orderBy searchQuery
     where
-      searchQuery = maybe (const True) isInfixOf mt
+      searchQuery (NgramsTerm nt) = maybe (const True) isInfixOf mt nt
+
+getTableNgramsVersion :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnectionPool env, HasConfig env)
+               => NodeId
+               -> TabType
+               -> ListId
+               -> m Version
+getTableNgramsVersion _nId _tabType _listId = currentVersion
+  -- TODO: limit?
+  -- Versioned { _v_version = v } <- getTableNgramsCorpus nId tabType listId 100000 Nothing Nothing Nothing Nothing Nothing Nothing
+  -- This line above looks like a waste of computation to finally get only the version.
+  -- See the comment about listNgramsChangedSince.
+
 
 -- | Text search is deactivated for now for ngrams by doc only
-getTableNgramsDoc :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnection env)
+getTableNgramsDoc :: (RepoCmdM env err m, HasNodeError err, HasConnectionPool env, HasConfig env)
                => DocId -> TabType
                -> ListId -> Limit -> Maybe Offset
                -> Maybe ListType
@@ -1150,35 +716,54 @@ getTableNgramsDoc dId tabType listId limit_ offset listType minSize maxSize orde
   ns <- selectNodesWithUsername NodeList userMaster
   let ngramsType = ngramsTypeFromTabType tabType
   ngs <- selectNgramsByDoc (ns <> [listId]) dId ngramsType
-  let searchQuery = flip S.member (S.fromList ngs)
+  let searchQuery (NgramsTerm nt) = flip S.member (S.fromList ngs) nt
   getTableNgrams NodeDocument dId tabType listId limit_ offset listType minSize maxSize orderBy searchQuery
 
 
 
-apiNgramsTableCorpus :: ( RepoCmdM env err m
-                        , HasNodeError err
-                        , HasInvalidError err
-                        , HasConnection env
+apiNgramsTableCorpus :: ( GargServerC env err m
                         )
                      => NodeId -> ServerT TableNgramsApi m
 apiNgramsTableCorpus cId =  getTableNgramsCorpus cId
                        :<|> tableNgramsPut
-                       :<|> tableNgramsPost
-
+                       :<|> scoresRecomputeTableNgrams cId
+                       :<|> getTableNgramsVersion cId
+                       :<|> apiNgramsAsync cId
 
-apiNgramsTableDoc :: ( RepoCmdM env err m
-                     , HasNodeError err
-                     , HasInvalidError err
-                     , HasConnection env
+apiNgramsTableDoc :: ( GargServerC env err m
                      )
                   => DocId -> ServerT TableNgramsApi m
 apiNgramsTableDoc dId =  getTableNgramsDoc dId
                     :<|> tableNgramsPut
-                    :<|> tableNgramsPost
-                        -- > add new ngrams in database (TODO AD)
-                        -- > index all the corpus accordingly (TODO AD)
-
-listNgramsChangedSince :: RepoCmdM env err m => ListId -> NgramsType -> Version -> m (Versioned Bool)
+                    :<|> scoresRecomputeTableNgrams dId
+                    :<|> getTableNgramsVersion dId
+                    :<|> apiNgramsAsync dId
+                    -- > index all the corpus accordingly (TODO AD)
+
+apiNgramsAsync :: NodeId -> GargServer TableNgramsAsyncApi
+apiNgramsAsync _dId =
+  serveJobsAPI $
+    JobFunction $ \i log ->
+      let
+        log' x = do
+          printDebug "tableNgramsPostChartsAsync" x
+          liftBase $ log x
+      in tableNgramsPostChartsAsync i log'
+
+-- Did the given list of ngrams changed since the given version?
+-- The returned value is versioned boolean value, meaning that one always retrieve the
+-- latest version.
+-- If the given version is negative then one simply receive the latest version and True.
+-- Using this function is more precise than simply comparing the latest version number
+-- with the local version number. Indeed there might be no change to this particular list
+-- and still the version number has changed because of other lists.
+--
+-- Here the added value is to make a compromise between precision, computation, and bandwidth:
+-- * currentVersion: good computation, good bandwidth, bad precision.
+-- * listNgramsChangedSince: good precision, good bandwidth, bad computation.
+-- * tableNgramsPull: good precision, good bandwidth (if you use the received data!), bad computation.
+listNgramsChangedSince :: RepoCmdM env err m
+                       => ListId -> TableNgrams.NgramsType -> Version -> m (Versioned Bool)
 listNgramsChangedSince listId ngramsType version
   | version < 0 =
       Versioned <$> currentVersion <*> pure True