[VERSION] +1 to 0.0.1.9.5
[gargantext.git] / bin / gargantext-adaptative-phylo / Main.hs
index 4a53ace6b27fb63aa59b71b5aa2b0d7fbce58c96..a0b0d45874e1ece2862c782d5db577f204124681 100644 (file)
@@ -10,13 +10,8 @@ Portability : POSIX
 Adaptative Phylo binaries
  -}
 
-{-# LANGUAGE DataKinds          #-}
-{-# LANGUAGE DeriveGeneric      #-}
-{-# LANGUAGE FlexibleInstances  #-}
-{-# LANGUAGE NoImplicitPrelude  #-}
 {-# LANGUAGE StandaloneDeriving #-}
 {-# LANGUAGE TypeOperators      #-}
-{-# LANGUAGE OverloadedStrings  #-}
 {-# LANGUAGE Strict             #-}
 
 module Main where
@@ -29,17 +24,17 @@ import Data.String (String)
 import Data.Text  (Text, unwords, unpack)
 
 import Gargantext.Prelude
-import Gargantext.Database.Types.Node (HyperdataDocument(..))
-import Gargantext.Text.Context (TermList)
-import Gargantext.Text.Corpus.Parsers.CSV (csv_title, csv_abstract, csv_publication_year)
-import Gargantext.Text.Corpus.Parsers (FileFormat(..),parseFile)
-import Gargantext.Text.List.CSV (csvGraphTermList)
-import Gargantext.Text.Terms.WithList (Patterns, buildPatterns, extractTermsWithList)
-import Gargantext.Viz.AdaptativePhylo
-import Gargantext.Viz.Phylo.PhyloMaker  (toPhylo)
-import Gargantext.Viz.Phylo.PhyloTools  (printIOMsg, printIOComment)
-import Gargantext.Viz.Phylo.PhyloExport (toPhyloExport, dotToFile)
--- import Gargantext.Viz.Phylo.SynchronicClustering (synchronicDistance')
+import Gargantext.Database.Admin.Types.Hyperdata (HyperdataDocument(..))
+import Gargantext.Core.Text.Context (TermList)
+import Gargantext.Core.Text.Corpus.Parsers.CSV (csv_title, csv_abstract, csv_publication_year)
+import Gargantext.Core.Text.Corpus.Parsers (FileFormat(..),parseFile)
+import Gargantext.Core.Text.List.CSV (csvMapTermList)
+import Gargantext.Core.Text.Terms.WithList (Patterns, buildPatterns, extractTermsWithList)
+import Gargantext.Core.Viz.AdaptativePhylo
+import Gargantext.Core.Viz.Phylo.PhyloMaker  (toPhylo)
+import Gargantext.Core.Viz.Phylo.PhyloTools  (printIOMsg, printIOComment)
+import Gargantext.Core.Viz.Phylo.PhyloExport (toPhyloExport, dotToFile)
+-- import Gargantext.Core.Viz.Phylo.SynchronicClustering (synchronicDistance')
 
 import GHC.IO (FilePath) 
 import Prelude (Either(..))
@@ -49,7 +44,7 @@ import Control.Concurrent.Async (mapConcurrently)
 
 import qualified Data.ByteString.Lazy as Lazy
 import qualified Data.Vector as Vector
-import qualified Gargantext.Text.Corpus.Parsers.CSV as Csv
+import qualified Gargantext.Core.Text.Corpus.Parsers.CSV as Csv
 
 
 ---------------
@@ -94,16 +89,16 @@ wosToCorpus :: Int -> FilePath -> IO ([(Int,Text)])
 wosToCorpus limit path = do 
       files <- getFilesFromPath path
       take limit
-        <$> map (\d -> let date' = fromJust $ _hyperdataDocument_publication_year d
-                           title = fromJust $ _hyperdataDocument_title d
-                           abstr = if (isJust $ _hyperdataDocument_abstract d)
-                                   then fromJust $ _hyperdataDocument_abstract d
+        <$> map (\d -> let date' = fromJust $ _hd_publication_year d
+                           title = fromJust $ _hd_title d
+                           abstr = if (isJust $ _hd_abstract d)
+                                   then fromJust $ _hd_abstract d
                                    else ""
                         in (date', title <> " " <> abstr)) 
         <$> concat 
         <$> mapConcurrently (\file -> 
-              filter (\d -> (isJust $ _hyperdataDocument_publication_year d)
-                         && (isJust $ _hyperdataDocument_title d))
+              filter (\d -> (isJust $ _hd_publication_year d)
+                         && (isJust $ _hd_title d))
                 <$> parseFile WOS (path <> file) ) files
 
 
@@ -149,7 +144,7 @@ main = do
         Right config -> do
 
             printIOMsg "Parse the corpus"
-            mapList <- csvGraphTermList (listPath config)
+            mapList <- csvMapTermList (listPath config)
             corpus  <- fileToDocs (corpusParser config) (corpusPath config) mapList
             printIOComment (show (length corpus) <> " parsed docs from the corpus")
 
@@ -185,4 +180,4 @@ main = do
                       <> "-sens_" <> sensibility
                       <> ".dot"
 
-            dotToFile output dot
\ No newline at end of file
+            dotToFile output dot