[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.8

Merge branch 'dev' into 571-dev-node-corpus-api-search-fixes-take-2

[pubmed] implement pubmed api key in hyperdata user

[FIX] Update Node Phylo

[node] fix pubmed JSON serialization

Merge branch 'dev' into 571-dev-node-corpus-api-search-fixes-take-2

Merge remote-tracking branch 'origin/revert-0b51636b' into dev

[FIX] Phylo default mode

Revert "Merge remote-tracking branch 'origin/571-dev-node-corpus-api-search-fixes' into dev-merge"

This reverts merge request !166

[errors] better handling of garg job errors

JSON should now be better so that the UI can handle it in task async
handler.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.7

Merge remote-tracking branch 'origin/571-dev-node-corpus-api-search-fixes' into dev-merge

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-phylo-types' into dev-merge

[MERGE] Phylo

Add Phylo golden tests

Initial work on the GraphData for Phylio GraphData

[errors] better handling of garg job errors

JSON should now be better so that the UI can handle it in task async
handler.

[json] bring back previous JSON serialization of Datafield

Revert b3fb1a1697d18777af6b401c132c39a5c905e129

This reverts commit b3fb1a1697d18777af6b401c132c39a5c905e129

It introduced changes which cause issues described in
https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/purescript-gargantext/issues/571

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-phylo-types' into dev-merge

Partial support for bidirectional PhyloData parsing

This commits changes the `PhyloData` data structure to
include a proper `GraphData` in the `pd_data` field. The
`GraphData` is almost complete, but the `objects` field needs
to be further refined from a generic JSON `Value` to proper
Haskell types.

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-datafield-instance' into dev-merge

Add JSON roundtrip tests for Datafield and WithQuery

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.6

[FIX] Phylo is back

Revert "Revert "Merge remote-tracking branch 'origin/201-dev-user-pubmed-api-key' into dev""

This reverts commit a444cb3000bbc36c1328d7d7788257a557d0abc8.

Revert "Try the hotfix"

This reverts commit 22b14f561106ded3520b5b4672d169491f1d4beb.

[MERGE] Phylo

Try the hotfix

Revert "Merge remote-tracking branch 'origin/201-dev-user-pubmed-api-key' into dev"

This reverts commit d04cf03b00ed6c8ba8bd685044b897e4df701eee, reversing
changes made to e213a4bfe8a4be983f4a9be2f6a62308e6b27d6f.

adaptative time fixed

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.5

[FIX] Order 2

[FIX/FEAT] Order 2 improvement

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.4

[DOC] Renaming

[FIX] SQL

Merge branch 'dev' into 551-dev-graphql-contexts-ngrams

[ngrams] use saveNodeStoryImmediate, fix ordering with insertNgrams

[ngrams] small refactorings

adaptative time scale with phylo 1click

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.3

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-182' into dev-merge

Add opt-in integration tests for Arxiv and PubMed

WIP - start porting Pubmed queries

Add Arxiv tests

This commit adds a bunch of Arxiv tests to demonstrate we can
successfully transform our `Query` type into the Arxiv AST.

Implement conversion from Query to Arxiv

Add more Bool Query Engine tests

Move tests under a single umbrella (tasty)

Prepare for corpusQuery tests

WIP - Add Gargantext.Core.Text.Corpus.Query

It's not fully wired in, `convertQuery` for Arxiv is implemented as
`undefined`.

Simplify ExternalAPIs type

This commit simplifies the `ExternalAPIs` type, which is now a pure
enumeration, moving the lookup of the Pubmed key at the usage sites.
This simplified the code quite a bit, and made some otherwise-effectful
functions pure.

corpus/parsers: add gitlab issue parser

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[DOC] Database Schema SVG file. Thank you Seeg for having generated it with Wolfram

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.2

[RENAME] NodeFrames renamed

missing file

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-217' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.1

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[TOOLING] using Clippy and renaming function to export book

[graphql ngrams] more permissive context ngrams matching fts

[docker] pgadmin volume to persist settings when upgrading

[ngrams] remove materialized view, some refactorings

Apply ListType replacement on children as well (fixes #217)

Remove type alias ReParent

It doesn't add anything over just `State NgramsTableMap ()`, if not
obscuring what the single functions should actually be doing.

Add patches-map to garg-test deps

Add test case to reproduce #217

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6

[FIX] removing cron jobs

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.8

[Revert]

Revert "[DOC] NodeFrameCalc -> Calc only"

This reverts commit b7e406b12e9804c66c45c12f645a7281eed2ebc3.

[FIX] removing refresh database

[FIX] removing refresh db for tests

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.7

Merge remote-tracking branch 'origin/199-dev-materialized-view-refresh-issue' into dev-merge

[ngrams] sql fix to display also ngrams without contexts

[ngrams] sql typo fix

[ngrams] try terms query without the materialized view

[ngrams] attempt to fix query performance

[DOC] NodeFrameCalc -> Calc only

[DOC] NodeFrameWrite -> Notes

[db] fixes for context_node_ngrams_view materialized view

Unique index is necessary when one wants to refresh the view
concurrently.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.6

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[ngrams] REFRESH MATERIALIZED VIEW CONCURRENTLY

This doesn't block the whole view for the (long) period of refreshing
it.

[phylo] some small phyloexport refactoring

[phylo] remove debug file write

[phylo] some refactoring

change the main

[DEBUG] print debug infos

[ngrams] search with plainto_tsquery is more permissive

[graphql] use FTS instead of context table match for context ngrams

[graphql] endpoint for returning context ngrams

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.5

Merge remote-tracking branch 'origin/506-dev-search-in-tree' into dev

Merge remote-tracking branch 'origin/213-dev-implement-json-errors' into dev

[FEAT] Book export to CSV functions (WIP)