[NGRAMS] refactoring some routes and adding POST for new ngrams

[docs table] order by source

[NGRAMS] tweak the global sorting and computation of occurrences

Disable the Mock mode which is currently incompatible with servant-multipart

Missing file

[WIP] API upload, need ToSchema and Arbitrary instances.

[DOC] Parser Pubmed.

[FACET] Order by Date Asc by default.

[FIX] BUG limit on Nodes by Ngrams count.

[FIX] Score by Doc or Corpus.

Merge branch 'ngrams-order' into dev

[NGRAMS] Add basic support for global sorting

[NGRAMS] refactor prior to orderBy

[Date] Date of Node is date of HyperdataDocument.

Upgrade Data.Time.Segment.

[DOC] stack haddock build ok.

[DEVOPS] fix readme.

[DEVOPS] folder with scripts to help installation.

Merge branch 'dev-np' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

Fix type errors

Merge branch 'dev' of ssh://delanoe.org/haskell-gargantext into dev

[PARSERS] RIS/PRESSE fix title and abstract field.

[PARSERS] refactor, split, organize (TODO: tests parsers).

[PARSERS] refactor.

[PARSERS] RIS PRESSE fix bug of \r

[CONVERT] convert file between formats (RIS -> CSV).

[FEAT] Parsers RIS && Presse.

[PARSERS] RIS OK

[PARSERS] RIS (WIP).

[PARSERS] RIS (WIP).

Confused by this type error...

[NGRAMS-TABLE] Add tableNgramsPost

[FEAT] NgramsTable todos completed.

[FEAT] ApiNgramsTableDoc specs todo.

[CLEAN] unused code.

[NodeNodeNgram] First Node is now NodeListId

[VERSION] 4.0.0.5

[NodeNodeNgrams] NodeNgrams removed.

[WIP/RESEARCH] Niveau Texte.

[FEAT][Chart][TreeMap]

[FEAT] Charts Metrics Data (Histo, Bar/Pie, Tree)
[STACK] upgrade version
[ML] improved metrics of ngrams selection

[FIX] rdf lib.

[ADM] debian install fix.

[ADM] Debian install.

[LIST.CSV] fix label and forms.

[VIZ/CHARTS] Histogram by year.

[GRAPH] Sorting the nodes.

[API][PHYLO] Get + Post (put not implemented yet) + Del same as others nodes.

[REST][PHYLO] Parameters, todo: test query.

[VIZ.API][FACTO]

[FACTO] VIZ.APIS

[PHYLO][API] Get implemented.

[FIX] getNeighbours False instead of True (commit 4cbd0eb4) TODO check behavior.

[FIX] heads.

[PHYLO.API] REST GET.

[PHYLO.API] missing file.

[PHYLO.API] Adding REST functions.

[MERGE] Fix warnings.

[Phylo][Merge] Fix warnings and adding Eq instance to Phylo for Behavior test.

add the mecanisms for filtering the FIS if needed

add the phylopeaks and correct some bugs on the phylodocs

working on phyloPeaks

Add the PhyloParam to the Phylo constructor

Add new types for Cluster, Proximity, Filter, etc

refactoring Phylo.hs

add a toPhylo function and the foundation of the Rest routes

add the view maker system

add the Metrics and the Filters

Strating to add PhyloView and PhyloQuery

Add the new branches definition

Add the view types for exporting a phylo

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

add the foundations to the phylo

adding some view functions

[PHYLO] cLouvain in IO Monad fix.

starting working on output views

hard core refactoring

Whooo class types ...

refactoring

Add the clustering up to level 2 and more

Add the first steps the clustering

Add the branches detection

Add the branch detection with a bugg

Add the weightedLogJaccard function

Add sub cooc matrix to each PhyloGroup of level 1 and more

Add all the matching Childs/Parents mecanism

Begining of the Pair step

End of refactoring, put some function inside Tools.hs

More refactoring

Some refactoring

[PHYLO] Code Review + Tools start.

[Phylo] Reading cosmetics / New Tools file.

Add cooc matrix out of Fis

Add field groupQuality to the phylo & a nonempty filter by support

Add Fis filters & Fis to level 1 & level 1's links to level 0

Refactor links 0 to -1 and -1 to 0 with lenses

Try to build links from -1 to 0

Refactor level -1 and 0 and start linking -1 to 0

[Code Review] Morning Code Quentin and Alexandre.

add phyloLevel -1 & 0