[ngrams] small refactorings

adaptative time scale with phylo 1click

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.3

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-182' into dev-merge

Add opt-in integration tests for Arxiv and PubMed

WIP - start porting Pubmed queries

Add Arxiv tests

This commit adds a bunch of Arxiv tests to demonstrate we can
successfully transform our `Query` type into the Arxiv AST.

Implement conversion from Query to Arxiv

Add more Bool Query Engine tests

Move tests under a single umbrella (tasty)

Prepare for corpusQuery tests

WIP - Add Gargantext.Core.Text.Corpus.Query

It's not fully wired in, `convertQuery` for Arxiv is implemented as
`undefined`.

Simplify ExternalAPIs type

This commit simplifies the `ExternalAPIs` type, which is now a pure
enumeration, moving the lookup of the Pubmed key at the usage sites.
This simplified the code quite a bit, and made some otherwise-effectful
functions pure.

corpus/parsers: add gitlab issue parser

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[DOC] Database Schema SVG file. Thank you Seeg for having generated it with Wolfram

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.2

[RENAME] NodeFrames renamed

missing file

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-217' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.1

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[TOOLING] using Clippy and renaming function to export book

[graphql ngrams] more permissive context ngrams matching fts

[docker] pgadmin volume to persist settings when upgrading

[ngrams] remove materialized view, some refactorings

Apply ListType replacement on children as well (fixes #217)

Remove type alias ReParent

It doesn't add anything over just `State NgramsTableMap ()`, if not
obscuring what the single functions should actually be doing.

Add patches-map to garg-test deps

Add test case to reproduce #217

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6

[FIX] removing cron jobs

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.8

[Revert]

Revert "[DOC] NodeFrameCalc -> Calc only"

This reverts commit b7e406b12e9804c66c45c12f645a7281eed2ebc3.

[FIX] removing refresh database

[FIX] removing refresh db for tests

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.7

Merge remote-tracking branch 'origin/199-dev-materialized-view-refresh-issue' into dev-merge

[ngrams] sql fix to display also ngrams without contexts

[ngrams] sql typo fix

[ngrams] try terms query without the materialized view

[ngrams] attempt to fix query performance

[DOC] NodeFrameCalc -> Calc only

[DOC] NodeFrameWrite -> Notes

[db] fixes for context_node_ngrams_view materialized view

Unique index is necessary when one wants to refresh the view
concurrently.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.6

Merge remote-tracking branch 'origin/551-dev-graphql-contexts-ngrams' into dev-merge

[ngrams] REFRESH MATERIALIZED VIEW CONCURRENTLY

This doesn't block the whole view for the (long) period of refreshing
it.

[phylo] some small phyloexport refactoring

[phylo] remove debug file write

[phylo] some refactoring

change the main

[DEBUG] print debug infos

[ngrams] search with plainto_tsquery is more permissive

[graphql] use FTS instead of context table match for context ngrams

[graphql] endpoint for returning context ngrams

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.5

Merge remote-tracking branch 'origin/506-dev-search-in-tree' into dev

Merge remote-tracking branch 'origin/213-dev-implement-json-errors' into dev

[FEAT] Book export to CSV functions (WIP)

Merge branch 'dev' into 213-dev-implement-json-errors

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.4

[ngrams] no listId in table

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.3

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-188' into dev

[api] implement JSON errors

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.2

[Tree flat] Filter results on backend

[phylo] slight refactoring

[phylo] some small phyloexport refactoring

Merge branch 'dev' into 206-dev-phylo

[phylo] remove debug file write

[DEV] Dev Debug mode

Try to fix 'Operation not permitted'

[phylo] some refactoring

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phyloDebug' into 206-dev-phylo

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5.1

[MERGE]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-188' into dev

[FIX] Refresh Index: reindex of term list, textflow and schedule job

Cache nix-shell

Use latest Ubuntu

Set cache path

Misc improvements

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-188' into dev

Switch to gargantext:v1 docker image

Improve docker image

Bind periodic actions to the main loop

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.6

Merge remote-tracking branch 'origin/203-dev-corpus-json-import' into dev

[FEAT] Adding Schedule job to gargantext-server

Merge branch 'dev' into 203-dev-corpus-json-import

[FILES] ressources for upgrade

[corpus] import JSON support

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.5

[FIX] #199

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.4

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.3