Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.2

more lenient pauses in markProgress testing

make queue fairness test more deterministic

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.1

[FIX]

[FIX/FEAT] Langs

[FIX] Langs

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9

[nlp] export languages (graphql) based on ini file

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.7.1

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev

Add pushJobWithTime

[DOC]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.7

Merge remote-tracking branch 'origin/513-dev-pin-tree' into dev-merge

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev-merge

doc debug

Rewrite testPrios test

This commit partially rewrites the `testPrios` queue test, in such a way
that it's now easier to inspect the final schedule and the occurrence of events.
Albeit not perfect, it should be less sensitive to random failures,
like the ones we have been observing on CI.

[Tree] Changes for pinning

Merge remote-tracking branch 'origin/184-dev-add-support-for-multiple-languages-in-ini-file' into dev-merge

[nlp] add sample support for languages to corenlp

gargantext.cabal

Merge branch 'dev' into 184-dev-add-support-for-multiple-languages-in-ini-file

[NLP] add support for arbitrary languages in INI file

Also, added a basic GraphQL endpoint.

Merge remote-tracking branch 'origin/193-dev-api-query-dev-fix' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6.2

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/investigate-issue-192' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6.1

Merge branch 'dev' into 193-dev-api-query-dev-fix

reverse order of logs in jobLog (fixes #192)

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6

[FIX] Clean Text before sending it to NLP micro services + tests + clean code for documentation

update: include the install command into start file

[refactor] add newtype Limit, newtype Query

This is safer than type Limit = Int

[FIX] Add more redundancies to texts Notes

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.5.1

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.5

Remove superclass constraint of MonadJob for MonadJobStatus

Cleaner Jobs API

This big commit improves the jobs API in a way that now we can
completely abstract away over a JobLog.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.4

Merge remote-tracking branch 'origin/191-dev-list-upload-fixes' into dev-merge

[pubmed] use fixed pubmed repo, fix per page to be > 20

[list] refactoring of csv post

[list] fixes to list CSV upload

Now, error should be reported, provided we fix job logs (?)

[FIX] Username could be email

Merge remote-tracking branch 'origin/175-dev-doc-table-count' into dev-merge

[ngrams] fix score ordering

Merge branch 'dev' into 175-dev-doc-table-count

Merge branch '186-dev-ngrams-score-fixes' into 175-dev-doc-table-count

[annuaire] remove duplicated AsyncJobs type

[ngrams] ngram count aggregates now

Merge remote-tracking branch 'origin/184-dev-add-nlp-to-gargantext-ini' into dev-merge

merge

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.3

update cabal

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-185-job-api' into dev-merge

Merge branch 'dev' into 175-dev-doc-table-count

[facet] some fixes to tfidfAll, small refactoring

Remove need for liftBase when using the jobs api

Move logging function inside JobHandle

Add tests for updating status

Add MonadJob instance for ReaderT

This commit also moves the JobHandle into the `Gargantext.Utils.Jobs.Monad` module.

Replace `Dual` Monoid with `Seq` in Job API

Pass a JobHandle to the serveJobsAPI continuation

Generalise type of serveJobsAPI

Move Gargantext.Utils.Jobs.API to Gargantext.Utils.Job.Internal

This commit renames the `Gargantext.Utils.Job.API` module to
`Gargantext.Utils.Job.Internal`, because it turns out it's *not* what
Gargantext is using directly; rather, the user-facing function in use
lives at `Gargantext.Utils.Jobs` and is called `serveJobsAPI`. This
distinction makes clearer who is using what.

[DOC]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2.2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2.1

[FIX] Order 2 : ok

[FIX] Removing Recursive Clustering for Order 2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2

[OPTIM] Distri Similarity

[nlp] corenlps/johnsnows/spacys for https versions of schema

Merge branch 'dev' into 184-dev-add-nlp-to-gargantext-ini

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.1

[UPDATE] script

[FIX] compilation

[NLP] implement NLP server selection in INI file

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8

[FEAT] Phylo 1 click

[FEAT] Enabling Phylo 1 click

[CLEAN] Tools Graph

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.6

[CABAL]

Use lapack instead of liblapack as nonHs dep in nix

Use igraph 0.10.4

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.5

[NLP] implement NLP server selection in INI file

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.4

[CLEAN] version script in main repo

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.3

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.1

[MERGE]

1 click phylo v1 is ok

new strategy for choosing temporal matching candidates

refactoring

refactoring temporal matching