[nodeStory] some attempts to fix showing errors for PGS execute

Merge remote-tracking branch 'origin/debug-nans' into dev

[nodeStory] add immediate saver

This is used to save when quitting the server. Previous, debounce
save, didn't work properly on exit.

[nodeStory] add version to node_story_archive_history

This is so that we correctly order _a_history later.

seemingly fixed 'computeConfluences'

Merge branch 'dev' into 141-dev-node-stories-db-optimization

[nodeStory] fix runPGSExecuteMany calls, remove debugging prints

[postgres] fix 0.0.6.0 script name, sorting is better

oops

[FIX] schema.sql needs upgrade too.

[DOC] ChangeLog + spacy server on tmux script

[FIX] Duplicates removed with hash computed on text filtered

[DOC] ChangeLog

[FIX][Parser] PubMed bans if too many requests are done per second. Adding a threadDelay seems to fix the issue for now.

[DOC] ChangeLog

[MERGE] Upgrading postgresql and ngrams repo changes

[DOC]

Merge remote-tracking branch 'origin/garg-init-errror-msg' into dev-merge

[VERSION] +1 to 0.0.6.1

[FEAT] NLP using Spacy Server

Check that garg-init has been executed at startup, abort with helpful error if not

[nodeStory] insert/delete/update seems to work, needs more verification

[FIX] prepareText

[FEAT] Prepare text from Gutemberg

[WIP] how to clean data text coming from a Book from Gutemberg

[nodeStory] insert/update/delete state handling

This doesn't work with locks yet.

[postgres] upgrade postgres to version 14

[CLEAN] readFile homonyms

[README] upgrade postres: info about volume

[README] updated with section on upgrading postgres in docker

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-merge-nix-2' into dev

[DOC] Changelogs

[nodeStory] optimize node_stories table

Read in backend works now, insert and upsert not yet.

Merge remote-tracking branch 'origin/405-dev-lost-password-design' into dev-merge

[FEAT] Score Column

[DOC] Changelog

[FIX] quick fix for Graph conf bug and compilation bug

[nix] fix compiling after merge

[ADMIN] schema updated with Node Story tables

[VERSION] +1 to 0.0.6

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-merge-nix-2' into dev-merge

Merge remote-tracking branch 'origin/131-dev-ngrams-table-db-connection-2' into dev-merge

[nix] build succeeded on my machine

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.6

[FIX] server with nix working now

Merge remote-tracking branch 'origin/396-dev-team-management' into dev-merge

[FIX] Haddock for our lib only + fix Tests

Merge remote-tracking branch 'origin/fix-haddock-parse-error' into dev

[FIX] merge

Fix haddock parse error

Fix haddock parse error

fix accelerate-llvm-native build

[ngrams] implement ngrams term_id to further simplify the patches json

go some way towards fixing nix files

use gargantext-graph's confluence implementation in graph construction

Merge branch 'dev' into 396-dev-team-management

fix accelerate commits

fix accelerate commits

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.5

Merge branch 'dev' into 396-dev-team-management

[nodeStory] some more config repo path refactoring

[nodeStory] migration script gets repo filepath from env

[nodeStory] fix file migration

[ADMIN] bash scripts to enter or backup a postgres database

[nodeStory] sql upgrade scripts

[nodeStory] notes about implementation

Also, fix bug with reversing the history.

bin

[BIN] executable script

[SCRIPTS] docker install

[nodeStory] implement history in the DB

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.4

[FIX] Arxiv api is working for first batch, not the others. I have integrated the Arxiv api code in order to eventually debug it (it seems not maintained any more).

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.3

[FEA] Graph options with Links Strength

Forgotten file

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.2

[FIX][WIP] Order 2 graph fixed (needs the confluence optim)

[WIP]

[FIX] compilation ok

improve performance of logDistributional, upgrade to accelerate 1.3 + lots of debug output

Merge remote-tracking branch 'origin/415-dev-user-empty-field' into dev

[FIX] compilation ok

Merge remote-tracking branch 'origin/dbg-perf-order2-graph' into dev-merge

improve performance of logDistributional, upgrade to accelerate 1.3 + lots of debug output

[nodeStories] node stories in db work now

Merge branch 'dev' into 131-dev-ngrams-table-db-connection-2

[FIX] Order 1 edges filter

[NodeStory] this compiles, CmdM helped

[DOC] Changelog

Merge branch 'dev' into 131-dev-ngrams-table-db-connection-2

[FIX] removing merge children in graph build

[Forgot password] Fix route in mail

Merge branch 'dev' into 405-dev-lost-password-design

[Forgot passwrd] Encode server in mail

[VERSION] +1 to 0.0.5.9.1

[User] Description field

[Client API] Fix type

Merge branch 'dev' into 405-dev-lost-password-design

[nodeStory] saver db implementation, does not compile yet

Merge branch 'dev' into 131-dev-ngrams-table-db-connection-2