[REFACT]

make gargantext buildable with stack & cabal in a nix environment

I revamped the whole Nix infrastructure a bit to clearly delineate the bits
about providing a suitable environment (with respect to non Haskell deps) and
the shell and stack helper expressions, and moved it all under `nix/` to
make it easier to ignore (if not interested) or focus on (if interested) the Nix
infrastructure of this repository.

For some reason, this required changes that don't seem necessary in the
Docker environment, even though this all happens using the same GHC version
as used in the Docker environment/Stackage LTS snapshot.

The said changes correspond to the source repositories mentioned in the
cabal.project and stack.yaml files that have not been left untouched, for which
I either pointed to a fork I made, or a different commit that I pushed in a
dedicated branch (for the ISCPIF gitlab repositories to which I seemingly
have write access).

Many of the changes were about Haddock `-- |` style syntax being used in an
unexpected place, and this was making GHC's parser quite sad.

This commit doesn't (yet?) provide Nix infrastructure for building everything
in/through Nix, but shouldn't be too much work with something like haskell.nix,
which has suitable tooling to import stack.yaml or cabal.project based
project specifications and turn them into fully nixified builds, which might
or might not be desirable.

[FIX] Docker repo version

[FEAT] Adding Visio micro-service (Jitsi)

First add New type NodeFrameVisio it this case:
modified :         src/Gargantext/Database/Admin/Types/Node.hs
After this step, just follow the compiler errors to fix the instances.

modified :         src/Gargantext/Prelude/Config.hs

The NodeType NodeFrameVisio is created in Database and need some
parameters:
modified :         src/Gargantext/Database/Action/Node.hs
modified :         src/Gargantext/Database/Admin/Config.hs
modified :         src/Gargantext/Database/Admin/Types/Hyperdata/Default.hs

Finally:
modified :         gargantext.ini_toModify
The url of the micro-service can be adapted in gargantext.ini

[FIX] Candiate List Size

[FIX] lists size

Merge branch 'dev' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[FIX] candidate size

[FIX] doc

Minor for CI test

[FIX] test WIP

[FIX] names

[FIX] Tests: module name

small commit to exec CI runner

Merge branch 'dev-test' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[CLEAN] Commenting debug funs

[test] move some files into test

They don't seem to be needed in code

Merge branch 'dev' into dev-test

[TESTS] adding quick test for partition

[FIX] create dir if not exist

[CI] add cache key (commented for now)

[CI] remove cache key, as this results in constant rebuilding

[CI] send doc artifacts only

Merge branch 'dev' into dev-test

[FIX] cluster on connected components only and leaves others nodes alone (todo). Use Order1 by default

[test] fix stack command for path

[test] fixes to artifacts

[test] stack local install root path as artifact output

[test] CI cache dir, test stage added

[test] gitlab ci docker image fix

[test] fix for gitlab image

[test] fix for gitlab build (no docker)

[test] dad gitlab-ci

[haddock] haddock builds correclty now

Merge branch 'dev' into dev-test

[graph] add debug info for graph, no partition error

[LIST] improved for candidates

[Lists] fix candidates list

[FIX] quick fix to enable WOS parser

[test] fix tests

[VERSION] +1 to 0.0.2.9.5

[ADMIN] Code of conduct copied from legacy GarganText repo

[FIX] removing stopwords with 0 occurrences

[FIX] multi-term reindex

[FIX] merge with dev-phylo

Merge branch 'dev' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[VERSION] +1 to 0.0.2.9.4

[FIX] removing printDebug

[FIX] map list size filtered (others terms do not appear any more)

Merge branch 'dev' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[FIX] postgres install

[FIX] doc ngrams insertion (WIP)

[FEAT] reindexing enabled in frontend

[FIX] testing (WIP)

[FEAT] Indexation function to test

[INDEXING] WIP

[VERSION] +1 to 0.0.2.9.3

[FIX] cabal package config

[FIX] warnings

[CLEAN] creating Prelude.GargDB file

[FIX] Data.List needs to be qualified for future GHC upgrade

[CLEAN] split Prelude.Utils

[CLEAN] Prelude.Utils clock measures

[TYPE] semantics, renaming

[UPDATE] docker script

[BIN] run script

[ADMIN] LTS stack upgrade

[FIX] merge fix suite

[FIX] merge dev-phylo

add source and fixe date

merge done

add weighted csv

[CLEAN/API] removing unused route

[TOOLS] some scripts

[FEAT] adding docker file

[FIX] install

[VERSION] +1 to 0.0.2.9.2

[FIX] removing cLouvain c++ lib

[CLEAN] install scripts

[VERSION] +1 to 0.0.2.9.1

[FIX] should not break the server

[FEAT] toTermList function

[VERSION] +1 to 0.0.2.9

[FEAT] Order 1 and 2 implemented.

[FIX] clustering, order 2 similarity, ok

[FEAT] Distributional Measure Similarity in Graph Flow (WIP)

fix package and cabal

save a phylo with cliques

merge with dev

git add step files

Merge branch 'dev' into dev-small-fixes

[refactoring] small fixes for imports, garg ini

[VERSION] +1 to 0.0.2.8

[FEAT] new clustering algo by default (Spinglass)

add label to sha

Merge branch 'dev-distributional' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[FEAT] Implements log distributional function with accelerate (#50).

[FIX] warning

[FEAT] IGraph partitions complement

first commit