Merge branch '90-dev-hal-fixes' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[FIX] uncommenting debug code

[FIX] Ngrams List size with candidates

[mail] some small refactoring

[user] update userLight_email on user info page

The ui_cwTouchMail is not used, it should be removed in the future.

[VERSION] +1 to 0.0.5.8

[FIX] reindex ngrams with all documents and with all ngrams

[FEAT] Lang NLP

Changelog

[FIX] Node default names simplified

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.9.1

[FIX] NLP API + group revert

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.9

[FIX] Spinglass not connected components

Merge branch '104-dev-john-snow-nlp' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/cgenie/haskell-gargantext into dev-merge

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.8

[FIX] pubmed upgrade limit

Merge branch '106-dev-ngrams-score-fix' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[DOC] ChangeLog Upgrade method

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.7

Merge branch 'dev-pairing' into dev

[FEAT] Annuaire <-> Corpus pairing (WIP)

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.6

[ngrams] fix for grouping function for ngrams

For nearby terms `["a", "b", "c"]` we concatenated them into one
`"a b c"`. Instead we should leave the singletons as well:
`["a", "b", "b", "a b", "a c", "b c", "a b c"]`.

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.5

[conduit] parsers length works so full progress report should work as well

[conduit] attempt to fix length of parsed docs [does not compile]

This will show good progress bar.

[FIX] warning as error removed

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.4

[FIX] UserInfo page get and update, Password hidden in the logs

Merge branch 'dev-userid-in-auth' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.3

Merge branch '90-dev-hal-box-fix' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.2

[zip] implement zip for parsers

[VERSION] +1 to 0.0.5.7.1

[FIX] Phylo Document list

[DEBUG] Phylo print debug

[conduit] some work towards flow migration to conduit

Doesn't compile yet.

This is somewhere in Flow.hs in types for ConduitT () a m ()
where m monad is IO.

[VERSION] +1 to 0.0.5.7

[FEAT] Phylo Backend Connected (for tests)

[FEAT] Phylo update

Merge branch 'dev' into dev-phylo

[DEVOPS] postgres create db utility

[conduit] some more work on conduit in file parser (still doesn't compile)

Merge branch '90-dev-hal-box-fix' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into 90-dev-hal-box-fix

[conduit] some work towards migrating file parser to conduit (does not compile)

update changelog

[FEAT] updateUsersPassword

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.7

Merge branch '90-dev-max-docs-scrapers-parsers' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.6

[FIX] When posting new list as file, reindex after

[FIX] V3 Ngrams List post/update with CSV format

[scrapers] fix limit with MAX_DOCS_SCRAPERS

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.5

Merge branch '111-dev-refactor-text-corpus-api-with-conduit-alp' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[conduit] update commits for pubmed/hal

[conduit] some refactoring

[corpus new] add info about current doc id

This is for debugging purposes for the Prelude.read error.

[BIN] gargantext-client config for stack

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.4

[refactoring] remove Prelude.read which causes difficult to debug errors

Instead use Text.Read.readMaybe and panic with custom error message.

[conduit] implement conduit for Hal, Pubmed

fix some Conduit wiring, lifting IO conduit to a more generic setting

Merge branch 'dev' into 111-dev-refactor-text-corpus-api-with-conduit

[text-api] first rewrite using Conduit

NOTE This doesn't compile yet.

[hal] use conduit for hal parsing

This still isn't optimal because in our code we use lists, so this
will fetch everything (using conduit), coerce into a list and then
process.

[DEBUG] adding trace

[DEBUG] AddDocument

[FIX] Export Phylo Ratio

[Auth] add user_id to auth response

[FIX][PHYLO] SubConfi simplification

[FIX] Example Cleopatre Date hack

[FIX] dot path

[FEAT][PHYLO] update parameters with PhyloSubConfig

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.3

[FIX][EXPORT][GEXF] size of nodes were lacking

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.2

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.1

[FEAT] Clustering Method Confluence backend connection

[VERSION] +1 to 0.0.5.6

[API] Phylo backend basic connection

[REBASE] Dev <-> dev-phylo

[FEAT] Bulding phylo with graphviz

[FEAT] FlowPhylo implemented

[CONFIG] fixing default config (and removing spaces at end of lines)

fix

changes done

add default weight

add a list parser param

[FEAT][PHYLO] corpusId to Documents function

[FEAT][PHYLO] preparing integration to backend

Merge branch 'dev' into 104-dev-john-snow-nlp

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.7

Changelog

[FIX] right version name

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.6

[FIX] Trigger to remove

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.5