[phylo] working on file naming function. Now OK2 but branch length is still missing

[phylo] working on file naming function. Now OK but branch length is still missing

Merge branch 'dev-ngrams-table-online' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[ngrams] add missing VersionedWithCount functions

[phylo] changing the name of reclustering parameter in naming function from 'level' to 'hlev'

[phylo] specification of the type of intertemporal matching in the output name

parameter change in sensibility to have a [-1 1] range

[FIX] html update

[FIX] typo

[DOC] model for maintenance page on nginx

[FIX] normalize username when sharing

Merge branch 'dev-phylo' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

[OPTIM] Insert ngrams

working on a new distance in phylo

[OPTIM]

[FIX] more strict data

[DOC] typo

[FIX] memory fix

[VERSION] +1 to 0.0.2.6

[UPGRADE] main functions

[ngrams API] added VersionedWithCount to ngrams output

[ngrams API] initial work for getting total ngrams count

[BIN] upgrade binary for PosTags

[UPGRADE] main functions for upgrade (WIP)

fix synchrony

Merge branch 'dev-phylo' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

parameter change in the sensibility for WeightedLogSim and WeightedLogJaccard similarity measures to have continuous function in 0

New similarity measure for inter-temporal matching added named WeightedLogSim Adapted from Wang, X., Cheng, Q., Lu, W., 2014. Analyzing evolution of research topics with NEViewer: a new method based on dynamic co-word networks. Scientometrics 101, 1253–1271. https://doi.org/10.1007/s11192-014-1347-y (log added in the formula + pair comparison)

[FIX] clean groups + handling duplicates (TODO inside)

[FIX] lang + algo for select + fix warnings

filter the clique by neighbours

Merge branch 'dev' into dev-ngrams-groups

Merge branch 'dev' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-ngrams-groups

[TEST Q] ok (needs some refact still)

[FIX] insertion is ok now.

[ini] strip trailing slash from ini urls

[FEAT] group ngrams, connected (testing now)

[TYPES] group type for lems

[FEAT] SQL fun to get lems

[FIX] ngrams + ngramsPosTag insert

fix ancestors on a single branch

in clustering synchronique change to 1 / sensibility

[phylo] Inversion of level range in re-parameterization

[phylo] quality function reparameterized to have high levels for lambda-->1 and low levels for lambda-->0

[WIP] needs improved type

Merge branch 'dev' into dev-ngrams-groups

Merge branch 'dev' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[DOC] Defaut hyperdata position

change beta to lambda [0...1]

[README] update with info on how to compile faster

break the branches from the largest to the smallest branch

add a parameter in the config for finding the ancestors or not

process the ancestors before the synchronic clustering

[FIX] bug invitation

[DEBUG]

[VERSION] +1 to 0.0.2.5

Merge branch 'dev-tree-reload' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[tree] fix for public nodes being shown (PublicDirect type)

[TEXTFLOW] enriched ngrams connected

[FIX] undefined lacking functions

[TextFlow REFACT] addin ExtractedNgrams type for simple or enriched ngrams extraction

[OPTIM] HashMap Ngrams ...

[REFACT/CLEAN] TextFlow

[REFACT] Indexed type more generic

[CLEAN] replace NgramsTerms with Text to avoid ambiguity with Types of Ngrams

[REFACT] Types

[Type] Indexed generic and polymorphic type to save database id with core garg types.

[REFACT] Types work (WIP)

[FIX] typos

Merge branch 'dev' into dev-ngrams-groups

[Prelude.Crypto.Share] WIP / Clean

[CryptoRandom] wip

[VERSION] +1 to 0.0.2.4

merge

Merge branch 'dev-merge' into dev

Merge branch 'dev-tree-reload' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[FIX] back to Conditional distance

[FIX] merge

[docker] 'host' network mode is incompatible with 'ports'

[tree] remove printDebug and add comment for shared direct tree

[tree] some Tree query work

[REFACT] HasDBid instance for ListType

[CODE ERGO] Instance method renamed

[FIX] Instances declations: HasDBid NodeType (more ids for types coming)

[REFACT] HasDBid

[FIX] sql return

[FEAT] SQL fun to insert postagging

[DATABASE] New Table for postagging

Merge branch 'dev-lts-16.26-upgrade' into dev-tree-reload

[stack] upgrade to 16.26 lts (Docker too)

[temp] some debugging code for the tree reload fix

[FEAT] Implementing distributional function with matrix computation.

[CLEAN] Social.Scores unused. Use History of patches instead

[VERSION] +1 to 0.0.2.3

[FIX] Warnings unused imports

[FIX] HashMap lacking functions in main lib

[FIX] Map Text -> HashMap NgramsTerm

Merge branch 'dev-social-list' into dev-merge

Merge branch 'dev-refactor-metrics' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-merge

[CLEAN] fix warnings