Merge branch 'pipeline'

[TYPES] Terms and Human Lang types fusion.

[WORKFLOW] clean, issue in map2mat: diagonal == 0.

Some progress on workflow, the data2graph fails because of unknown nodes, see the TODO

Fix performance issue due to infinit result of splitEvery

[WORKFLOW] cleaned, adding data2graph.

[FIX] compiles now (@np maybe you can add your fix now).

[MERGE] needs fix.

Untested fix of incExcSpeGen_sorted'

[COOC FILTERING] workflow done but optimization issue.

[Map list automatic filtering] adding doc.

[CLEAN] removing unused code.

Merge branch 'pipeline'

[Scored filtering] adding doc.

[CLEAN] code kmeans.

[STAT] map list creation adding kmeans to splitBy inclusion score.

Merge branch 'pipeline'

[Terms Selection] takeSome function which filters with inclusion/exclusion (relevance) and gen/spe.

[DEP] config.

Merge branch 'pipeline'

Ignoring local folders.

[Scores] Documentation.

[FIX scores]

[Scores] Inclusion/Exclusion and Specificity/Genericity ok with my tests.

Add missing lifts

need fix

[FEAT] gen/spe statistics.

Gargantext.Text.Metrics.FrequentItemSet: export more functions

diag: no need for type annotation

Add LANGUAGE ScopedTypeVariables

[SCORE] spegen quality tested, need to add test in comments.

Merge remote-tracking branch 'origin/pipeline' into pipeline

[FIX] multiterms FR extraction.

0002-Minor-build-packaging-tweaks.patch by npouillard

0001-Basic-polymorphic-version-of-FrequentItemSet.patch by npouillard

Minor build/packaging tweaks

Basic polymorphic version of FrequentItemSet

[FEAT] specificity / genericity and inclusion / exclusion metric.

[FIX] Corenlp lems -> using stem.

[COUNT] renaming file and generic function.

[FIX] fix cooc behavior.

[Pipeline] clustering with C++ Louvain bindings, ok.

[TERMS] adding type MonoMulti.

[RENAME] name and newtypes for createIndices.

[PIPELINE] adding clustering louvain.

[CLEAN] imports for pipeline.

Merge branch 'pipeline'

[Pipeline] ok until clustering.

small change in createIndexes

New cooc2mat

Add map2mat

Fix mat2cooc

[FEAT] Cooc -> Matrix conversions tools.

ref.

[DEP] + warning for ghc.

[Types] Phylo

[FIX] clustering-louvain dep (readme).

[FEAT] adding pipeline.

[CONTEXT]

[FIX] minimax with accelerate

[FEAT] adding clustering louvain.

[FEAT] Adding Graph type for the REST api.

[MERGE] distances for Graph.

[FEAT] cooc added for pipeline

[TERMS] main function.

[RENAME/ORG] ngrams -> terms.

[CSV PARSER] facto (without tests which are coming next)

[Global Structure] commenting ngrams function to database (focusing on main business logic without database for now).

[DATE PARSER] fix lang export and internal use.

[FEAT] CSV ngrams extraction, engine and search.

[CSV Parser] Parser for Gargantext (legacy) CSV files.

[FEAT] grouping ngrams better written (simplified) with semigroup. TODO: update the tests

[FIX] unused imports and indentation of comments.

[MERGE] Orchestrator merge.

[STRUCTURE] Make it simple and clean old code.

Integrate the orchestrator with a route to query scrapyd

[Structure] Ngrams -> Text.

Add an environment type to hold the connection and the firewall settings

[FEAT/Tokenizer] adding a great tokenizer thanks to Grzegorz Chrupała.

[FEAT/STEM] implementing Porter lib into Gargantext for English language.

[FEAT/STEM] implementing Porter lib into Gargantext for English language.

Revert "[FEAT/STEM] implemenging Porter lib into Gargantext for English language."

This reverts commit e21bad3ec5cf86aab3dbfc54f84945977c34afe8.

Revert "[FEAT/STEM] implemenging Porter lib into Gargantext for English language."

This reverts commit e21bad3ec5cf86aab3dbfc54f84945977c34afe8.

Merge branch 'master' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext

Merge branch 'master' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext

[FEAT/STEM] implementing Porter lib into Gargantext for English language.

[FEAT/STEM] implementing Porter lib into Gargantext for English language.

[FEAT/STEM] implemenging Porter lib into Gargantext for English language.

[FEAT/STEM] implemenging Porter lib into Gargantext for English language.

[FEAT/STEM] copying Porter lib.

[FEAT/STEM] copying Porter lib.

[FEAT/Distances] Accelerate lib for GPU: conditional and distributional. Needs behavioral tests.

[CLEAN] Graph: unoptmized distances using Data.Matrix (conditional and
                                                      distributional)
        Prelude: ideas on $ and & removed, kept in git history anyway.

fix typo

fix typo

[FIX] function composition orientation.

[FIX] function composition orientation.

DOC + function composition.

DOC + function composition.

[|> or <|] using F# and elm conventions, thx @yann.