Merge branch 'dev-phylo' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

Missing file.

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

fix some bugs

[FIX] Warnings at compilation.

[BIN/PHYLO] first draft, needs phylo connection.

Fix some warnings

just finalized the dot export

Add the dot export

Working on dot export

[FACTO] VIZ.APIS

[PHYLO][API] Get implemented.

[FIX] getNeighbours False instead of True (commit 4cbd0eb4) TODO check behavior.

[FIX] heads.

[PHYLO.API] REST GET.

[PHYLO.API] missing file.

[PHYLO.API] Adding REST functions.

[MERGE] Fix warnings.

[Phylo][Merge] Fix warnings and adding Eq instance to Phylo for Behavior test.

add the mecanisms for filtering the FIS if needed

add the phylopeaks and correct some bugs on the phylodocs

working on phyloPeaks

Add the PhyloParam to the Phylo constructor

Add new types for Cluster, Proximity, Filter, etc

refactoring Phylo.hs

add a toPhylo function and the foundation of the Rest routes

add the view maker system

add the Metrics and the Filters

Strating to add PhyloView and PhyloQuery

Add the new branches definition

Add the view types for exporting a phylo

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

add the foundations to the phylo

adding some view functions

[PHYLO] cLouvain in IO Monad fix.

starting working on output views

hard core refactoring

Whooo class types ...

refactoring

Add the clustering up to level 2 and more

Add the first steps the clustering

Add the branches detection

Add the branch detection with a bugg

Add the weightedLogJaccard function

Add sub cooc matrix to each PhyloGroup of level 1 and more

Add all the matching Childs/Parents mecanism

Begining of the Pair step

End of refactoring, put some function inside Tools.hs

More refactoring

Some refactoring

[PHYLO] Code Review + Tools start.

[Phylo] Reading cosmetics / New Tools file.

Add cooc matrix out of Fis

Add field groupQuality to the phylo & a nonempty filter by support

Add Fis filters & Fis to level 1 & level 1's links to level 0

Refactor links 0 to -1 and -1 to 0 with lenses

Try to build links from -1 to 0

Refactor level -1 and 0 and start linking -1 to 0

[Code Review] Morning Code Quentin and Alexandre.

add phyloLevel -1 & 0

harmonized functions and types

add types Fis, Clique and Support

new type for phylo

add the foundations to the phylo

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

adding some view functions

[PHYLO] cLouvain in IO Monad fix.

starting working on output views

hard core refactoring

Whooo class types ...

refactoring

Add the clustering up to level 2 and more

Add the first steps the clustering

Add the branches detection

Add the branch detection with a bugg

Add the weightedLogJaccard function

Add sub cooc matrix to each PhyloGroup of level 1 and more

Add all the matching Childs/Parents mecanism

Begining of the Pair step

End of refactoring, put some function inside Tools.hs

More refactoring

Some refactoring

[PHYLO] Code Review + Tools start.

[Phylo] Reading cosmetics / New Tools file.

Add cooc matrix out of Fis

Add field groupQuality to the phylo & a nonempty filter by support

Add Fis filters & Fis to level 1 & level 1's links to level 0

Refactor links 0 to -1 and -1 to 0 with lenses

Try to build links from -1 to 0

Refactor level -1 and 0 and start linking -1 to 0

[Code Review] Morning Code Quentin and Alexandre.

add phyloLevel -1 & 0

harmonized functions and types

Merge branch 'dev' into dev-phylo

add types Fis, Clique and Support

[DOC] Types for Phylo.

[Notes MEETING] Phylomemy work with Quentin and David.

[FIX] Get default lists of userMaster.

[FIX] NgramsPatch conflict resolution small fix + error handling for tests.

[FIX] repo file snapshots.