[conduit] implement conduit for Hal, Pubmed

fix some Conduit wiring, lifting IO conduit to a more generic setting

Merge branch 'dev' into 111-dev-refactor-text-corpus-api-with-conduit

[text-api] first rewrite using Conduit

NOTE This doesn't compile yet.

[hal] use conduit for hal parsing

This still isn't optimal because in our code we use lists, so this
will fetch everything (using conduit), coerce into a list and then
process.

[DEBUG] adding trace

[DEBUG] AddDocument

[FIX] Export Phylo Ratio

[Auth] add user_id to auth response

[FIX][PHYLO] SubConfi simplification

[FIX] Example Cleopatre Date hack

[FIX] dot path

[FEAT][PHYLO] update parameters with PhyloSubConfig

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.3

[FIX][EXPORT][GEXF] size of nodes were lacking

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.2

[VERSION] +1 to 0.0.5.6.1

[FEAT] Clustering Method Confluence backend connection

[VERSION] +1 to 0.0.5.6

[API] Phylo backend basic connection

[REBASE] Dev <-> dev-phylo

[FEAT] Bulding phylo with graphviz

[FEAT] FlowPhylo implemented

[CONFIG] fixing default config (and removing spaces at end of lines)

fix

changes done

add default weight

add a list parser param

[FEAT][PHYLO] corpusId to Documents function

[FEAT][PHYLO] preparing integration to backend

Merge branch 'dev' into 104-dev-john-snow-nlp

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.7

Changelog

[FIX] right version name

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.6

[FIX] Trigger to remove

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.5

[FRONT] changelog

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.4

Merge branch 'client-executable' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev

[OPTIM] Ngrams Table scores

Add client executable to run 'scripts' against a running Garg backend

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.3

[FIX] Adding a List size for others lists

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.2

[OPTIM] Ngrams Table

Merge branch 'dev' into 97-dev-istex-search

[VERSION] +1 to 0.0.5.5.1

[FIX] Graph Search with selected node (context migration related)

[VERSION] +1 to 0.0.5.5

[FEAT] Nodes Scores connected (needs some tests still)

[VERSION] +1 to 0.0.5.3

[VERSION] +1 to 0.0.5.2

[FIX] Scores in ngrams table

[john snow] add cache volume in docker-compose, fix "message" Maybe

[john-snow] implement pos/lemma language

[john snow] reorder tasks

Issue both pos and lemma tasks, then wait for both. This is a bit
better „parallelization” than: issue pos, wait for it, issue lemma,
wait for it.

[john snow nlp] implement api for pos & lemma

[FEAT] Scores, main backend database functions, needs API connection (WIP)

[CLEAN] removing some printDebug

[VERSION] +1 to 0.0.5.1

[FIX] Indexes for database and score counts

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-104-adding-language' into 104-dev-john-snow-nlp

[ISSUE #104] adding language

[john snow nlp] add image to docker-compose file

[VERSION] +1 to 0.0.5

[MIGRATION] gargantext-upgrade can be used.

[MIGRATION] upgrade script (WIP)

[MIGRATION] New schema migration SQL script

[CLEAN] unused functions after check of Graph computation

[FIX] Module renamed

[CLEAN]

[FIX] Scores at insertion

[FIX] Counts in NgramsTable and context_node_ngrams insertion

[Backup][WIP]

[*r*epoSaver*A cEtxicoen]p "rtepioosn/:no deSqlError Id{-0s-tqmlp-Srteatepo1 2=3 8"22-3150013."c,b osrq"l
E[wrixteecNSotdaetSutso r=i eFsa]t a[l(E)r]r
or, sqlErrorMsg = "une instruction insert ou update sur la table \194\171 context_node_ngrams \194\187 viole la contrainte de cl\195\169\n\195\169trang\195\168re \194\171 context_node_ngrams_context_id_fkey \194\187", sqlErrorDetail = "La cl\195\169 (context_id)=(135) n'est pas pr\195\169sente dans la table \194\171 nodes \194\187.", sqlErrorHint = ""}

[FIX] Routes (merge with Document export)

[FIX] getContextWith

[BDD upgrade] adding Context route

[FIX] Ngrams in list

[FIX] Requests with Contexts (WIP)

[Chart] Fix Docs count (Chart still not completed)

[FIX] Docs Table scores

[FIX] Search in abstrct
MR: https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext/merge_requests/53

[FIX] ContextNodeNgrams2

[FIX] Doc Table fixed

[WIP] backup during the vacations

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.6

[pubmed] use new Taggy parser in pubmed

This fixes an issue when article title contained XML (like <b> etc).

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.5

Merge branch 'dev' into dev-sources-chart-sort

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.4

[document-export] some code cleanup

[document-export] fix utf-8 encoding

Merge branch 'dev' into dev-docs-download

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.3

[graph update] add "force" parameter to force graph recomputation

Otherwise the "refresh" buttons won't work because list version
doesn't change.

[docs download] fix CSV return value

Merge branch 'dev' into dev-docs-download

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.2

[VERSION] +1 to 0.0.4.9.9.1