[phylo] some refactoring

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phyloDebug' into 206-dev-phylo

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.5

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-188' into dev

[FIX] Refresh Index: reindex of term list, textflow and schedule job

Cache nix-shell

Use latest Ubuntu

Set cache path

Misc improvements

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-188' into dev

Switch to gargantext:v1 docker image

Improve docker image

Bind periodic actions to the main loop

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.6

Merge remote-tracking branch 'origin/203-dev-corpus-json-import' into dev

[FEAT] Adding Schedule job to gargantext-server

Merge branch 'dev' into 203-dev-corpus-json-import

[FILES] ressources for upgrade

[corpus] import JSON support

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.5

[FIX] #199

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.4

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.3

[FIX] SearX analysis needs its NodeTexts

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.2

[FIX] Script Prod mode

Fix subtle bug in searchTableNgrams

This commit fixes a bug (or feature? unclear at this stage) of the
`rootOf` function inside `searchTableNgrams`, which could, in some
occasion, return a root which has a different `ListType`, which
in turn throws off pagination.

Add more pagination tests

Add some basic pagination tests

This commit adds some basic tests for the Ngrams pagination,
capitalizing on the refactoring of the `searchTableNgrams` function,
which is now pure and can be tested fairly easily.

Refactor pagination to use `NgramsSearchQuery`

This commit refactors the Ngrams pagination code to use
the `NgramsSearchQuery`, and it introduces a new function called
`searchTableNgrams`, which is now completely pure.

Add `NgramsSearchQuery` type

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4.1

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.4

Merge remote-tracking branch 'origin/201-dev-user-pubmed-api-key' into dev

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phyloDebug' into dev-phyloDebug

[DEBUG] print debug infos

[pubmed] implement per-user api keys

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.3.3

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.3.2

[FEAT] Iramuteq parser (WIP)

[FEAT] Alceste/Iramuteq Parser

change the main

[FIX] Data.List qualified import

[PARSERS] Iramuteq file format parser

[COSMETICS] SQL query

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.3.1

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.3

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-incorrect-pagination' into dev

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev

Fix NGrams pagination (purescript-gargantext#531)

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.2

[DEBUG] print debug infos

more lenient pauses in markProgress testing

make queue fairness test more deterministic

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.1

[FIX]

[FIX/FEAT] Langs

[FIX] Langs

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9

[nlp] export languages (graphql) based on ini file

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.7.1

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev

Add pushJobWithTime

[DOC]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.7

Merge remote-tracking branch 'origin/513-dev-pin-tree' into dev-merge

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-198' into dev-merge

doc debug

Rewrite testPrios test

This commit partially rewrites the `testPrios` queue test, in such a way
that it's now easier to inspect the final schedule and the occurrence of events.
Albeit not perfect, it should be less sensitive to random failures,
like the ones we have been observing on CI.

[Tree] Changes for pinning

Merge remote-tracking branch 'origin/184-dev-add-support-for-multiple-languages-in-ini-file' into dev-merge

[nlp] add sample support for languages to corenlp

gargantext.cabal

Merge branch 'dev' into 184-dev-add-support-for-multiple-languages-in-ini-file

[NLP] add support for arbitrary languages in INI file

Also, added a basic GraphQL endpoint.

Merge remote-tracking branch 'origin/193-dev-api-query-dev-fix' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6.2

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/investigate-issue-192' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6.1

Merge branch 'dev' into 193-dev-api-query-dev-fix

reverse order of logs in jobLog (fixes #192)

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.6

[FIX] Clean Text before sending it to NLP micro services + tests + clean code for documentation

update: include the install command into start file

[refactor] add newtype Limit, newtype Query

This is safer than type Limit = Int

[FIX] Add more redundancies to texts Notes

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.5.1

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.5

Remove superclass constraint of MonadJob for MonadJobStatus

Cleaner Jobs API

This big commit improves the jobs API in a way that now we can
completely abstract away over a JobLog.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.4

Merge remote-tracking branch 'origin/191-dev-list-upload-fixes' into dev-merge

[pubmed] use fixed pubmed repo, fix per page to be > 20

[list] refactoring of csv post

[list] fixes to list CSV upload

Now, error should be reported, provided we fix job logs (?)

[FIX] Username could be email

Merge remote-tracking branch 'origin/175-dev-doc-table-count' into dev-merge

[ngrams] fix score ordering

Merge branch 'dev' into 175-dev-doc-table-count

Merge branch '186-dev-ngrams-score-fixes' into 175-dev-doc-table-count