impl: fix breaking changes with rdf4h >=4.0

rdf4h-4.0 conflicting names are not the same.

impl: fix breaking changes with morpheus-graphql-core >=0.25

- morpheus-graphql-core-0.25 replaced Type Options with GQL Directives,
  see: https://github.com/morpheusgraphql/morpheus-graphql/pull/766

- morpheus-graphql-server is needed.

- `Undefined` is now opaque, `defaultRootResolver` being the new way to
  avoid defining fields.

impl: fix breaking changes with aeson >=2

aeson-2.0 intoduced an opaque KeyMap to replace HashMap.

impl: fix overlapping `MimeRender` instances

This remove the need to patch servant,
as done in the previously pinned version:
https://github.com/haskell-servant/servant/commits/no-mimerender-overlap

build: add nix flake support

Main motivations for using a `flake.nix`:
- To simplify managing inputs that we need to lock
  (e.g. Nixpkgs and some haskellPackages).
- To speed up the loading of the developing shell.
See last stage of:
https://www.haskellforall.com/2022/08/incrementally-package-haskell-program.html

To load a shell: `nix -L develop` or `direnv allow`,
this will get reachable all the dependencies needed through the environment,
then `cabal repl` can work.

To update a dependency: `nix flake lock --update-input nixpkgs`

To update all dependencies: `nix flake update`

WARNING: Please review the WARNING comments about the use of a non primary branch
for several dependencies, they're at the exact commit frozen in `stack.yaml`

WARNING: Please review the patches in the `patches/` directory,
some should be pushed upstream, but may require a bit more care
to support backward compatibility:
- patches/accelerate-arithmetic/0001-remove-test-using-removed-realBandedGramian.patch
- patches/arxiv-api/0001-build-fix-license.patch
- patches/crawlerPubMed/0001-fix-test-suite-build-dependencies.patch
- patches/duckling/0001-fix-missing-Eq-Dimension-a-needed-by-recent-hashable.patch
- patches/duckling/0002-support-and-require-aeson-2.0.patch
- patches/ekg-json/0001-support-and-require-aeson-2.0.patch
- patches/hal/0001-build-fix-halCrawler-crawlerHAL.patch
- patches/patches-class/0001-fix-comment-that-confused-GHC-because-of-haddock-syn.patch
- patches/servant-ekg/0001-fix-missing-instance-HasEndpoint.patch
- patches/servant-job/0001-fix-comment-breaking-haddock.patch

Some may contain questionnable changes:
eg. `patches/accelerate-llvm-native/0001-fix-removed-argInt-by-using-argInt64.patch`

Some come from upstream but are not merged yet:
- patches/opaleye/PR-563.patch

NOTE: `pre-commit-hooks` is enabled, but only on `.nix` files so far.
It generates `.pre-commit-config.yaml` and `.git/hooks/pre-commit`.

[CABAL] cleaning

[BIN]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.7.1

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-openalex' into dev-merge

[BIN] fix

[openalex] add support for language filter in queries

merge

[openalex] allow author display_name to be null

[FIX]

Merge branch 'dev' into dev-openalex

[FIX] Database creation

[openalex] use search instead of filter

[FIX] Install

[FIX] admin

Update CI and docker image

Do not ignore gargantext.cabal

RIP package.yaml

[BIN] install

[FIX] Cabal

[FIX] update schema

Initial version of the project that builds with cabal

[FIX] Nix Config

install

[FIX]

fix the shape and the font

fix the shape

fix the invalid chart

[FIX] admin

[FIX] NIX

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-openalex' into dev

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phylo' into dev

fix the shape and the font

fix the shape

Merge branch 'dev' into dev-openalex

[openalex] Database type fixed

[BIN] install

[FIX] Cabal

Merge branch 'dev' into dev-openalex

[openalex] first attempt on integration this

Merge branch 'adinapoli/improve-cabal' into dev

Update cabal-install to 3.10.1.0 via overlays

[FIX] update schema

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phylo' into dev

Add .clippy.dhall to package.yaml, force hpack installation in update-cabal-project script

[FIX] Cabal

[FIX] Cabal clippy

Merge branch 'adinapoli/try-stack2cabal' into dev

fix the invalid chart

Initial version of the project that builds with cabal

Almost working version of cabal build

Initial work to support building with cabal

[ERGO] Sending email at the end of phylo

[FIX] Nix Config

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.7

[FIX] Licence

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-phylo' into dev-merge

[FIX] Nix shell install

fix the synchronic clustering

[FIX] Print phylo

resolve the conflict

[FIX] DefaultMode for phylo

[FIX] Phylo

maybe fix the phylo issue

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.9

Merge remote-tracking branch 'origin/506-dev-tree-search-fix' into dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.8

Merge branch 'dev' into 571-dev-node-corpus-api-search-fixes-take-2

[pubmed] implement pubmed api key in hyperdata user

[Tree search] Search in shared folders

[FIX] Update Node Phylo

[node] fix pubmed JSON serialization

Merge branch 'dev' into 571-dev-node-corpus-api-search-fixes-take-2

Merge remote-tracking branch 'origin/revert-0b51636b' into dev

[FIX] Phylo default mode

Revert "Merge remote-tracking branch 'origin/571-dev-node-corpus-api-search-fixes' into dev-merge"

This reverts merge request !166

[errors] better handling of garg job errors

JSON should now be better so that the UI can handle it in task async
handler.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.7

Merge remote-tracking branch 'origin/571-dev-node-corpus-api-search-fixes' into dev-merge

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-phylo-types' into dev-merge

[MERGE] Phylo

Add Phylo golden tests

Initial work on the GraphData for Phylio GraphData

[errors] better handling of garg job errors

JSON should now be better so that the UI can handle it in task async
handler.

[json] bring back previous JSON serialization of Datafield

Revert b3fb1a1697d18777af6b401c132c39a5c905e129

This reverts commit b3fb1a1697d18777af6b401c132c39a5c905e129

It introduced changes which cause issues described in
https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/purescript-gargantext/issues/571

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-phylo-types' into dev-merge

Partial support for bidirectional PhyloData parsing

This commits changes the `PhyloData` data structure to
include a proper `GraphData` in the `pd_data` field. The
`GraphData` is almost complete, but the `objects` field needs
to be further refined from a generic JSON `Value` to proper
Haskell types.

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/fix-datafield-instance' into dev-merge

Add JSON roundtrip tests for Datafield and WithQuery

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.9.6.6

[FIX] Phylo is back

Revert "Revert "Merge remote-tracking branch 'origin/201-dev-user-pubmed-api-key' into dev""

This reverts commit a444cb3000bbc36c1328d7d7788257a557d0abc8.

Revert "Try the hotfix"

This reverts commit 22b14f561106ded3520b5b4672d169491f1d4beb.

[MERGE] Phylo

Try the hotfix