update cabal

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-185-job-api' into dev-merge

Remove need for liftBase when using the jobs api

Move logging function inside JobHandle

Add tests for updating status

Add MonadJob instance for ReaderT

This commit also moves the JobHandle into the `Gargantext.Utils.Jobs.Monad` module.

Replace `Dual` Monoid with `Seq` in Job API

Pass a JobHandle to the serveJobsAPI continuation

Generalise type of serveJobsAPI

Move Gargantext.Utils.Jobs.API to Gargantext.Utils.Job.Internal

This commit renames the `Gargantext.Utils.Job.API` module to
`Gargantext.Utils.Job.Internal`, because it turns out it's *not* what
Gargantext is using directly; rather, the user-facing function in use
lives at `Gargantext.Utils.Jobs` and is called `serveJobsAPI`. This
distinction makes clearer who is using what.

[DOC]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2.2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2.1

[FIX] Order 2 : ok

[FIX] Removing Recursive Clustering for Order 2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.2

[OPTIM] Distri Similarity

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8.1

[UPDATE] script

[FIX] compilation

[NLP] implement NLP server selection in INI file

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.8

[FEAT] Phylo 1 click

[FEAT] Enabling Phylo 1 click

[CLEAN] Tools Graph

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.6

[CABAL]

Use lapack instead of liblapack as nonHs dep in nix

Use igraph 0.10.4

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.5

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.4

[CLEAN] version script in main repo

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.3

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.2

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7.1

[MERGE]

1 click phylo v1 is ok

new strategy for choosing temporal matching candidates

refactoring

refactoring temporal matching

merge with dev

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.7

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-177-DoorWelcome' into dev

adding a note

Merge branch 'dev-phylo' into dev

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

[FEAT] Graph O2 bridgeness improvement and FrameWrite Extraction

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.6

[MERGE]

[MERGE]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.5

[FIX] removing debug prints

1 click phylo v1 is ok

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.9

[ADM] cabal update

Merge remote-tracking branch 'origin/475-dev-node-team-invite' into dev-merge

[FIX] Clustering improvement

[MERGE]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.8

[MERGE]

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.7

[FEAT] Clustering with more granularity and structure

[DOC] ChangeLog

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-177-DoorWelcome-v2' into dev

[FIX] Order 2 regression and split of clustering

[API] Team members API for autocomplete

Merge branch 'dev' into 475-dev-node-team-invite

curious h2...

add sentence about frontend

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.6

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-177-DoorWelcome-v2' into dev

adding start script and complete readme

readme structure

Switch to hsparql-0.3.8

Switch to Hackage-released version of HSvm

This commit switches to an Hackage-released version of HSvm,
specifically 0.1.1.3.22, which is the same we were previously
relying on, but by pinning on a specific commit
`3fe28b683aba5ddf05e3b5f8eced0bd05c5a29f9` of the GitHub repo.

This also restores commit `243cfbb5e9e979611e55d97b2d0414587757a455`,
which got misteriously missing.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.5

[FIX] Clean unused dependencies

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/drop-servant-static-th' into dev

[FIX] Crawler Arxiv Api

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-180-deps-audit' into dev

Drop unused servant-static-th

This commit removes the `servant-static-th` dependency from the project,
because it turns out we weren't using this package, and furthemore we
were depending on a fork of the latter.

Switch to Hackage version of hstatistics

We were depending on Alexandre's fork of `hstatistics`, but in the
meantime his changes got merged upstream and the maintainer release
version `0.3.1` on Hackage, so this commit changes the `stack.yaml` file
to use that.

[DOC] README

Merge remote-tracking branch 'origin/dev-177-DoorWelcome' into dev

WIP: readme

[DOC]

Merge remote-tracking branch 'origin/adinapoli/issue-180-deps-audit' into dev

[DOC] ChangeLog

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.4

[STACK] crawler pubmed fixes

Drop unused monad-logger-aeson dependency

Add script to track Haskell deps

[FIX] Opaleye Query

Restore tests

Add support for weeder

Add optional Accelerate dependency on Darwin for pkgs.nix

On Mac, building `gargantext` requires linking against the
Accelerate framework (completely unrelated to the `accelerate` Haskell
package!). This patch provides an extra `pkgs.nix` directive that will
kick in only when building on Darwin.

[opaleye] remove ReadNull type instances

They are changed to MaybeFields ...Read instead when joining.

[VERSION] +1 to 0.0.6.9.4.3

Merge remote-tracking branch 'origin/175-dev-doc-table-count' into dev-merge

[refactor] upgrade opaleye to 0.9.6.1

Remove joins, use optionalRestrict instead.

Also, remove cabal.project because stack.yaml and package.yaml cover
dependencies already.