Strating to add PhyloView and PhyloQuery

Add the new branches definition

Add the view types for exporting a phylo

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

add the foundations to the phylo

adding some view functions

[PHYLO] cLouvain in IO Monad fix.

starting working on output views

hard core refactoring

Whooo class types ...

refactoring

Add the clustering up to level 2 and more

Add the first steps the clustering

Add the branches detection

Add the branch detection with a bugg

Add the weightedLogJaccard function

Add sub cooc matrix to each PhyloGroup of level 1 and more

Add all the matching Childs/Parents mecanism

Begining of the Pair step

End of refactoring, put some function inside Tools.hs

More refactoring

Some refactoring

[PHYLO] Code Review + Tools start.

[Phylo] Reading cosmetics / New Tools file.

Add cooc matrix out of Fis

Add field groupQuality to the phylo & a nonempty filter by support

Add Fis filters & Fis to level 1 & level 1's links to level 0

Refactor links 0 to -1 and -1 to 0 with lenses

Try to build links from -1 to 0

Refactor level -1 and 0 and start linking -1 to 0

[Code Review] Morning Code Quentin and Alexandre.

add phyloLevel -1 & 0

harmonized functions and types

add types Fis, Clique and Support

new type for phylo

add the foundations to the phylo

Merge branch 'dev-phylo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-phylo

adding some view functions

[PHYLO] cLouvain in IO Monad fix.

starting working on output views

hard core refactoring

Whooo class types ...

refactoring

Add the clustering up to level 2 and more

Add the first steps the clustering

Add the branches detection

Add the branch detection with a bugg

Add the weightedLogJaccard function

Add sub cooc matrix to each PhyloGroup of level 1 and more

Add all the matching Childs/Parents mecanism

Begining of the Pair step

End of refactoring, put some function inside Tools.hs

More refactoring

Some refactoring

[PHYLO] Code Review + Tools start.

[Phylo] Reading cosmetics / New Tools file.

Add cooc matrix out of Fis

Add field groupQuality to the phylo & a nonempty filter by support

Add Fis filters & Fis to level 1 & level 1's links to level 0

Refactor links 0 to -1 and -1 to 0 with lenses

Try to build links from -1 to 0

Refactor level -1 and 0 and start linking -1 to 0

[Code Review] Morning Code Quentin and Alexandre.

add phyloLevel -1 & 0

harmonized functions and types

Merge branch 'dev' into dev-phylo

add types Fis, Clique and Support

[DOC] Types for Phylo.

[Notes MEETING] Phylomemy work with Quentin and David.

[FIX] Get default lists of userMaster.

[FIX] NgramsPatch conflict resolution small fix + error handling for tests.

[FIX] repo file snapshots.

[COSMETICS]

[EXE] cosmetics.

[FIX] so well typed.

GargServer fix

[NGRAMS-REPO] Save the repo regularly (using json-state)

Integrate cleanEnv in runCmdDev*

[TEXT] some comments.

[FLOW] FIX listUser, but still repo.json is empty

[FIX] HyperdataList Arbitrary needs a fix.

[FIX] incomplete pattern.

Merge branch 'dev-ngrams-repo' of ssh://delanoe.org/haskell-gargantext into dev-ngrams-repo

[FIX] mkNodeUser.

[FIX] Workflow.

[NGRAMS-REPO] Basic Repo storage as JSON

Merge branch 'dev-ngrams-repo' of ssh://gitlab.iscpif.fr:20022/gargantext/haskell-gargantext into dev-ngrams-repo

[DB] NodesNgramsRepo.

DevEnv: revamp newDevEnv, rumCmdDev

new type for phylo

Merge branch 'dev-ngrams-repo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-ngrams-repo

[NGRAMS-REPO] Explicit listIds (no more defaultList calls), merge semantics in get...

[READING] proposal: keeping data consistency with database.

Missing function insertNewOnly

[NGRAMS-REPO] Basic flow insertion

[NGRAMS-REPO] Adapt parents while patching

[NGRAMS-REPO] Mock repo in dev-mode

Merge branch 'dev-ngrams-repo' of https://gitlab.iscpif.fr/gargantext/haskell-gargantext into dev-ngrams-repo

[NGRAMS-REPO] MSet and PatchMSet

Less type errors and undefined cases