2 Module : Gargantext.Viz.Phylo.Example
3 Description : Phylomemy example based on history of Cleopatre.
4 Copyright : (c) CNRS, 2017-Present
5 License : AGPL + CECILL v3
6 Maintainer : team@gargantext.org
7 Stability : experimental
10 -- | Cesar et Cleôpatre
11 -- Exemple de phylomemie
12 -- French without accents
16 - split the functions : RAW -> Document -> Ngrams
18 -- reverse history: antechronologique
25 module Gargantext.Viz.Phylo.Example where
27 import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
29 import Control.Lens hiding (both, Level)
30 import Data.Text (Text, toLower)
31 import Data.List ((++))
32 import Data.Map (Map,empty)
33 import Data.Tuple (fst)
34 import Data.Vector (Vector)
35 import Gargantext.Prelude
36 import Gargantext.Text.Context (TermList)
37 import Gargantext.Viz.Phylo
38 import Gargantext.Viz.Phylo.Cluster
39 import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates
40 import Gargantext.Viz.Phylo.BranchMaker
41 import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
42 import Gargantext.Viz.Phylo.LinkMaker
43 import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
44 import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
45 import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
46 import Gargantext.Viz.Phylo.Main (writePhylo)
47 import GHC.IO (FilePath)
48 import qualified Data.List as List
50 ------------------------------------------------------
51 -- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
52 ------------------------------------------------------
56 export = dotToFile "/home/qlobbe/data/phylo/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot
58 phyloDot :: DotGraph DotId
59 phyloDot = viewToDot phyloView
62 phyloExport :: FilePath -> IO FilePath
63 phyloExport fp = writePhylo fp phyloView
65 phyloView :: PhyloView
66 phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
68 -- | To do : create an other request handler and an other query parser
69 queryParser' :: [Char] -> PhyloQueryView
70 queryParser' _q = phyloQueryView
73 queryViewEx = "level=3"
75 ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
76 ++ "&metric=BranchAge"
77 ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
78 ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
81 phyloQueryView :: PhyloQueryView
82 phyloQueryView = PhyloQueryView 1 Merge False 1 [BranchAge,BranchBirth,BranchGroups] [] [BranchPeakInc,GroupLabelIncDyn] (Just (ByBranchBirth,Asc)) Json Flat True
85 --------------------------------------------------
86 -- | STEP 11 | -- Create a Phylo from a user Query
87 --------------------------------------------------
90 phyloFromQuery :: Phylo
91 phyloFromQuery = toPhylo phyloQueryBuild docs termList empty
93 -- | To do : create a request handler and a query parser
94 queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
95 queryParser _q = phyloQueryBuild
98 queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
99 ++ "&desc=An example of Phylomemy (french without accent)"
101 ++ "cluster=FrequentItemSet"
102 ++ "interTemporalMatching=WeightedLogJaccard"
104 ++ "nthCluster=RelatedComponents"
105 ++ "nthProximity=Filiation"
107 phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
108 phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
109 3 1 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.9 10) 5 0.8 0.5 4 1 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.3 0)
113 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
114 -- | STEP 10 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
115 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
119 phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
123 phylo3 = setPhyloBranches 3
124 $ interTempoMatching Descendant 3 defaultWeightedLogJaccard
125 $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
126 $ setLevelLinks (2,3)
128 (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
132 --------------------------------
133 -- | STEP 9 | -- Cluster the Fis
134 --------------------------------
137 phyloBranch2 :: Phylo
138 phyloBranch2 = setPhyloBranches 2 phylo2_c
142 phylo2_c = interTempoMatching Descendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_p
146 phylo2_p = interTempoMatching Ascendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_1_2
150 phylo2_1_2 = setLevelLinks (1,2) phylo2
153 -- | phylo2 allready contains the LevelChilds links from 2 to 1
155 phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
158 phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
159 phyloCluster = phyloToClusters 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
162 ----------------------------------
163 -- | STEP 8 | -- Find the Branches
164 ----------------------------------
167 phyloBranch1 :: Phylo
168 phyloBranch1 = setPhyloBranches 1 phylo1_c
171 --------------------------------------------------------------------
172 -- | STEP 7 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
173 --------------------------------------------------------------------
177 phylo1_c = interTempoMatching Descendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_p
181 phylo1_p = interTempoMatching Ascendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_0_1
184 -----------------------------------------------
185 -- | STEP 6 | -- Build the level 1 of the Phylo
186 -----------------------------------------------
190 phylo1_0_1 = setLevelLinks (0,1) phylo1
193 -- phylo1_1_0 :: Phylo
194 -- phylo1_1_0 = setLevelLinks (1,0) phylo1
198 phylo1 = addPhyloLevel (1) phyloFis phylo'
201 -------------------------------------------------------------------
202 -- | STEP 5 | -- Create lists of Frequent Items Set and filter them
203 -------------------------------------------------------------------
206 phylo' = phylo & phylo_fis .~ phyloFis
208 phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
209 phyloFis = refineFis (docsToFis phyloDocs phylo) True 1 1
211 ----------------------------------------
212 -- | STEP 2 | -- Init a Phylo of level 0
213 ----------------------------------------
217 phylo = addPhyloLevel 0 phyloDocs phyloBase
220 phyloDocs :: Map (Date, Date) [Document]
221 phyloDocs = groupDocsByPeriod date (getPhyloPeriods phyloBase) docs
224 ------------------------------------------------------------------------
225 -- | STEP 1 | -- Init the Base of the Phylo from Periods and Foundations
226 ------------------------------------------------------------------------
230 phyloBase = toPhyloBase phyloQueryBuild phyloParam docs termList empty
232 phyloParam :: PhyloParam
233 phyloParam = (initPhyloParam (Just defaultPhyloVersion) (Just defaultSoftware) (Just phyloQueryBuild))
236 docs = parseDocs foundationsRoots corpus
238 foundationsRoots :: Vector Ngrams
239 foundationsRoots = initFoundationsRoots (termListToNgrams termList)
242 --------------------------------------------
243 -- | STEP 0 | -- Let's start with an example
244 --------------------------------------------
247 termList = map (\a -> ([toLower a],[])) actants
250 actants = [ "Cleopatre" , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
251 , "Marc-Antoine", "Cesar" , "Antoine" , "Octave" , "Rome"
252 , "Alexandrie" , "Auguste" , "Pompee" , "Cassius" , "Brutus"]
254 corpus :: [(Date, Text)]
255 corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII. Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]