src/Gargantext/Viz/Phylo/Example.hs

   1 {-|
   2 Module      : Gargantext.Viz.Phylo.Example
   3 Description : Phylomemy example based on history of Cleopatre.
   4 Copyright   : (c) CNRS, 2017-Present
   5 License     : AGPL + CECILL v3
   6 Maintainer  : team@gargantext.org
   7 Stability   : experimental
   8 Portability : POSIX
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  10 -- | Cesar et Cleôpatre
  11 -- Exemple de phylomemie
  12 -- French without accents
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  15 TODO:
  16 - split the functions : RAW -> Document -> Ngrams
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  18 -- reverse history: antechronologique
  19 -- metrics support
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  22 -}
  23
  24 {-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
  25 {-# LANGUAGE FlexibleContexts  #-}
  26 {-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
  27 {-# LANGUAGE MultiParamTypeClasses #-}
  28
  29 module Gargantext.Viz.Phylo.Example where
  30
  31 import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
  32
  33 import Control.Lens hiding (both, Level)
  34 import Data.Text (Text, toLower)
  35 import Data.List        ((++))
  36 import Data.Map         (Map,empty)
  37 import Data.Tuple       (fst)
  38 import Data.Vector      (Vector)
  39 import Gargantext.Prelude
  40 import Gargantext.Text.Context (TermList)
  41 import Gargantext.Viz.Phylo
  42 import Gargantext.Viz.Phylo.Cluster
  43 import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates
  44 import Gargantext.Viz.Phylo.BranchMaker
  45 import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
  46 import Gargantext.Viz.Phylo.LinkMaker
  47 import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
  48 import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
  49 import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
  50 import Gargantext.Viz.Phylo.Main (writePhylo)
  51 import GHC.IO (FilePath)
  52 import qualified Data.List   as List
  53
  54 ------------------------------------------------------
  55 -- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
  56 ------------------------------------------------------
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  59 export :: IO ()
  60 export = dotToFile "/home/qlobbe/data/phylo/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot
  61
  62 phyloDot :: DotGraph DotId
  63 phyloDot = viewToDot phyloView
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  66 phyloExport :: FilePath -> IO FilePath
  67 phyloExport fp = writePhylo fp phyloView
  68
  69 phyloView :: PhyloView
  70 phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
  71
  72 -- | To do : create an other request handler and an other query parser
  73 queryParser' :: [Char] -> PhyloQueryView
  74 queryParser' _q = phyloQueryView
  75
  76 queryViewEx :: [Char]
  77 queryViewEx = "level=3"
  78               ++ "&childs=false"
  79               ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
  80               ++ "&metric=BranchAge"
  81               ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
  82               ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
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  85 phyloQueryView :: PhyloQueryView
  86 phyloQueryView = PhyloQueryView 2 Merge False 2 [BranchAge,BranchBirth] [] [BranchPeakInc,GroupLabelIncDyn] (Just (ByBranchBirth,Asc)) Json Flat True
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  89 --------------------------------------------------
  90 -- | STEP 11 | -- Create a Phylo from a user Query
  91 --------------------------------------------------
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  94 phyloFromQuery :: Phylo
  95 phyloFromQuery = toPhylo phyloQueryBuild docs termList empty
  96
  97 -- | To do : create a request handler and a query parser
  98 queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
  99 queryParser _q = phyloQueryBuild
 100
 101 queryEx :: [Char]
 102 queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
 103           ++ "&desc=An example of Phylomemy (french without accent)"
 104           ++ "grain=5&steps=3"
 105           ++ "cluster=FrequentItemSet"
 106           ++ "interTemporalMatching=WeightedLogJaccard"
 107           ++ "nthLevel=2"
 108           ++ "nthCluster=RelatedComponents"
 109           ++ "nthProximity=Filiation"
 110
 111 phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
 112 phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
 113              3 1 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.5 20) 5 0.8 0.5 4 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.3 0)
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 117 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 118 -- | STEP 10 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
 119 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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 122 phylo6 :: Phylo
 123 phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
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 126 phylo3 :: Phylo
 127 phylo3 = setPhyloBranches 3
 128        $ interTempoMatching Descendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 129        $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 130        $ setLevelLinks (2,3)
 131        $ addPhyloLevel 3
 132           (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
 133           phyloBranch2
 134
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 136 --------------------------------
 137 -- | STEP 9 | -- Cluster the Fis
 138 --------------------------------
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 141 phyloBranch2 :: Phylo
 142 phyloBranch2 = setPhyloBranches 2 phylo2_c
 143
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 145 phylo2_c :: Phylo
 146 phylo2_c = interTempoMatching Descendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_p
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 149 phylo2_p :: Phylo
 150 phylo2_p = interTempoMatching Ascendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_1_2
 151
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 153 phylo2_1_2 :: Phylo
 154 phylo2_1_2 = setLevelLinks (1,2) phylo2
 155
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 157 -- | phylo2 allready contains the LevelChilds links from 2 to 1
 158 phylo2 :: Phylo
 159 phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
 160
 161
 162 phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
 163 phyloCluster = phyloToClusters 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
 164
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 166 ----------------------------------
 167 -- | STEP 8 | -- Find the Branches
 168 ----------------------------------
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 171 phyloBranch1 :: Phylo
 172 phyloBranch1 = setPhyloBranches 1 phylo1_c
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 175 --------------------------------------------------------------------
 176 -- | STEP 7 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
 177 --------------------------------------------------------------------
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 180 phylo1_c :: Phylo
 181 phylo1_c = interTempoMatching Descendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_p
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 184 phylo1_p :: Phylo
 185 phylo1_p = interTempoMatching Ascendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_0_1
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 188 -----------------------------------------------
 189 -- | STEP 6 | -- Build the level 1 of the Phylo
 190 -----------------------------------------------
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 193 phylo1_0_1 :: Phylo
 194 phylo1_0_1 = setLevelLinks (0,1) phylo1
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 197 -- phylo1_1_0 :: Phylo
 198 -- phylo1_1_0 = setLevelLinks (1,0) phylo1
 199
 200
 201 phylo1 :: Phylo
 202 phylo1 =  addPhyloLevel (1) phyloFis phylo'
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 206 -- | STEP 5 | -- Create lists of Frequent Items Set and filter them
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 209 phylo' :: Phylo
 210 phylo' = phylo & phylo_fis .~ phyloFis
 211
 212 phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
 213 phyloFis = refineFis (docsToFis phyloDocs phylo) True 1 1
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 215 ----------------------------------------
 216 -- | STEP 2 | -- Init a Phylo of level 0
 217 ----------------------------------------
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 220 phylo :: Phylo
 221 phylo = addPhyloLevel 0 phyloDocs phyloBase
 222
 223
 224 phyloDocs :: Map (Date, Date) [Document]
 225 phyloDocs = groupDocsByPeriod date (getPhyloPeriods phyloBase) docs
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 228 ------------------------------------------------------------------------
 229 -- | STEP 1 | -- Init the Base of the Phylo from Periods and Foundations
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231
 232
 233 phyloBase :: Phylo
 234 phyloBase = toPhyloBase phyloQueryBuild phyloParam docs termList empty
 235
 236 phyloParam :: PhyloParam
 237 phyloParam = (initPhyloParam (Just defaultPhyloVersion) (Just defaultSoftware) (Just phyloQueryBuild))
 238
 239 docs :: [Document]
 240 docs = parseDocs foundationsRoots corpus
 241
 242 foundationsRoots :: Vector Ngrams
 243 foundationsRoots = initFoundationsRoots (termListToNgrams termList)
 244
 245
 246 --------------------------------------------
 247 -- | STEP 0 | -- Let's start with an example
 248 --------------------------------------------
 249
 250 termList :: TermList
 251 termList = map (\a -> ([toLower a],[])) actants
 252
 253 actants :: [Ngrams]
 254 actants = [ "Cleopatre"   , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
 255           , "Marc-Antoine", "Cesar"   , "Antoine"      , "Octave"  , "Rome"
 256           , "Alexandrie"  , "Auguste" , "Pompee"       , "Cassius" , "Brutus"]
 257
 258 corpus :: [(Date, Text)]
 259 corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII.  Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]