src/Gargantext/Viz/Phylo/Example.hs

   1 {-|
   2 Module      : Gargantext.Viz.Phylo.Example
   3 Description : Phylomemy example based on history of Cleopatre.
   4 Copyright   : (c) CNRS, 2017-Present
   5 License     : AGPL + CECILL v3
   6 Maintainer  : team@gargantext.org
   7 Stability   : experimental
   8 Portability : POSIX
   9
  10 -- | Cesar et Cleôpatre
  11 -- Exemple de phylomemie
  12 -- French without accents
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  15 TODO:
  16 - split the functions : RAW -> Document -> Ngrams
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  18 -- reverse history: antechronologique
  19 -- metrics support
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  21
  22 -}
  23
  24 {-# LANGUAGE NoImplicitPrelude #-}
  25 {-# LANGUAGE FlexibleContexts  #-}
  26 {-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}
  27 {-# LANGUAGE MultiParamTypeClasses #-}
  28
  29 module Gargantext.Viz.Phylo.Example where
  30
  31 import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
  32
  33 import Data.Text (Text, toLower)
  34 import Data.List        ((++))
  35 import Data.Map         (Map,empty)
  36 import Data.Tuple       (fst)
  37 import Data.Vector      (Vector)
  38 import Gargantext.Prelude
  39 import Gargantext.Text.Context (TermList)
  40 import Gargantext.Viz.Phylo
  41 import Gargantext.Viz.Phylo.Cluster
  42 import Gargantext.Viz.Phylo.Aggregates
  43 import Gargantext.Viz.Phylo.BranchMaker
  44 import Gargantext.Viz.Phylo.LevelMaker
  45 import Gargantext.Viz.Phylo.LinkMaker
  46 import Gargantext.Viz.Phylo.Tools
  47 import Gargantext.Viz.Phylo.View.ViewMaker
  48 import Gargantext.Viz.Phylo.View.Export
  49 import Gargantext.Viz.Phylo.Main (writePhylo)
  50 import GHC.IO (FilePath)
  51 import qualified Data.List   as List
  52
  53 ------------------------------------------------------
  54 -- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
  55 ------------------------------------------------------
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  58 export :: IO ()
  59 export = dotToFile "/home/qlobbe/data/phylo/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot
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  61 phyloDot :: DotGraph DotId
  62 phyloDot = viewToDot phyloView
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  65 phyloExport :: FilePath -> IO FilePath
  66 phyloExport fp = writePhylo fp phyloView
  67
  68 phyloView :: PhyloView
  69 phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
  70
  71 -- | To do : create an other request handler and an other query parser
  72 queryParser' :: [Char] -> PhyloQueryView
  73 queryParser' _q = phyloQueryView
  74
  75 queryViewEx :: [Char]
  76 queryViewEx = "level=3"
  77               ++ "&childs=false"
  78               ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
  79               ++ "&metric=BranchAge"
  80               ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
  81               ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
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  84 phyloQueryView :: PhyloQueryView
  85 phyloQueryView = PhyloQueryView 2 Merge False 2 [BranchAge] [] [BranchPeakInc,GroupLabelIncDyn] (Just (ByBranchAge,Asc)) Json Flat True
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  88 --------------------------------------------------
  89 -- | STEP 11 | -- Create a Phylo from a user Query
  90 --------------------------------------------------
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  93 phyloFromQuery :: Phylo
  94 phyloFromQuery = toPhylo phyloQueryBuild docs termList empty
  95
  96 -- | To do : create a request handler and a query parser
  97 queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
  98 queryParser _q = phyloQueryBuild
  99
 100 queryEx :: [Char]
 101 queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
 102           ++ "&desc=An example of Phylomemy (french without accent)"
 103           ++ "grain=5&steps=3"
 104           ++ "cluster=FrequentItemSet"
 105           ++ "interTemporalMatching=WeightedLogJaccard"
 106           ++ "nthLevel=2"
 107           ++ "nthCluster=RelatedComponents"
 108           ++ "nthProximity=Filiation"
 109
 110 phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
 111 phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
 112              3 1 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.5 20) 5 0.8 0.5 4 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.3 0)
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 116 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 117 -- | STEP 10 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
 118 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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 121 phylo6 :: Phylo
 122 phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
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 125 phylo3 :: Phylo
 126 phylo3 = setPhyloBranches 3
 127        $ interTempoMatching Descendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 128        $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 129        $ setLevelLinks (2,3)
 130        $ addPhyloLevel 3
 131           (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
 132           phyloBranch2
 133
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 135 --------------------------------
 136 -- | STEP 9 | -- Cluster the Fis
 137 --------------------------------
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 140 phyloBranch2 :: Phylo
 141 phyloBranch2 = setPhyloBranches 2 phylo2_c
 142
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 144 phylo2_c :: Phylo
 145 phylo2_c = interTempoMatching Descendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_p
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 148 phylo2_p :: Phylo
 149 phylo2_p = interTempoMatching Ascendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_1_2
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 152 phylo2_1_2 :: Phylo
 153 phylo2_1_2 = setLevelLinks (1,2) phylo2
 154
 155
 156 -- | phylo2 allready contains the LevelChilds links from 2 to 1
 157 phylo2 :: Phylo
 158 phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
 159
 160
 161 phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
 162 phyloCluster = phyloToClusters 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
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 165 ----------------------------------
 166 -- | STEP 8 | -- Find the Branches
 167 ----------------------------------
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 170 phyloBranch1 :: Phylo
 171 phyloBranch1 = setPhyloBranches 1 phylo1_c
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 174 --------------------------------------------------------------------
 175 -- | STEP 7 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
 176 --------------------------------------------------------------------
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 179 phylo1_c :: Phylo
 180 phylo1_c = interTempoMatching Descendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_p
 181
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 183 phylo1_p :: Phylo
 184 phylo1_p = interTempoMatching Ascendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_0_1
 185
 186
 187 -----------------------------------------------
 188 -- | STEP 6 | -- Build the level 1 of the Phylo
 189 -----------------------------------------------
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 192 phylo1_0_1 :: Phylo
 193 phylo1_0_1 = setLevelLinks (0,1) phylo1
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 196 -- phylo1_1_0 :: Phylo
 197 -- phylo1_1_0 = setLevelLinks (1,0) phylo1
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 200 phylo1 :: Phylo
 201 phylo1 =  addPhyloLevel (1) phyloFis phylo'
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 204 -------------------------------------------------------------------
 205 -- | STEP 5 | -- Create lists of Frequent Items Set and filter them
 206 -------------------------------------------------------------------
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 208 phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
 209 phyloFis = refineFis (getPhyloFis phylo') True 1 1
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 212 phylo' :: Phylo
 213 phylo' = docsToFis phyloDocs phylo
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 215 ----------------------------------------
 216 -- | STEP 2 | -- Init a Phylo of level 0
 217 ----------------------------------------
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 220 phylo :: Phylo
 221 phylo = addPhyloLevel 0 phyloDocs phyloBase
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 224 phyloDocs :: Map (Date, Date) [Document]
 225 phyloDocs = groupDocsByPeriod date (getPhyloPeriods phyloBase) docs
 226
 227
 228 ------------------------------------------------------------------------
 229 -- | STEP 1 | -- Init the Base of the Phylo from Periods and Foundations
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231
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 233 phyloBase :: Phylo
 234 phyloBase = toPhyloBase phyloQueryBuild phyloParam docs termList empty
 235
 236 phyloParam :: PhyloParam
 237 phyloParam = (initPhyloParam (Just defaultPhyloVersion) (Just defaultSoftware) (Just phyloQueryBuild))
 238
 239 docs :: [Document]
 240 docs = parseDocs foundationsRoots corpus
 241
 242 foundationsRoots :: Vector Ngrams
 243 foundationsRoots = initFoundationsRoots (termListToNgrams termList)
 244
 245
 246 --------------------------------------------
 247 -- | STEP 0 | -- Let's start with an example
 248 --------------------------------------------
 249
 250 termList :: TermList
 251 termList = map (\a -> ([toLower a],[])) actants
 252
 253 actants :: [Ngrams]
 254 actants = [ "Cleopatre"   , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
 255           , "Marc-Antoine", "Cesar"   , "Antoine"      , "Octave"  , "Rome"
 256           , "Alexandrie"  , "Auguste" , "Pompee"       , "Cassius" , "Brutus"]
 257
 258 corpus :: [(Date, Text)]
 259 corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII.  Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]