src/Gargantext/Core/Viz/Phylo/Example.hs

   1 {-|
   2 Module      : Gargantext.Core.Viz.Phylo.Example
   3 Description : Phylomemy example based on history of Cleopatre.
   4 Copyright   : (c) CNRS, 2017-Present
   5 License     : AGPL + CECILL v3
   6 Maintainer  : team@gargantext.org
   7 Stability   : experimental
   8 Portability : POSIX
   9
  10 -- | Cesar et Cleôpatre
  11 -- Exemple de phylomemie
  12 -- French without accents
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  14
  15 TODO:
  16 - split the functions : RAW -> Document -> Ngrams
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  18 -- reverse history: antechronologique
  19 -- metrics support
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  22 -}
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  25 module Gargantext.Core.Viz.Phylo.Example where
  26
  27 import Data.GraphViz.Types.Generalised (DotGraph)
  28
  29 import Control.Lens hiding (both, Level)
  30 import Data.Text (Text, toLower)
  31 import Data.List        ((++))
  32 import Data.Map         (Map,empty)
  33 import Data.Vector      (Vector)
  34 import Gargantext.Prelude
  35 import Gargantext.Core.Text.Context (TermList)
  36 import Gargantext.Core.Viz.Phylo
  37 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.Cluster
  38 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.Aggregates
  39 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.BranchMaker
  40 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.LevelMaker
  41 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.LinkMaker
  42 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.Tools
  43 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.View.ViewMaker
  44 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.View.Export
  45 import Gargantext.Core.Viz.Phylo.Main (writePhylo)
  46 import GHC.IO (FilePath)
  47 import qualified Data.List   as List
  48
  49 ------------------------------------------------------
  50 -- | STEP 12 | -- Create a PhyloView from a user Query
  51 ------------------------------------------------------
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  53
  54 export :: IO ()
  55 export = dotToFile "/home/qlobbe/data/phylo/output/cesar_cleopatre.dot" phyloDot
  56
  57 phyloDot :: DotGraph DotId
  58 phyloDot = viewToDot phyloView
  59
  60
  61 phyloExport :: FilePath -> IO FilePath
  62 phyloExport fp = writePhylo fp phyloView
  63
  64 phyloView :: PhyloView
  65 phyloView = toPhyloView (queryParser' queryViewEx) phyloFromQuery
  66
  67 -- | To do : create an other request handler and an other query parser
  68 queryParser' :: [Char] -> PhyloQueryView
  69 queryParser' _q = phyloQueryView
  70
  71 queryViewEx :: [Char]
  72 queryViewEx = "level=3"
  73               ++ "&childs=false"
  74               ++ "&filter=LonelyBranchFilter"
  75               ++ "&metric=BranchAge"
  76               ++ "&tagger=BranchPeakFreq"
  77               ++ "&tagger=GroupLabelCooc"
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  80 phyloQueryView :: PhyloQueryView
  81 phyloQueryView = PhyloQueryView 1 Merge False 1 [BranchAge,BranchBirth,BranchGroups] [] [BranchPeakInc,GroupLabelIncDyn] (Just (ByBranchBirth,Asc)) Json Flat True
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  84 --------------------------------------------------
  85 -- | STEP 11 | -- Create a Phylo from a user Query
  86 --------------------------------------------------
  87
  88
  89 phyloFromQuery :: Phylo
  90 phyloFromQuery = toPhylo phyloQueryBuild docs termList empty
  91
  92 -- | To do : create a request handler and a query parser
  93 queryParser :: [Char] -> PhyloQueryBuild
  94 queryParser _q = phyloQueryBuild
  95
  96 queryEx :: [Char]
  97 queryEx = "title=Cesar et Cleôpatre"
  98           ++ "&desc=An example of Phylomemy (french without accent)"
  99           ++ "grain=5&steps=3"
 100           ++ "cluster=FrequentItemSet"
 101           ++ "interTemporalMatching=WeightedLogJaccard"
 102           ++ "nthLevel=2"
 103           ++ "nthCluster=RelatedComponents"
 104           ++ "nthProximity=Filiation"
 105
 106 phyloQueryBuild :: PhyloQueryBuild
 107 phyloQueryBuild = PhyloQueryBuild "Cesar et Cleôpatre" "An example of Phylomemy (french without accent)"
 108              3 1 defaultFis [] [] (WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.9 10) 5 0.8 0.5 4 1 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.3 0)
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 112 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 113 -- | STEP 10 | -- Incrementaly cluster the PhyloGroups n times, link them through the Periods and build level n of the Phylo
 114 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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 117 phylo6 :: Phylo
 118 phylo6 = toNthLevel 6 defaultWeightedLogJaccard (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phylo3
 119
 120
 121 phylo3 :: Phylo
 122 phylo3 = setPhyloBranches 3
 123        $ interTempoMatching Descendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 124        $ interTempoMatching Ascendant 3 defaultWeightedLogJaccard
 125        $ setLevelLinks (2,3)
 126        $ addPhyloLevel 3
 127           (phyloToClusters 2 (RelatedComponents (initRelatedComponents (Just defaultWeightedLogJaccard))) phyloBranch2)
 128           phyloBranch2
 129
 130
 131 --------------------------------
 132 -- | STEP 9 | -- Cluster the Fis
 133 --------------------------------
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 136 phyloBranch2 :: Phylo
 137 phyloBranch2 = setPhyloBranches 2 phylo2_c
 138
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 140 phylo2_c :: Phylo
 141 phylo2_c = interTempoMatching Descendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_p
 142
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 144 phylo2_p :: Phylo
 145 phylo2_p = interTempoMatching Ascendant 2 defaultWeightedLogJaccard phylo2_1_2
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 148 phylo2_1_2 :: Phylo
 149 phylo2_1_2 = setLevelLinks (1,2) phylo2
 150
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 152 -- | phylo2 allready contains the LevelChilds links from 2 to 1
 153 phylo2 :: Phylo
 154 phylo2 = addPhyloLevel 2 phyloCluster phyloBranch1
 155
 156
 157 phyloCluster :: Map (Date,Date) [PhyloCluster]
 158 phyloCluster = phyloToClusters 2 (RelatedComponents $ RCParams $ WeightedLogJaccard $ WLJParams 0.05 10) phyloBranch1
 159
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 161 ----------------------------------
 162 -- | STEP 8 | -- Find the Branches
 163 ----------------------------------
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 166 phyloBranch1 :: Phylo
 167 phyloBranch1 = setPhyloBranches 1 phylo1_c
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 170 --------------------------------------------------------------------
 171 -- | STEP 7 | -- Link the PhyloGroups of level 1 through the Periods
 172 --------------------------------------------------------------------
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 175 phylo1_c :: Phylo
 176 phylo1_c = interTempoMatching Descendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_p
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 179 phylo1_p :: Phylo
 180 phylo1_p = interTempoMatching Ascendant 1 defaultWeightedLogJaccard phylo1_0_1
 181
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 183 -----------------------------------------------
 184 -- | STEP 6 | -- Build the level 1 of the Phylo
 185 -----------------------------------------------
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 188 phylo1_0_1 :: Phylo
 189 phylo1_0_1 = setLevelLinks (0,1) phylo1
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 192 -- phylo1_1_0 :: Phylo
 193 -- phylo1_1_0 = setLevelLinks (1,0) phylo1
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 196 phylo1 :: Phylo
 197 phylo1 =  addPhyloLevel (1) phyloFis phylo'
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 200 -------------------------------------------------------------------
 201 -- | STEP 5 | -- Create lists of Frequent Items Set and filter them
 202 -------------------------------------------------------------------
 203
 204 phylo' :: Phylo
 205 phylo' = phylo & phylo_fis .~ phyloFis
 206
 207 phyloFis :: Map (Date, Date) [PhyloFis]
 208 phyloFis = refineFis (docsToFis phyloDocs phylo) True 1 1
 209
 210 ----------------------------------------
 211 -- | STEP 2 | -- Init a Phylo of level 0
 212 ----------------------------------------
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 215 phylo :: Phylo
 216 phylo = addPhyloLevel 0 phyloDocs phyloBase
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 219 phyloDocs :: Map (Date, Date) [Document]
 220 phyloDocs = groupDocsByPeriod date (getPhyloPeriods phyloBase) docs
 221
 222
 223 ------------------------------------------------------------------------
 224 -- | STEP 1 | -- Init the Base of the Phylo from Periods and Foundations
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226
 227
 228 phyloBase :: Phylo
 229 phyloBase = toPhyloBase phyloQueryBuild phyloParam docs termList empty
 230
 231 phyloParam :: PhyloParam
 232 phyloParam = (initPhyloParam (Just defaultPhyloVersion) (Just defaultSoftware) (Just phyloQueryBuild))
 233
 234 docs :: [Document]
 235 docs = parseDocs foundationsRoots corpus
 236
 237 foundationsRoots :: Vector Ngrams
 238 foundationsRoots = initFoundationsRoots (termListToNgrams termList)
 239
 240
 241 --------------------------------------------
 242 -- | STEP 0 | -- Let's start with an example
 243 --------------------------------------------
 244
 245 termList :: TermList
 246 termList = map (\a -> ([toLower a],[])) actants
 247
 248 actants :: [Ngrams]
 249 actants = [ "Cleopatre"   , "Ptolemee", "Ptolemee-XIII", "Ptolemee-XIV"
 250           , "Marc-Antoine", "Cesar"   , "Antoine"      , "Octave"  , "Rome"
 251           , "Alexandrie"  , "Auguste" , "Pompee"       , "Cassius" , "Brutus"]
 252
 253 corpus :: [(Date, Text)]
 254 corpus = List.sortOn fst [ (-51,"Cleopatre règne sur l’egypte entre 51 et 30 av. J.-C. avec ses frères-epoux Ptolemee-XIII et Ptolemee-XIV, puis aux côtes du general romain Marc-Antoine. Elle est celèbre pour avoir ete la compagne de Jules Cesar puis d'Antoine, avec lesquels elle a eu plusieurs enfants. Partie prenante dans la guerre civile opposant Antoine à Octave, elle est vaincue à la bataille d'Actium en 31 av. J.-C. Sa defaite va permettre aux Romains de mener à bien la conquête de l’egypte, evenement qui marquera la fin de l'epoque hellenistique."), (-40,"Il existe relativement peu d'informations sur son sejour à Rome, au lendemain de l'assassinat de Cesar, ou sur la periode passee à Alexandrie durant l'absence d'Antoine, entre -40 et -37."), (-48,"L'historiographie antique lui est globalement defavorable car inspiree par son vainqueur, l'empereur Auguste, et par son entourage, dont l'interêt est de la noircir, afin d'en faire l'adversaire malfaisant de Rome et le mauvais genie d'Antoine. On observe par ailleurs que Cesar ne fait aucune mention de sa liaison avec elle dans les Commentaires sur la Guerre civile"), (-69,"Cleopatre est nee au cours de l'hiver -69/-686 probablement à Alexandrie."), (-48,"Pompee a en effet ete le protecteur de Ptolemee XII, le père de Cleopatre et de Ptolemee-XIII dont il se considère comme le tuteur."), (-48,"Ptolemee-XIII et Cleopatre auraient d'ailleurs aide Pompee par l'envoi d'une flotte de soixante navires."), (-48,"Mais le jeune roi Ptolemee-XIII et ses conseillers jugent sa cause perdue et pensent s'attirer les bonnes graces du vainqueur en le faisant assassiner à peine a-t-il pose le pied sur le sol egyptien, près de Peluse, le 30 juillet 48 av. J.-C., sous les yeux de son entourage."), (-48,"Cesar fait enterrer la tête de Pompee dans le bosquet de Nemesis en bordure du mur est de l'enceinte d'Alexandrie. Pour autant la mort de Pompee est une aubaine pour Cesar qui tente par ailleurs de profiter des querelles dynastiques pour annexer l’egypte."), (-48,"Il est difficile de se prononcer clairement sur les raisons qui ont pousse Cesar à s'attarder à Alexandrie. Il y a des raisons politiques, mais aussi des raisons plus sentimentales (Cleopatre ?). Il tente d'abord d'obtenir le remboursement de dettes que Ptolemee XII"), (-46,"Les deux souverains sont convoques par Cesar au palais royal d'Alexandrie. Ptolemee-XIII s'y rend après diverses tergiversations ainsi que Cleopatre."), (-47,"A Rome, Cleopatre epouse alors un autre de ses frères cadets, à Alexandrie, Ptolemee-XIV, sur l'injonction de Jules Cesar"), (-46,"Cesar a-t-il comme objectif de montrer ce qu'il en coûte de se revolter contre Rome en faisant figurer dans son triomphe la sœur de Cleopatre et de Ptolemee-XIV, Arsinoe, qui s'est fait reconnaître reine par les troupes de Ptolemee-XIII ?"), (-44,"Au debut de l'annee -44, Cesar est assassine par Brutus. Profitant de la situation confuse qui s'ensuit, Cleopatre quitte alors Rome à la mi-avril, faisant escale en Grèce. Elle parvient à Alexandrie en juillet -44."), (-44,"La guerre que se livrent les assassins de Cesar, Cassius et Brutus et ses heritiers, Octave et Marc-Antoine, oblige Cleopatre à des contorsions diplomatiques."), (-41,"Nous ignorons depuis quand Cleopatre, agee de 29 ans en -41, et Marc-Antoine, qui a une quarantaine d'annees, se connaissent. Marc-Antoine est l'un des officiers qui ont participe au retablissement de Ptolemee XII.  Il est plus vraisemblable qu'ils se soient frequentes lors du sejour à Rome de Cleopatre."), (-42,"Brutus tient la Grèce tandis que Cassius s'installe en Syrie. Le gouverneur de Cleopatre à Chypre, Serapion, vient en aide à Cassius."), (-42,"Cassius aurait envisage de s'emparer d'Alexandrie quand le 'debarquement' en Grèce d'Antoine et d'Octave l'oblige à renoncer à ses projets")]